03 12
03 12
实验室X同学接到老板通知，需要在下次Group meeting的时候讲一下最近的实验情况。她计划做37页PPT，这么安排：第一部分Introduction，20页，使劲忽悠大家一下；第二部分Material and methods，10页；第三部分Result and conclusion，7页，结论就是试过的方法都不可行，几个月的实验白做了。最后一页PPT一般情况下别人都写个Thank you, 她打算写I'm Sorry。
03 04
某天，实验室一哥们收到一封系里小秘发给他的Email，细心的他发现名字前的Mr.错写成了Ms.
于是回信如下：
I am a Realman (纯爷们)!
小秘回信：
OK, Realman!
01 17
用MEGA构建了系统进化树之后，虽然TreeExplorer窗口中提供了一些功能对进化树进行优化和编辑，但似乎有些不足之处，比如要将树枝名称用不同的字体或不同颜色区别开来，好像就没法实现。例如下面这个图，不同树枝信息颜色不同：
偶然一次发现，原来可以用Word编辑，方法如下：
1. 将MEGA做好的进化树复制到Word中；
2. 右键点击图片，选择” Edit Picture”；
3. OK了，可以使用任何字体、任何颜色编辑树枝名词了.
01 17
MEGA 是一个非常优秀的序列比对和系统进化树构建软件，使用方便，完全免费，可从其网站下载， 最新版本是4.0。下面是用MEGA构建系统进化树的简明操作流程（具体细节请参考相关MEGA教程及使用说明）：
1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致 ( 5’-3’)。
2. 打开MEGA软件，选择"Alignment" - "Alignment Explorer/CLUSTAL"，在对话框中选择Retrieve sequences from a file, 然后点OK，找到准备好的序列文件并打开。
3. 在打开的窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalX” 进行对齐，对齐过程需要一段时间，对齐完成后，最好将序列两端切齐，选择两端不齐的部分，单击右键，选择delete即可。
01 16
有一个叫做dropbox的玩意儿，试用了一下感觉非常不错，它是一个免费的文件备份、同步、共享工具，也可以看看成是一个免费的网盘。主要功能就是能使多台电脑中的某个文件夹始终保持一致，也就是说将dropbox软件安装在多台电脑中之后，会在每台电脑中建立一个文件名为My Dropbox的文件夹，如果在其中一台电脑的这个文件夹中存放了一些文件，那么这些文件会被自动同步到其它电脑，速度超快，我用一个700多兆的文件测试了一下，瞬间完成。点击这里可以注册dropbox帐号，dropbox空间大小是2G，邀请别人注册可以增大空间，最大5G。
另外，微软也有一个类似的网站：Live mesh，空间大小5G，同步功能也很强大，但个人感觉不如dropbox简单好用。
10 06
09 29
实验室有很多这种定时插座，咋看上去有点玄乎，不知道怎么用，其实很简单：
首先让箭头对准当前时间，然后按下去表示接通，扳起来表示断开。
上面是有人录制的一段视频，不错，一看就明白。
09 26
前段时间做了一个克隆文库，有点大，拿到上百条序列，有了序列后，想选择一种合适的酶进行酶切，进而将克隆的结果与T-RFLP的结果联系起来。试了几个软件和一些在线酶切分析工具，好像都是可以用多种酶去切一个序列，而不能同时切多个序列。要是序列不多，一个个切切还可以，可是这上百条序列就需要几百次甚至更多的重复操作，不但能把手累的抽筋，眼都能被累的抽筋，实在让人无法忍受。于是决定自己做个小工具。
首先用了几个小时速成了一下Perl语言及Bioperl，发现这玩意处理字符串真的是太方便了！只需要下面这几行代码就可以自动或半自动同时查找多个序列酶切位点了(由于T-RFLP结果只与第一个酶切位点有关，因此只找每个序列的第一个切点)。
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09 06
Quantity One是Bio-Rad公司的凝胶电泳图像获取、处理以及定量分析软件。功能很强大，到底多么强大在这就不说了。用处很多，到底多么多在这也不说了，具体功能请参考Quantity One使用说明及相关教程。下面只是Quantity One用于DGGE结果定量分析的一般操作方法：
有下面这么一张DGGE图像，需要分析一下左边第5条泳道的8个条带对应的DNA在样品中占的百分比各分别是多少。
