新年快乐 – 2015

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2014终于过去了,百味人生,苦辣酸甜,一年又一年。

祝大家2015平安,健康,快乐!

2015

审稿遇到的怪事

杂七杂八 9 条评论 »

上周收到一个审稿邀请,大致看了一下摘要能看懂,就答应了(不答应显得耍大牌,不太好)。提交意见的截止日期是月底,我想着时间还蛮久的,就把稿件下载下来,放到了电脑的一个文件夹里,连打开都没打开。可是,昨天突然收到编辑的Email说:情况有变,不用审了,如果你已经开始审了,非常抱歉。希望将来再让你审其它的稿件。

稿件的作者和编辑都是老外。

之前,从来没遇到过也没听说过这样的事情。

真是怪事年年有,今年特别多。

一些好用的Linux命令

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生物信息学数据分析过程中熟练使用Linux Shell命令可以大大提高工作效率,这个页面收录一些好用的Liunx命令 (Mac中同样可用)。

1. 统计fasta文件

grep '>' filename.fasta | wc -l

2. 在文件中的每一行之前加上一个字符串,比如:aaa

sed 's/^/aaa/g' filename.txt > outputfile.txt

3. 遍历整个文件夹,把所有txt文件中的aaa替换成bbb

find . -name '*.txt' | xargs perl -pi -e 's/aaa/bbb/g'

先简单写这几个,以后随时更新。

亚马逊的云计算又降价了

互联网络 2 条评论 »

Google刚刚宣布要大力拓展云计算,亚马逊AWS就降价了,从四月1号开始,实行新的价格,简单看了一下8vCPU, 30G内存的实例从0.90$/h降到0.56$/h,降幅不小。但大内存的实例(32vCPU, 244G内存)没有变化,仍然是3.5$/h。这是AWS自2008年以来的第42次降价,可以预期将来在Google等公司的的竞争压力下,仍然回大幅下降。

目前在众多云服务提供商中,AWS仍然是最适合用于基因组和高通量测序数据分析的,其最大内存可大244G,一般的序列组装和其它分析都问题不大。而Google的Compute Engine目前最大的内存只有104G。

百度竟然突然喜欢我的网站了

互联网络 1 条评论 »

我的有个博客建了接近六年了,百度收录一直不好,很多时候每天带来的访量不超过10个,不知道什么原因,大概可能是因为我比较讨厌百度的缘故吧。在没进行任何调整的情况下,今年春节之后,百度带来的流量竟然一路飙升,现在达到差了不多每天100个IP,其实流量多不多我根本不在乎,我就是想不明白百度为啥把我网站上的那些陈旧的内容带给它的用户呢?很多东西都是在几年前写的,在那些内容还新的时候干什么去了,如果觉得这些内容没有什么价值,那现在为啥又要引导用户去访问呢?结合之前了解到的一些个人站长关于百度的评价,我越来越觉得百度技术真的很烂(我是说和其它IT公司相比,当然比我好)。

Mac无法开机应该怎么办

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Mac电脑虽然比较好用,但是出问题的时候也比较麻烦。其中,无法开机就是常见的一个问题。症状是:开机之后,长时间显示一个白苹果,无法进入系统,重新启动,仍然出现相同的现象。这种故障通常是由于硬盘故障导致的,因此这时候要做的第一件事一定是首先设法备份数据!!千万不要在数据未备份的情况下胡乱折腾!网上有一些解决这种问题的方法,比如用fsck命令之类的,这些方法一定要慎用!最近我遇到了这样的问题,由于在没备份数据的情况下尝试修复结果导致MacBook Pro整个硬盘彻底损坏,数据全部丢失,心痛不已!

遇到类似的问题,尤其是对电脑技术方面不太了解的人,最好的办法就是给Apple的技术支持打电话寻求帮助,或者预约一个时间去苹果专卖店的Genuis Bar。不管自己修复还是找别人帮忙,要做的首先是备份数据!

另外,顺便提醒一下,无论是Mac笔记本或其它的笔记本电脑都要注意下面几条(看起来像是废话,但是很多人不注意这些):

1. 不用的时候(比如晚上)要关机,我之前经常好几个星期不关机,只是合上,这可能出现故障的主要原因。
2. 不要用笔记本电脑进行大数据分析。比如高通量测序数据,不要在笔记本上处理。
3. 经常备份!Mac的Time Machine很好用,另外,Dropbox, Google Drive也都是很好的备份工具。
4. 注意防盗,磁盘损坏还有可能修复,但是一旦电脑被盗,就彻底完蛋了。

Linux移动硬盘挂载命令

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用命令行挂载移动硬盘是Linux的基本操作之一,虽然目前有些Linux系统能自动加载移动硬盘(比如Ubuntu Desktop,进入/media就看到移动硬盘了)。但有些时候(比如使用Ubuntu Server或其它Linux系统的时候)仍然需要手动操作,手动挂载硬盘的命令如下:

1. 首先用fdisk -l命令查看移动硬盘的信息

sudo fdisk -l

在插上移动硬盘之前运行一次上面的命令,插上之后再运行上面的命令,会发现多出一些类似下面这样的信息:
Disk /dev/sdc: 1000.2 GB, 1000204886016 bytes
255 heads, 63 sectors/track, 121601 cylinders, total 1953525168 sectors
Units = sectors of 1 * 512 = 512 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytes
I/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytes
Disk identifier: 0x12ad8f89

Device Boot Start End Blocks Id System
/dev/sdc1 63 1953520064 976760001 7 HPFS/NTFS/exFAT

2. 建立一个文件夹
mkdir temp-folder

3. 加载移动硬盘
sudo mount -t ntfs /dev/sdc1 temp-folder

这时cd进入temp-folder,看到的内容就是移动硬盘里面的内容了

4. 卸载移动硬盘的命令是:
sudo umount temp-folder

忽然间

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已经2014了。

从此,开启一段新的生活!

Mac虚拟机软件Parallels Desktop

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很多人总是在Windows和Mac系统之间徘徊着、纠结着,喜欢Mac的风格,但却经常遇到各种不支持Mac的软件。Parallels Desktop比较好地解决了这个问题,它可以把Windows和Mac融合在一起,让Windows的软件看起来像是在Mac下运行,非常厉害,强烈推荐用Mac的同学试一下。如果曾经有在VirtualBox里安装的虚拟Windows操作系统,那么直接在Parallels Desktop中打开.VDI文件(File->Open)即可实现从VirtualBox到Parallels Desktop的迁移。

12分钟跑

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12分钟跑是一项著名的体能测试,又称为Cooper test。今天在跑步机上测试了一下,2430米,勉强算是Good。在这儿留个记录,过几年之后看看和现在的差距会有多少。

2013.12.6测试结果:2.51km

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