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2009.8.20更新:
建议使用BioEdit合并多个序列文件,具体请看:用BioEdit合并多个基因序列文件
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昨天做了一个小软件,把多个后缀名为.seq文件的基因序列文件合并为一个FASTA格式的文件,并且把每个.seq文件的文件名放到合并后的文件的相应基因序列的前一行。比如有两个后缀名为.seq的文件s1.seq和s2.seq,内容分别为:
GGTACCCGGGGAT……
和
GTCTTTCGACAGGT……
合并后的文件就是:
>s1.seq
GGTACCCGGGGAT……>s2.seq
GTCTTTCGACAGGT……
如果合并的时候不涉及文件名,非常简单,用word就可以合并了。但要把文件名一起掺和进去,比较少见,没见过哪个软件可以这样做,所以就自己做了个小软件。
这小软件压缩之后只有4.71k,很小很简单,界面很丑…… 下载:seq文件合并小软件
关于FASTA格式:FASTA格式又称Pearson的格式,这种序列格式要求序列的标题行以大于号">"开头,之后是关于该序列的描述。下一行起为具体的序列。一般 建议每行的字符数不超过80个(也有的地方建议不超过60个)。FASTA格式的详细说明可以参考这里:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/fasta.shtml
Tags: 文件
十二月 29th, 2008 at 11:14
这个也可以自己做呀
你用什么做的呀?
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Ye Lin Reply:
十二月 29th, 2008 at 19:39
VB,呵呵,其实很简单,只有很少几行代码
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六月 22nd, 2009 at 11:52
为什么我用的时候总会出现Run-time error75!!Path/File access error~~~~用不了~~~>_<~~~
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Ye Lin Reply:
六月 22nd, 2009 at 12:05
你换台电脑试试看,我这边用没遇到这样的问题啊
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匿名 Reply:
九月 14th, 2009 at 13:19
也许是vista系统的问题~~我再试试~~O(∩_∩)O谢谢
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Ye Lin Reply:
九月 14th, 2009 at 13:24
用BioEdit合并吧:http://www.yelinsky.com/blog/archives/275.html
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八月 21st, 2009 at 19:56
这种事情喜欢让perl来干活~~
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Ye Lin Reply:
八月 21st, 2009 at 22:06
唉,一直没功夫去好好研究Perl呢
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O型天蝎座 Reply:
八月 22nd, 2009 at 08:45
这种事情,perl比VB高效率多了
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