ARB是德国慕尼黑工业大学开发的一个序列分析软件包,这个软件的开发始于90年代初,距今已有十多年的历史。起初功能比较简单,主要用于rRNA序列分析,而现在ARB的功能已经非常强大,可以广泛用于核酸和蛋白质序列分析。
ARB大致有以下一些功能:
(1) 序列数据以系统发育树(phylogenetic tree)的形式在主窗口中显示,用鼠标点击可进行一系列查找及编辑操作;
(2) 序列及附属数据可以以不同格式导入和导出;
(3) 提供各种各样的算法画系统发育树;
(4) ARB有一个功能强大的编辑器,具有查找,对齐,对齐优化,二级结构检查,显示二级结构等功能;
(5) ARB的PT server提供了强大的搜索功能,可以在整个数据库中快速查找specific sequence signatures,进行相关probe设计。
ARB最大的一个不足之处就是它是基于Unix/Linux的软件,没有Windows版本,安装使用都比较麻烦,不易上手,使不少人望而却步。刚才在谷歌中搜索了一下,竟然一篇介绍ARB的中文章都没找到。
http://www.arb-home.de/downloads.html
ARB的安装:
ARB需要在Linux系统下安装,如果在windows系统中安装,需要先装一个虚拟机软件(如VMWare、Virtual PC等),虚拟一台PC,然后安装Linux系统,然后再在这个Linux系统中安装ARB。
ARB相关资料:
ARB网站:http://www.arb-home.de/
雅虎讨论组:http://tech.groups.yahoo.com/group/arb_users/
ARB Silva Database:http://www.arb-silva.de/
一篇介绍ARB的Paper:ARB: a software environment for sequence data. Nucleic Acids Research. 2004. 32(4):1363-1371
八月 19th, 2009 at 10:27
很好哦~~~有没有兴趣友链一下呢~~~^_^
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Ye Lin Reply:
八月 19th, 2009 at 10:39
OK啊,没问题,呵呵
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O型天蝎座 Reply:
八月 19th, 2009 at 10:41
好的..我现在加~~
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八月 20th, 2009 at 19:53
"ARB最大的一个不足之处就是它是基于Unix/Linux的软件"
不能同意博主的观点。恰恰相反,这才是它的优点,稳定而强大。
不能误导不知情的游客哦。
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Ye Lin Reply:
八月 20th, 2009 at 22:04
基于Windows系统的软件一样可以稳定而强大的。
我猜可能是因为ARB开发初期Windonws并不那么流行,所以选择了基于Linux系统。后来不断完善,代码越来越多,很难移植到Windows上去了……
对大多数人来说,使用Linux系统下的软件,明显很不方便!
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十一月 29th, 2009 at 17:20
楼主能帮帮忙不!ARB的数据库加载不了,选好数据库之后只在终端出一大溜东西后最后是ARB done。可是没有ARB_NT的框出来。
不知道是怎么回事,楼主要是不介意的话,能加个QQ不!好及时向你请教请教!我的QQ是181822526.谢谢啦~~~
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Ye Lin Reply:
十一月 29th, 2009 at 21:23
一大溜什么东西呢?不太明白你的问题
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