Quantity One是Bio-Rad公司的凝胶电泳图像获取、处理以及定量分析软件。功能很强大,到底多么强大在这就不说了。用处很多,到底多么多在这也不说了,具体功能请参考Quantity One使用说明及相关教程。下面只是Quantity One用于DGGE结果定量分析的一般操作方法:
有下面这么一张DGGE图像,需要分析一下左边第5条泳道的8个条带对应的DNA在样品中占的百分比各分别是多少。

第一步:建立泳道
点击菜单栏“Lane-Auto Frame Lanes”,一般情况下Quantity One会自动识别并建立泳道。但也有很多时候不能自动建立泳道,这就需要选择菜单栏“Lane- Frame Lanes…”然后输入要建立泳道的数目,手动建立泳道。泳道建立后需要调整,在菜单栏“Lane-Edit Frame”中有拉伸、旋转、移动、添加/删除锚点等选项,通过这些选项可以对泳道进行调整,调整后大致如下:

第二步:消除泳道背景
点击菜单栏“Lane-Lane Background…”跳出一个对话框,“All Lanes”中选择第二个,然后点一下第5条泳道,“Selected Lane”的下面会显示Selected Lan:#5(#5),然后选择”Lane On“ Rolling Disk Size中填一个10~20之间的数(可以多尝试几个,看看效果),最后点“Done”完成操作。
第三步:建立条带
点击菜单栏“Band->Detect Bands…”打开一个对话框,调整Sensitivity和Lane Width的数值,使每个条带都被检测到,如果条带上面显示的是一条红线,可以在“Band-Band Attributes”的Style栏中选择Brackets,使之显示为括号形式。条带建立后图像显示如下:

第四步:生成报告
点击菜单栏“Report-Lane Report”然后点一下第五条泳道,在弹出的对话框的Measurements 一栏中选择Trace Qty (个人感觉选择这个比较合适,也可以选择其他的看看效果),然后点Report,就看到了每个条带的Trace Qty值,这个值与DNA的浓度呈正比,根据这个值计算百分比即可。
以上仅仅是Quantity One进行定量的简单流程,非常不具体,一些具体的参数设置及软件的其它功能请参考相关的使用说明或教程。另外,不确定上面的操作是否有不当之处,如有请多指教。
九月 8th, 2009 at 09:31
这个东西我用过一下~~嘿嘿
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十月 9th, 2009 at 14:38
你的DGGE做的好漂亮啊,我也是港大的,最近也在做PCR-DGGE,正在郁闷中……
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Ye Lin Reply:
十月 9th, 2009 at 14:41
你是哪个实验室的啊?
我也不是所有的样品都能做成这样的,有的样品,怎么做也做不好。
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匿名 Reply:
十月 12th, 2009 at 18:55
我是在微生物系大楼二楼的实验室做的,做过很多次,也没有这么漂亮的,呵呵,还在做。
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Ye Lin Reply:
十月 12th, 2009 at 19:07
这玩意儿不能过分追求漂亮,能说明问题就行
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匿名 Reply:
十月 15th, 2009 at 15:47
嗯,我说的漂亮图片,就是可以说明问题的图片,呵呵。有机会能去当面向你请教一些关于DGGE的问题吗?
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Ye Lin Reply:
十月 15th, 2009 at 16:36
没问题啊,大家一起交流,Email联系我就可以了,我在综合楼
十一月 20th, 2009 at 20:34
楼主能把详细的操作步骤传给我吗,我的邮箱lijianhuiljh@163.com
谢谢,我摸索了好久,也不知咋用,那个Lane-Auto Frame Lanes按钮老是灰色的,不能用啊,请楼主指教,非常感谢,急用,谢谢
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Ye Lin Reply:
十一月 20th, 2009 at 21:22
你把Dongle插到电脑上了么?
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十一月 27th, 2009 at 09:45
叶师兄,我用Quantity One 进行分析时,在建立条带那一步,怎么不能准确的定位在我所需要的条带上呢,在其他没条带的地方也会有红线,而且在我需要分析的目的条带上也不能显示括号,这个具体应该怎么调整呀。我可以把所有泳道一起分析吗?谢谢了
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Ye Lin Reply:
十一月 27th, 2009 at 11:21
在"Lane"-"Edit Lane"下面有"Add/Adjust Anchors", "Move Frame","Rotate Frame"....等各种工具可以随意调整红线的位置。
要显示括号在"Band"-"Band Attribute"中选择Brackets就可以了。
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十一月 28th, 2009 at 14:17
叶林,好久不见啊,在网上搜DGGE时候意外进了你博客。我现在也准备做DGGE了,还得想你多多请教呢:)
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Ye Lin Reply:
十一月 28th, 2009 at 15:32
这么巧啊,哈哈
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一月 11th, 2010 at 19:01
你好,我在使用Quantity one时,我最后的结果单位是INT,而不是OD,而且打开不同的图片单位有的时候不同,请问您知道为什么吗?希望能够帮忙解答,万分感激,联系我hahahelianqi@163.com,谢谢啦!
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一月 21st, 2010 at 14:31
我现在急需一份Quantity one的中文说明书,能否发一份详细的给我,我现在正在做半定量PCR,不知怎么分析,希望帮帮我,谢谢谢!
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一月 21st, 2010 at 14:32
发到我的邮箱:zhen13953954115@126.com 万分感谢!
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一月 23rd, 2010 at 14:19
学习了、、、
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一月 28th, 2010 at 21:12
为什么我的软件中那个Lane-Auto Frame Lanes按钮一直是灰色的???
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Ye Lin Reply:
一月 28th, 2010 at 21:15
你用的是正版的软件吗?
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三月 16th, 2010 at 15:06
这个真是漂亮啊!
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四月 7th, 2010 at 19:51
你好,这个软件能自动计算某个条带占整个泳道条带的百分比么?比如做蛋白电泳,目的蛋白占总蛋白的百分比
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Ye Lin Reply:
四月 8th, 2010 at 10:13
可以啊
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五月 3rd, 2010 at 11:42
跑的图真漂亮哦
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五月 25th, 2010 at 10:14
很漂亮的图片啊,可以把分析WESTERN BLOTTING的步骤发我吗,谢谢啦
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Ye Lin Reply:
五月 26th, 2010 at 21:34
不好意思,不熟悉这玩意儿
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六月 30th, 2010 at 22:32
我想问下,暴光时间不同那个值是不是也不同?如果我样较多一块胶放不下,是不是结果会有影响?
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Ye Lin Reply:
七月 1st, 2010 at 06:41
当然不同啊,如果不在同一块胶上,那么你应该在每一块胶上都有一个相同的Standard
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七月 8th, 2010 at 14:32
Hi,你好。我想请教一下:如果是不同的样品分布在多块胶上,可以进行比较吗?我倒是在每块胶上安排了standard,理论上感觉应该可以比较,就是不知道具体怎么操作,可以帮帮我吗?多谢
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