昨天和师兄一起去港大的Genome Research Center了解了一下关于454测序的情况，那边的老师很耐心地给我们作了相关介绍。今天把了解到的内容简单整理一下：

1. 454测序原理
简单说就是把DNA样品中的每条DNA连到一个小球上，然后通过一系列的反应和操作，可以得到从小球开始的大约400个bp的序列。一个454测序反应理论上可以得到100万条序列，考虑到效率的问题，实际得到的序列可能略少一些。
具体说来非常复杂，就不说了。

2. 454测序可以用来干什么？
主要有两方面的作用：（1）基因组测序，先把基因组DNA打断，然后进行454测序，结果中很多序列就会有重叠的部分，这样就可以进行拼接，从而得到完整的基因组；（2）微生物群落结构分析，先以环境样品的DNA为模板用通用引物做PCR，再进行454测序，然后就可以分析微生物的多样性和丰度，就和建克隆文库类似，只是数据量大很多。

3. 多个环境样品（比如土壤）要分析微生物群落结构，可以一次（一个反应）搞定吗？
可以。原理是这样的：在PCR的时候将Primer的3′端加上几个碱基（称为barcode），每个样品用的Primer的barcode不一样，因为这种测序是可以测出Primer序列的，所以得到序列之后，就可以根据Primer判定序列是来自哪个样品。如果有10个样品，在PCR的primer就要设计10种barcode，这样理论上每个样品最后就可以得到10万条序列。

4. 454测序价格
目前进行一次454测序，价格至少要10万人民币，如果样品比较特别或有其它特殊要求，价格可能还要高，港大的Genome Research Center对校内的收费价格有不少优惠，价格可能低于8万。

5. 454测序的优点
很明显，数据量超大，可以了解很多细小微妙的信息。

6. 454测序的局限性
（1）序列片段较短，只能达到400个bp左右；
（2）克隆建库，可以拿到质粒，长期保持，454测序得不到质粒；
（3）价格太高。

更多关于454测序的信息请看：http://www.454.com/

Tags: PCR