荧光原位杂交(Fluorescence in situ hybridization,FISH)是一个很重要的生物学实验技术,它的特点是原位,无需经过PCR,可以用于对环境样品中特定的微生物进行定量分析。下面是以活性污泥为例的FISH实验步骤及方法。非生物学专业的同学请不要往下看了。
1 载玻片涂层处理(Slide coating)
(1) 将载玻片置于盐酸乙醇溶液(1%HCl in 70% Ethanol)中清洗
(2) 晾干后放入poly-L-lysine(0.01%)溶液中5分钟
(3) 放入60℃烘箱60分钟烘干或者放在室温过夜晾干
2样品固定(Sample fixation)
(1) 在样品(活性污泥)中加入3倍体积的4% 多聚甲醛(paraformaldehyde),置于4℃冰箱固定3小时以上或者过夜
(2) 离心,弃去多聚甲醛,加入相同体积的PBS
(3) 离心,弃去PBS,加入相同体积的乙醇+PBS(w/w 1:1)
(4) 固定后的样品放入-20℃冰箱保存。
3 脱水 (Dehydration)
(1) 将适量固定后的样品放在载玻片上,
(2) 放入46℃烘箱烘干10分钟
(3) 依次浸入50%,80%,96%的乙醇溶液,各3分钟
(4) 在空气中晾干
4 杂交(Hybridization)
(1) 加10微升Hybridization buffer(配制方法见下面表格)到玻璃片的样品上,尽量让样品全被覆盖
(2) 在Hybridization buffer上加1微升探针(Probe)
(3) 在50ml离心管中放一张润湿的吸水纸,将玻璃片放入,然后一起放到46℃恒温箱,杂交1.5小时
(4) 将Washing buffer(配制方法见下面表格)预热到48℃,准备下一步使用
5冲洗
(1) 杂交1.5小时之后,快速将玻璃片放入48℃Washing buffer
(2) 在48℃恒温箱中放置30min
(3) 用超纯水润洗玻璃片,然后再空气中晾干
6镜检
晾干后,将样品用适量的antifading reagent 覆盖,盖上盖玻片,然后就可以放到共聚焦显微镜(Confocal laser scanning microscopy)下观察了。
上面的操作流程如果有不妥之处,请留言指出,谢谢:)




一月 13th, 2011 at 11:35
YL你好!很高兴看到你得blog。好多年没做FISH了,看到这个protocol还是那么熟悉的。你得Fish 做的不错啊!不知你做的是什么sample啊?
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Ye Lin Reply:
一月 13th, 2011 at 11:40
呀,师兄是你啊,哈哈
我这个图片做的是硝化污泥中的AOB和NOB
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一月 19th, 2011 at 16:07
博主,你好,你做的FISh图片很漂亮,能否委托你帮我们做一个关于活性污泥的样品吗?如果你有兴趣,请回复我
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Ye Lin Reply:
一月 19th, 2011 at 23:21
给你发Email了
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七月 25th, 2011 at 20:17
博主:你好
你做的FISH的图片很漂亮,我现在也想做,可是没有经验,想跟你请教下,打扰你几分钟,可以吗?我想问一下,你在4 杂交过程的第三部 玻璃片有样品的面放在离心管中的吸水纸上面还是下面,还有就是你可不可以把配制hybridization buffer and washing buffer 的文献给我参考一下?Thank you !!
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叶林 Reply:
七月 28th, 2011 at 09:28
放在吸水纸上,不能让吸水纸接触样品。参考文献自己找吧。
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九月 6th, 2011 at 11:58
博主:
你好,我想做肠道微生物这块,想请教一下这个FISH和DGGE定量结果哪个更准确些?打扰了,谢谢啦!
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叶林 Reply:
九月 6th, 2011 at 22:31
一般情况,FISH和qPCR的定量都可以被接受,DGGE定量不太靠谱。
当然现在最流行的是高通量测序啦。
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九月 6th, 2011 at 23:00
谢谢博主!
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九月 15th, 2011 at 11:34
你好!看了你的博文,受益匪浅,我最近在做细菌的FISH,可是做出来的效果不好!细菌的轮廓看到不是很清楚。请问这个为什么呢?
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叶林 Reply:
九月 15th, 2011 at 20:46
一方面可能细细菌的活性不够高;
另一方面可能是你操作过程有问题。
建议你先用活性高的纯菌作为阳性对照,试一下你的操作过程有没有问题。
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童 Reply:
九月 16th, 2011 at 11:19
谢谢您的回复,我还想知道做FISH的时候有什么特别需要注意到吗?尤其是做细菌的FISH。
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九月 26th, 2011 at 16:12
你好!想问一下,博主做fish试验时,所用探针及其污泥的浓度是多少?不同探针杂交温度相同吗?谢谢!
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叶林 Reply:
九月 28th, 2011 at 04:44
探针的浓度好像是10mM吧,你查查文献,我记得不是非常清楚。
污泥取适量就可以了。
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一月 16th, 2012 at 15:52
博主你好,
我最近想做FISH但是完全不明白怎么回事,我看大部分的FISH图全是染色体然后上面有个荧光,但是你的图片为啥是一片一片的?这两种一样么?
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叶林 Reply:
一月 16th, 2012 at 20:07
你说的那是真核生物吧!这个FISH图片是细菌的。
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一月 17th, 2012 at 08:30
那真核和原核做起来区别大么?探针是在哪合成的呀?多少钱呀?我查了好久也没查到哪有给合成探针的,都是卖的那种检测疾病的探针
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叶林 Reply:
一月 18th, 2012 at 16:21
真核和原核的区别,我不清楚。可以合成pcr引物的公司(invitrogen,TaKaRa等)应该都可以合成fish探针。
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Ke Wang Reply:
一月 19th, 2012 at 08:42
那,探针要合成多大的呢?有啥特别要求呢?楼主用的探针是多大的呀?
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