T-RFLP (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism) 和DGGE类似，也是一种可以用于分析微生物群落结构的DNA Fingerprinting方法。与DGGE相比它重复性更好，定量更准确，实验流程也比DGGE的操作步骤简单很多，而且不像DGGE那样，要进行很多次反复的优化才能得到比较好的结果。但是T-RFLP的成本要比DGGE高一些，主要因为T-RFLP最后一步要用测序仪完成。下面是T-RFLP的简要操作流程：

1. 准备带有荧光标记的引物
荧光标记物可以是FAM, ROX, VIC, NED, PET等等，可以在引物的一端标记，也可以两端同时标记。

2.PCR扩增
用带有荧光标记的引物进行PCR扩增。

3.纯化PCR产物
用好一点的纯化试剂盒对PCR产物进行纯化。

4.酶切
选用适当的内切酶（如：AIu I, RsaI, Msp I等等)进行酶切。如何选择合适的酶？比较好的方法是可以先用样品DNA建一个克隆库，根据序列的差异情况选择合适的酶。所选择的酶应该尽量充分地反应出群落结构的多样性。关于序列分析酶切位点的方法，请参考这里：酶切位点分析

5.纯化
将酶切产物再次纯化，试过几次，这一步不做也可以，有时候去掉这步纯化效果反而更好。

6.电泳
这一步通常送到测序公司用测序仪完成。

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