按照T-RFLP操作流程得到数据后，需要对进行分析处理。T-RFLP数据分析软件有很多，GeneMarker是其中一个。分析T-RFLP数据的主要目的就是看有几个峰，每个峰所占的比例是多少，与Quantity One分析DGGE结果有点类似。使用GeneMarker分析T-RFLP结果的大致方法如下，比较粗略，具体各个参数的意义，请参考GeneMarker手册或相关教程：

1. 打开GeneMarker, 点”Open Data” -”Add”将待分析的T-RFLP数据打开。

2. 点击”Run”,会跳出一个对话框，里面有很多参数需要设置。其中的Size Standard一定要与T-RFLP实验时所使用的Size Standard一致，其它参数可以根据情况适当调整。官方网站上给出了下面一些参数设置建议：

Suggested Analysis Parameters
I. Template Selection
1. Panel: None
2. Analysis Type: AFLP
II. Data Process
1. Raw Data Analysis: select Smooth
2. Allele Call: deselect Auto Range and set start to 60, end to 500
3. Peak Detection Threshold: Intensity > 40
4. Stutter Peak Filter: deselect or set left and right values to 0
III. Additional settings
1. Peak Score: Reject < 0 check 1< Pass
2. AFLP-Unconfidence at Rightside Score: 1

3. 运行完毕之后就打开了GeneMarker分析窗口，可以看到样品的Gel image和electropherogram，点击左侧的样品名称可以逐个查看样品的electropherogram，通过上方的工具条可以进行放大、缩小，查看列表等一系列操作。

4. 保存数据。首先设定Report Settings，其中Report style选择Bin Table (AFLP/MLPA), Option里面可以选择Show intensity或Show Peak Area，我一般使用Show Peak Area。然后点击旁边的Save Report即可保存为excel格式文件。

5. 后续处理。 首先归一化处理（以峰面积之和中等大小的样品为基准），然后去除样品一些小的峰，多小算小？这个要根据实际情况自己设定一个值，然后合并小于1bp的相邻的峰。最后计算每个峰所占的百分比。

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