高通量测序（High Throughput Sequencing）又称下一代测序（Next Generation Sequencing），也叫做深度测序（Deep Sequencing），最早由454公司开创，标志性事件是，2005年底454公司推出了革命性的基于焦磷酸测序（Pyrosequencing）的高通量基因组测序系统Genome Sequencer 20 System，后来454公司被Roche以1.55亿美元收购。高通量测序一般一次可以读取上百万甚至几百万条序列，数据量非常大。这种测序的用途很多，随便搜一下就可以找到很多相关资料，前面写的454测序也介绍了一点。个人觉得它的突出优点就是快速取得海量数据，可以摆脱存在Bias的PCR，既可以定性又可以定量。如果价格能够降低一些（现在运行一次要几万到十几万RMB，有点贵！），应该可以替代甚至淘汰很多操作麻烦的分子生物学方法。

高通量测序仪主要有来自三家公司：罗氏公司(Roche)的454测序仪(Roch GS FLX, FLX Titanium), Illumina公司的Illumina Genome Analyzer,HiSeq 2000和ABI的SOLiD测序仪(SOLiD system).

在网上看到华大基因仅Illumina HiSeq 2000和AB SOLiD 4.0 System这两种高通量测序仪到年底就会有超过150台，真多啊！

由于高通量测序的数据量非常大，后续分析工作就比较复杂，目前好像还没有非常成熟的软件能够完美处理高通量测序的结果。下面是两个用于高通量测序结果分析的工具:

1.RDP Pyrosequencing Pipeline （一个在线平台）
2.微软的Sequence Assembler （一个软件）

如果没做过高通量测序，而想先看看结果是什么样子的，可以从下面的页面下载高通量测序示例结果，包括Roche/454，Illumina/Solexa，ABI/SOLiD三种机型的数据：
http://www.clcbio.com/index.php?id=1290

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