09 01
下面是环境生物技术领域常用的一些分子生物学实验操作流程及数据处理的方法，这些实验的大致作用就是弄清楚一个样品中有些什么微生物，总共有多少种，每种的含量是多少。
0. PCR， 这个步骤就不需要写了，听听PCR之歌吧
1. PCR-DGGE操作步骤
3. T-RFLP操作步骤
5. 克隆的方法及操作步骤
6. 感受态细胞制备方法
Archive for the '生物方面' Category
08 26
大约2年多以前，Biorad（伯乐）公司为了宣传推广其新产品，创作了下面这个PCR之歌。听了好几遍，每次都觉得蛮有意思的。PCR (polymerase chain reaction, 聚合酶链式反应），是一种特异性DNA序列体外引物定向酶促扩增技术，这项技术的发明对生物学的发展具有划时代的意义。想了解等多有关PCR的知识，可以查看聚合酶链式反应(百度百科，中文）或Polymerase chain reaction（维基百科，英文）
不多说了，看视频，听歌！
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08 25
08 24
08 19
按照T-RFLP操作流程得到数据后，需要对进行分析处理。T-RFLP数据分析软件有很多，GeneMarker是其中一个。分析T-RFLP数据的主要目的就是看有几个峰，每个峰所占的比例是多少，与Quantity One分析DGGE结果有点类似。使用GeneMarker分析T-RFLP结果的大致方法如下，比较粗略，具体各个参数的意义，请参考GeneMarker手册或相关教程：
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08 17
08 16
变性梯度凝胶电泳（Polymerase Chain Reaction-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis, PCR-DGGE）和FISH一样，也是一个常用的分子生物学实验，在环境生物技术领域常用于分析微生物群落的多样性。DGGE实验的大体操作流程如下，比较麻烦，影响因素很多，有一段时间我曾经天天捣鼓PCR-DGGE，反复优化各个条件，非常无聊。
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08 15
07 26
问题是这样的：有很多很多序列，几百条，想大致了解一下这些序列分别是什么样的微生物，如果一条一条去blast，那是相当的累。想找一个工具告诉我每条序列blast结果的前几条的名称是什么即可，不需要其它信息。
在网上找了一下，没找到合适的软件或工具，虽然有些关于批量blast的教程之类的，比如这个，但是给出的结果及其繁琐，很多不需要的信息。
后来发现Biopython可以很简单就进行批量Blast。只需先安装Python和Biopython，Python和Biopython的下载地址分别为：
http://www.python.org/download/
http://www.biopython.org/wiki/Download
05 28
