安装Windows XP，必须用到系统安装盘，软驱和带有硬盘驱动程序的软盘，没有软驱的SATA硬盘的电脑无法安装XP；
安装Windows 7, 可以将驱动程序放到U盘或光盘代替软盘；
安装Linux（Ubuntu 10.04），不需要驱动程序也可以安装，但是成功安装之后，重启无法进入，可能通过一定设置可以解决，但我没找到方法。

要在一个既没有Windows又没有Linux的SATA硬盘的电脑上安装这两个系统，我是这样折腾的：

首先安装Windows 7，在联想官网上下载的驱动cdsas09ws17.exe解压之后的文件竟然不能用，不知怎么回事，换成买工作站时候带的光盘里的驱动就可以，比较奇怪。
Win7安装之后，可以顺利启动，一切OK，接下来用光盘安装Ubuntu，也可顺利安装，可是安装之后Win 7和Ubuntu两个系统都进不去了，提示“无法引导”。
接下来，再安装一次Win7，又顺利安装成功了，也可以顺利重启，可是启动菜单中没有Ubuntu，到这一步，解决方法就很容易了，方法见这里：Win7和Ubuntu双系统问题

真是很折腾啊，不知道有没有什么好办法。

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上面这篇文章中提到的512G内存的机器，价格是55K美元。
Dell的PowerEdge R910机架式服务器，1TB内存，价格大约为50K-100K美元，2TB内存，超过200K美元。

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#!/bin/bash
while read line
do
	if [$line != "abc"]; then
		echo $line;
	fi
done < "input.txt"

运行的时候会报unexpected operator，xxx not found, too many arguments等各种错误。
原因是if后面的[]中前后都要有一个空格，并且$line这个变量要房子引号中。
正确的写法如下：

#!/bin/bash
while read line
do
	if [ "$line" != "abc" ]; then
		echo $line;
	fi
done < "input.txt"

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1. 安装GCC

sudo apt-get install build-essential

2. 安装readline库

sudo apt-get install libreadline-dev

3. 编辑Makefile文件

将TARGET_ARCH 这一行注释掉，去掉 CXXFLAGS 这一行的注释； 另外根据机器配置选择是否64位版本，64BIT_VERSION ?= yes 。具体参考这里的说明。

4. 进入源代码所在文件夹，编译

make

编译需要很长一段时间，编译结束后将生成的mothur这个可执行文件所在的目录加入环境变量中，或者将mothur这个文件复制到已经在环境变量中的目录中即可。

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方法一：使用apt-get install方式安装
sudo apt-get install python-biopython
只有一行命令，可是这种方法安装的不是最新版本，很多新的功能不能用，非常不爽，不建议使用这种方法安装。

方法二：使用easy_install安装
（1）安装python-dev，不然会出现Setup script exited with error: command ‘gcc’ failed with exit status 1错误
sudo apt-get install python-dev
（2）安装easy_install工具
sudo apt-get install python-setuptools
（3）安装biopython
sudo easy_install -f http://biopython.org/DIST/ biopython  (DIST/和biopython之间有个空格)
（4） 安装Numpy
从http://numpy.scipy.org/下载numpy，现在的最新版本是numpy-1.6.1.tar.gz
tar -xzvpf numpy-1.6.1.tar.gz
cd numpy-1.6.1/
python setup.py build
sudo python setup.py install

还可以继续安装一些其它的dependencies，如flex，ReportLab等等，暂时不装，需要的时候再装也可以。

这里有biopython的详细安装说明，好长的一大篇，看了头会晕。

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DGGE虽然有无数的缺点，以至于正在被淘汰，但是它的结果展现形式非常直观，我决定把这种直观的方式移植到高通量测序领域来，于是就有了这个小软件。实际上这种图不仅仅可以用于高通量测序，一切与多样性和丰度有关的数据都可以用这种方式来表示。

生成的图像效果如下：


界面如下：

这个小玩意儿我是用Java写的，可以在Windows，Linux，Mac等多种系统下运行。使用非常简单，分别点一下Load Data和Plot这两个按钮就可以了。
导入的数据需要符合以下格式（请参考下载链接中的ExampleData.txt）：

第一行是两个数m和n，中间用Tab分割，表示输入的数据是一个m行，n列的矩阵（例如：m种细菌在n个样品中的丰度）；
接下来是一个m行，n列的矩阵，数据之间用Tab分割，这个矩阵可以用Excel的保存为Text（Tab Delimited）功能生成；
接下来一行是m个字符串，可以是字母或数字，之间用Tab分割。这些字符串会显示在第一列，表示每一行是什么东西（例如：表示每一行是什么细菌）；
最后一行是n个字符串，可以是字母或数字，之间用Tab分割。这些字符串会显示在第一行，表示每一列是什么东西（例如：表示每一列是什么样品）。

数据准备好之后，点Load Data导入数据，然后点一下Plot，在当前目录下就生成了一个out.png的图片。Grayscale可以设置在0到1之间，设置不同的值，条带的区分度不同。

由于时间有限，这个软件不对导入数据的格式是否正确进行判断，因此导入的文本数据必须严格遵循上述格式，不能含有多余的空格、回车等符号，否则无法生成图片，并且无任何错误提示。

下载地址：BAND （不需要下载pathogenic bacteria 16S rRNA gene这个文件）

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FASTA文件拆分：
1. 从a.fasta中提取第10至第20个序列存到b.fasta中

-

awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>=10&&i<=20{print ">"$0}' a.fasta|sed '/^$/d'>b.fasta

上面命令行中的红色的10和20可以换为其它数字

2.将input.fasta中第每一条序列保存到一个文件中, 这个是在网上看到的，链接在这里。

awk '/^>/{f=++d".fasta"} {print > f}' input.fasta

FASTA文件合并：

cat *.fasta > output.fasta

awk是Unix/Linux下的一种用于文本处理的编程语言，Sed是Unix/Linux下的一种流编辑器。功能都非常强大。

当然这些操作用Python或Perl编程也很容易实现，但不如命令行这么直截了当。
另外，在Windows下如果安装了Cygwin这个软件，也可以使用这些命令。

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问题如下：
在Windows下用wubi方式安装，很容易，但是给Ubuntu分配的硬盘空间太小，最大只有几十G，我希望给Ubuntu多分配一些空间（比如500G），于是就用光盘安装，结果问题就来了，安装结束之后不显示启动菜单，一下子就进入Windows，根本无法进入Ubuntu。

解决方法：
安装EasyBCD这个软件，然后点击Add New Entry，添加一个Linux Entry即可，Type选择GRUB2.

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实验室的工作站终于到了，联想的ThinkStation D20, Intel Xeon（至强）处理器，16个Processor，24GB内存，4TB硬盘， 这样的工作站价格竟然只要23000港币多一点折合人民币不到19000，便宜的出乎我的意料！

简单试了一下，蛮不错的，速度嗖嗖的，再也不用老牛拉破车似的PC处理高通量数据了。

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1. 免费，完全免费；
2. 开机速度快，上网速度也很快；
3. 中毒的可能性比用Windows少很多很多；
4. 适合进行大数据量的科学计算，比如高通量测序数据处理。

安装Ubuntu Linux系统有多种方法：用光盘安装，虚拟机安装，U盘安装，在Windows下直接安装等等，其中最后一种方式非常简单，比较适合初学者，就像安装普通软件一样简单：从下面这个链接下载一个安装软件wubi.exe，然后双击，填上密码，点击安装即可。

http://www.ubuntu.com/desktop/get-ubuntu/windows-installer

安装后重启，就会发现有两个系统了，用上下箭头选择”Ubuntu”就进入了Ubuntu系统。

如果Windows系统中安装了卡巴斯基，可能需要先关掉，再安装Ubuntu。

我在笔记本上安装了Ubuntu，用了一段时间后，发现几乎完全可以满足普通的办公和上网需求。如果开个公司的话，我觉得可以考虑让公司的办公电脑都用Linux系统，这样既可以节省成本，又可以减少中毒的可能，还没有版权等烦恼。

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