Archive for 五月, 2009

序列分析软件ARB

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ARB是德国慕尼黑工业大学开发的一个序列分析软件包,这个软件的开发始于90年代初,距今已有十多年的历史。起初功能比较简单,主要用于rRNA序列分析,而现在ARB的功能已经非常强大,可以广泛用于核酸和蛋白质序列分析。

ARB大致有以下一些功能:

(1) 序列数据以系统发育树(phylogenetic tree)的形式在主窗口中显示,用鼠标点击可进行一系列查找及编辑操作;
(2) 序列及附属数据可以以不同格式导入和导出;
(3) 提供各种各样的算法画系统发育树;
(4) ARB有一个功能强大的编辑器,具有查找,对齐,对齐优化,二级结构检查,显示二级结构等功能;
(5) ARB的PT server提供了强大的搜索功能,可以在整个数据库中快速查找specific sequence  signatures,进行相关probe设计。

ARB最大的一个不足之处就是它是基于Unix/Linux的软件,没有Windows版本,安装使用都比较麻烦,不易上手,使不少人望而却步。刚才在谷歌中搜索了一下,竟然一篇介绍ARB的中文章都没找到。

ARB下载:

http://www.arb-home.de/downloads.html

ARB的安装:

ARB需要在Linux系统下安装,如果在windows系统中安装,需要先装一个虚拟机软件(如VMWare、Virtual PC等),虚拟一台PC,然后安装Linux系统,然后再在这个Linux系统中安装ARB。

ARB相关资料:

ARB网站:http://www.arb-home.de/
雅虎讨论组:http://tech.groups.yahoo.com/group/arb_users/
ARB Silva Database:http://www.arb-silva.de/
一篇介绍ARB的Paper:ARB: a software environment for sequence data.   Nucleic Acids Research.  2004. 32(4):1363-1371

五个在线CSS生成器

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(1) Button Maker Online

在线生成按钮的工具

(2) CSS Menu Generator

在线生成css导航栏(菜单栏)工具

(4) Cssround

CSS圆角图片在线生成器

(3) Gradcolor

颜色渐变图片在线生成工具

(5) YUI: CSS Grid Builder示例及说明

雅虎的在线CSS生成器,使用这个工具构建网页的整体框架非常简单

拷贝数(Copy Number)计算器

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做qRT-PCR的时候经常需要计算DNA拷贝数(Copy Number),比较烦,用下面这个计算器就方便多了!

DNA量 (ng):

长度 (bp):

拷贝数(Copy Number): x10^

说明:
1 上面的计算器中假设1mol base pair(bp)的质量是660g
2 使用的公式是Copy Number = ( amount * 6.022x10^23) / (length * 1x10^9 * 660)
3 其中的Javascript函数是从这里复制的,将其中的650改为了660。

什么是拷贝数?看这里:http://baike.baidu.com/view/1321865.htm
如何计算拷贝数?计算方法:(6.02 x 10的23次拷贝数/摩尔) x (浓度g/ml) / (MW g/mol) = copies/ml [平均分子量: dsDNA=(碱基数) x (660 道尔顿/碱基) ssDNA=(碱基数) x (330 道尔顿/碱基) ssRNA=(碱基数) x (340 道尔顿/碱基)]

Wordpress数据库导入出错的解决方法

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Wordpress博客从一个主机空间搬到另一个空间的时候,由于不同空间服务商提供的mysql数据库版本可能不同,在原来空间的MyPhpAdmin导出的时候没有问题,但在另一个空间的MyPhpAdmin导入到时候就会出现各种各样的问题,比如:

#1062 - Duplicate entry '2' for key 1
Duplicate entry ‘%s’ for key %d 错误编号:1062

如果对mysql数据库不是很熟悉,遇到这样的问题就比较麻烦。

其实,这种由于mysql数据库版本不同导致的Wordpress数据库导入出错可以这样解决:

导出数据库的时候不用MyPhpAdmin,而用Wordpress备份插件WordPress Database Backup备份数据库,将备份文件导入,这样就不会出错了。

两个Wordpress备份插件

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现在越来越多的人开始选择用wordpress搭建自己的博客,博客建立后,为了防止主机故障或其它原因造成博客上文章丢失,应该定期进行备份,下面是两个wordpress备份插件:

(1) WordPress Database Backup
这是一个Wordpress数据库备份插件,很好用,可以定期将wordpress数据库备份到网站空间,也可以将备份文件发到某个邮箱。这个插件除了可以备份数据库,还可以用于解决wordpress数据库导入出错的问题

下载地址:WordPress Database Backup

安装方法和其它wordpress插件一样,安装并启用后,在Tools → Backup下面进行备份。

(2) BackUpWordPress
上面的插件只能备份数据库,而BackUpWordPress这个插件既可以备份数据库,又可以备份网站上的文件,备份的内容都可以发到指定的Email地址,功能非常强大。

下载地址:BackUpWordPress