高通量测序技术发展的真是快啊，454最近发布的GS FLX Titanium XL+系统的测序长度已经可达700～1000bp了！！通量700M，运行时间23小时。资料请看这里。虽然454的通量有点低，成本有点高，但是它的读长实在是有点诱人。

下面这张表格综合比较了普通测序仪3730xl及Illumina, 454, Ion Torrent, SOLiD，PacBio RS等各种高通量测序仪的通量、读长及运行成本。

下面这张表格列出了各种高通量测序仪的仪器成本（单位是千美元）、产生的数据量，错误情况及其它一些信息。

Glenn, T. C. (2011). Field guide to next generation DNA sequencers. Molecular Ecology Resources.

微生物群落结构分析的有力工具、环境微生物领域卓越的研究方法、久经考验最后终于经不住考验的分子生物学的手段——DGGE，今天彻底从我们实验室退休了，一起退休的还有另一个家伙——T-RFLP。我几个月前的预言在我们实验室首先实现了。

拍个照片就装箱子了，下次出来估计就是进博物馆喽！

给DGGE时代画上一个句号，让我们一起昂首挺进高通量测序时代吧：）

目前，最新型号的Illumina Hiseq2000高通量测序仪已经达到每次运行产生600G的数据量了，据说，在1～2年内，通量还将还将继续提高，达到每次运行产生1000G数据。这数据量真是太惊人了！相比之下，454都有点算不上高通量测序了。可是对于不专门从事基因研究的实验室来说，根本用不了这么大的数据量，即使买了这种高通量测序仪，也没有足够的样品让仪器满负荷运行，因而，选择小型的高通量测序仪更适合一些，下面是两种小型高通量测序仪：

1. Illumina MiSeq

Illumina公司推出的一种小型高通量测序系统，最高通量为1Gb/Run，运行时间为27小时，最长读长150bp，详情请看这里：http://www.illumina.com/systems/miseq.ilmn

2. Ion PGM

IIon PGM是on Torrent公司（目前已被Life Technologies公司收购）开发的小型高通量测序仪，其最新型号运行一次只需2小时，产生的数据量大于1Gb，读长大于200bp。详情在这里：http://www.iontorrent.com/technology-how-does-it-perform/

医学和动物、植物学方面我不太了解，据我所知这类小型高通量测序仪非常适合用于微生物基因方面的（如环境生态学，环境工程，发酵工程等等）研究。据估计这两种高通量测序仪价格应该都在200万人民币以内（包含处理数据所需的高性能工作站电脑），对于中国大部分科研单位，这个价格完全可承受，买个一两台，小菜一碟，还没开始着手购买的单位，已经落后了。

想知道世界上哪些单位有高通量测序仪吗？剑桥大学的James Hadfield利用Google地图API制作了一个高通量测序仪分世界布图，这个地图非常直观地展示了高通量测序仪的数量及在各个国家和地区的分布情况。要是再把其中提供商业服务的单位的高通量测序报价也标上去，就更好了。

网址：http://pathogenomics.bham.ac.uk/hts/

另外，这里还有一些具体的统计数据：http://pathogenomics.bham.ac.uk/hts/stats

之前一直以为华大一下子买了150多台，中国高通量测序仪肯定挺多的，没想到，还是不到美国的三分之一。到目前为止，美国的635台高通量测序仪是分布于194个机构，而中国内地的183台仅分布于7个机构，这7个机构分别是：华大（156台），浙江大学（1台），苏州生物医药创新中心（1台），上海康成生物（1台），上海生物芯片有限公司（7台），北京贝瑞和康生物技术有限公司（2台），中科院北京基因研究所（15台）。与美国相比，分布过于集中，不是太好。

中国台湾有21台，中国香港有13台。

在这些高通量测序仪中，Illumina Genome Analyser 2x和Illumina HiSeq 2000占了大多数，而ABI SOLiD和Roche 454相对较少。

值得注意的是，俄罗斯说：”你们玩吧，哥不和你们凑这个热闹了“。俄罗斯竟然只有八台，与马来西亚拥有的数目相同。这是怎么回事呢？

现在高通量测序技术真是火啊！昨天看了一下亚视新闻，在讲到香港六大产业的时候，有几个镜头竟然特别突出展示了454高通量测序仪。这个新闻的视频链接在这里。此外，我还注意到，中科院、北京大学、南京大学等单位在去年年底或今年年初开始购买高通量测序仪了（链接1，链接2，链接3，链接4）。与华大基因相比，动作有点慢了……

说到高通量测序，很多人最关心的就是价格、报价，到底测一个样品要多少钱呢？我了解到的情况大体是这样的：
继续阅读 »

最近遇到一个需要动态作图的问题，情况是这样的：有一台仪器（一台天平）不断通过串口向计算机发送数据，在计算机中用Terminal这个串口调试工具接收数据后记录到一个名字为data.log的文本文档中，现在需要将记录的数据动态地通过图形展现出来。
继续阅读 »

Quantity One是Bio-Rad公司的凝胶电泳图像获取、处理以及定量分析软件。功能很强大，到底多么强大在这就不说了。用处很多，到底多么多在这也不说了，具体功能请参考Quantity One使用说明及相关教程。下面只是Quantity One用于DGGE结果定量分析的一般操作方法：

有下面这么一张DGGE图像，需要分析一下左边第5条泳道的8个条带对应的DNA在样品中占的百分比各分别是多少。

继续阅读 »

离心机上一般标有两种离心速度单位：

rpm (Revolutions per minute)： 转/分；
RCF (Relative Centrifugal Force)：相对离心力，用重力加速度（g）的倍数表示。

两种离心速度的单位的换算公式为：
RCF=0.00001118*R*(rpm)*(rpm)
其中：R 是离心半径，单位：厘米；

离心管在离心机中离心的过程中，管口至管底的各点与旋转轴之间的距离（离心半径）是不一样的，在计算中采用平均半径作为离心半径：R=( R min＋R max) / 2。

下面是一个离心速度换算器，两种离心速度的换算可以在下面换算器中进行：

下午小睡了一会，结果晚上怎么也睡不着，于是就开机上网，漫无目的地浏览了一番，突然想起起到百度专利搜索去溜达溜达，抱着寻找灵感的心态，怀着弄出点发明来的强烈愿望，在百度专利搜索中search了几个关键词，灵感没找到，找到一种仪器，一种探鳖装置：

本实用新型公开了一种探鳖装置，涉及一种利用脉冲发生器探鳖的装置，尤其适用于养殖大户为了观察鳖生长期的情况，或有目的的捕捉它而提供准确方位的装置。本实用新型为了准确快捷探测鳖的躲藏位置，主要由脉冲发生器和探针组成。继续阅读

Google了一下，还有不少视频介绍，比如下面这个：
http://v.youku.com/v_show/id_XMjAxNzg4NzY=.html