问题是这样的:有很多很多序列,几百条,想大致了解一下这些序列分别是什么样的微生物,如果一条一条去blast,那是相当的累。想找一个工具告诉我每条序列blast结果的前几条的名称是什么即可,不需要其它信息。
在网上找了一下,没找到合适的软件或工具,虽然有些关于批量blast的教程之类的,比如这个,但是给出的结果及其繁琐,很多不需要的信息。
后来发现Biopython可以很简单就进行批量Blast。只需先安装Python和Biopython,Python和Biopython的下载地址分别为:
http://www.python.org/download/
http://www.biopython.org/wiki/Download
有一个叫做dropbox的玩意儿,试用了一下感觉非常不错,它是一个免费的文件备份、同步、共享工具,也可以看看成是一个免费的网盘。主要功能就是能使多台电脑中的某个文件夹始终保持一致,也就是说将dropbox软件安装在多台电脑中之后,会在每台电脑中建立一个文件名为My Dropbox的文件夹,如果在其中一台电脑的这个文件夹中存放了一些文件,那么这些文件会被自动同步到其它电脑,速度超快,我用一个700多兆的文件测试了一下,瞬间完成。点击这里可以注册dropbox帐号,dropbox空间大小是2G,邀请别人注册可以增大空间,最大5G。
另外,微软也有一个类似的网站:Live mesh,空间大小5G,同步功能也很强大,但个人感觉不如dropbox简单好用。
实验室有很多这种定时插座,咋看上去有点玄乎,不知道怎么用,其实很简单:
首先让箭头对准当前时间,然后按下去表示接通,扳起来表示断开。
上面是有人录制的一段视频,不错,一看就明白。
前段时间做了一个克隆文库,有点大,拿到上百条序列,有了序列后,想选择一种合适的酶进行酶切,进而将克隆的结果与T-RFLP的结果联系起来。试了几个软件和一些在线酶切分析工具,好像都是可以用多种酶去切一个序列,而不能同时切多个序列。要是序列不多,一个个切切还可以,可是这上百条序列就需要几百次甚至更多的重复操作,不但能把手累的抽筋,眼都能被累的抽筋,实在让人无法忍受。于是决定自己做个小工具。
首先用了几个小时速成了一下Perl语言及Bioperl,发现这玩意处理字符串真的是太方便了!只需要下面这几行代码就可以自动或半自动同时查找多个序列酶切位点了(由于T-RFLP结果只与第一个酶切位点有关,因此只找每个序列的第一个切点)。
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用过不少截图软件,感觉最好用的是QQ带的截图功能,屏幕截图、视频截图功能都很好用,还有简单的添加文字、添加箭头等编辑功能也不错。对于经常挂QQ的人,用QQ的截图功能非常方便。可是如果不习惯用QQ,为了抓图而登录QQ就很不爽。
另外QQ截图还有个缺点就是截图后无法直接复制粘贴到Word里面,需要先保存,然后在弄到Word里去。
下面是一个特别小巧、非常好用、及其简单、免费的没有名字的抓图软件:
下载地址:简单小巧的截图软件
纯绿色,无需安装,解压即可用,只有2个文件。下载之后,将其放在硬盘某处,然后在快速启动栏建一个快捷方式,使用起来非常方便。这个软件的特点就是简单、实用,如果需要高级截图功能,那就别用它了。
据说这个小软件是从QQ分离出来的,是一个典型的盗版软件!:)
有人问我博客上的图片一点击就变大跳出来这种效果是咋弄的,其实就是安装了一个插件:Auto Highslide。这种效果英文叫做Highslide,不知道中文叫什么,就叫特效吧。
插件下载地址:Auto Highslide
安装方法和其它的插件一样,上传,启用即可。
Wordpress文章中的图片要加上链接,链接到图片的原始地址,效果如下:

不仅图片可以弄成这种效果,很多网页内容都可以用javascript做成这样。
http://highslide.com/ 这个网站有详细介绍。
Solver是Excel一个功能非常强大的插件(Add-Ins),可用于工程上、经济学及其它一些学科中各种问题的优化求解,使用起来非常方便,Solver包括(但不限于)以下一些功能:
1、线性规划
2、非线性规划
3、线性回归,多元线性回归可以用Origin求解,也可以用Excel的linest函数或分析工具求解。
4、非线性回归
5、求函数在某区间内的极值
注意:Solver插件可以用于解决上面这些问题,并不是说上面这些问题Solver一定可以解决,而且有时候Solver给出的结果也不一定是最优的。
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在线生成按钮的工具
在线生成css导航栏(菜单栏)工具
(4) Cssround
CSS圆角图片在线生成器
(3) Gradcolor
颜色渐变图片在线生成工具
(5) YUI: CSS Grid Builder,示例及说明
雅虎的在线CSS生成器,使用这个工具构建网页的整体框架非常简单
做qRT-PCR的时候经常需要计算DNA拷贝数(Copy Number),比较烦,用下面这个计算器就方便多了!
说明:
1 上面的计算器中假设1mol base pair(bp)的质量是660g
2 使用的公式是Copy Number = ( amount * 6.022x10^23) / (length * 1x10^9 * 660)
3 其中的Javascript函数是从这里复制的,将其中的650改为了660。
什么是拷贝数?看这里:http://baike.baidu.com/view/1321865.htm
如何计算拷贝数?计算方法:(6.02 x 10的23次拷贝数/摩尔) x (浓度g/ml) / (MW g/mol) = copies/ml [平均分子量: dsDNA=(碱基数) x (660 道尔顿/碱基) ssDNA=(碱基数) x (330 道尔顿/碱基) ssRNA=(碱基数) x (340 道尔顿/碱基)]