用Quantity One进行定量分析的方法

生物方面28 Comments »

Quantity One是Bio-Rad公司的凝胶电泳图像获取、处理以及定量分析软件。功能很强大,到底多么强大在这就不说了。用处很多,到底多么多在这也不说了,具体功能请参考Quantity One使用说明及相关教程。下面只是Quantity One用于DGGE结果定量分析的一般操作方法:

有下面这么一张DGGE图像,需要分析一下左边第5条泳道的8个条带对应的DNA在样品中占的百分比各分别是多少。
DGGE

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最简单最好用的截图软件

杂七杂八3 Comments »

用过不少截图软件,感觉最好用的是QQ带的截图功能,屏幕截图、视频截图功能都很好用,还有简单的添加文字、添加箭头等编辑功能也不错。对于经常挂QQ的人,用QQ的截图功能非常方便。可是如果不习惯用QQ,为了抓图而登录QQ就很不爽。

另外QQ截图还有个缺点就是截图后无法直接复制粘贴到Word里面,需要先保存,然后在弄到Word里去。

下面是一个特别小巧、非常好用、及其简单、免费的没有名字的抓图软件:

下载地址:简单小巧的截图软件

纯绿色,无需安装,解压即可用,只有2个文件。下载之后,将其放在硬盘某处,然后在快速启动栏建一个快捷方式,使用起来非常方便。这个软件的特点就是简单、实用,如果需要高级截图功能,那就别用它了。

据说这个小软件是从QQ分离出来的,是一个典型的盗版软件!:)

用BioEdit合并多个基因序列文件

生物方面2 Comments »

以前做了个小软件用来合并多个基因序列文件,昨天发现,用BioEdit就可以进行合并,非常简单,合并方法如下:

1、打开BioEdit,点击“File”->”New Alignment”;
2、“File”->”import”->”Sequence Alignment file”,将全部要合并的序列导入;
3、”File“->”Save“ or “Save as”,保存为.fas格式文件。OK!

BioEdit是一个优秀的、卓越的、非常不错的、免费的序列编辑与分析软件。

BioEdit下载地址:BioEdit

MSN无法登录的解决方法

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刚才不知怎么回事,MSN突然无法登陆了,显示的信息如下:

您无法登陆Windows Live Messenger
登陆Windows Live Messenger失败,因为服务暂时不可用。请稍候再试。
错误代码:80070008

msn-error

微软网站对错误代码80070008有如下说明:

80070008 “在服务器上出现错误。 服务器可能不正确太忙,暂时脱机或正常运行。 关闭向导并尝试添加计算机使用时间以后。 如果,多个的尝试后仍无法添加时间,与客户支持帮助和引用错误代码 #80070008″。 如果提供的服务器脱机或忙,或者 Internet 连接有问题,可能会出现此问题。 要解决此问题,验证网络连接和数据中心连接。 关闭并重新启动添加计算机使用时间向导来尝试添加时间再次。 如果多次尝试后仍然遇到此问题,预付的置备服务器可能不可用。 有关更多信息,请与记帐支持联系。

完全看不懂这些说明,不知道在说什么。

经过一番折腾,发现下面的方法可以解决问题:

———————方法开始———————

点击“开始”-“运行”,打开运行的对话框,依次输入下面几个命令,然后回车

regsvr32 MSXML3.dll

regsvr32 softpub.dll

regsvr32 mssip32.dll

regsvr32 initpki.dll

然后重新启动计算机。

———————方法结束———————

据说,regsvr32是一个用于在系统中注册“ActiveX控件”的命令……,算了,管那么多干嘛呢,MSN能登陆就行了。

绿坝专杀

随笔杂谈2 Comments »

最近听说“绿坝·花季护航”这玩意搞得挺热闹,忙里偷闲在网上喵了两眼,原来是国家4000万买了个流氓软件“免费”“强制”给人民使用“一年”。唉,在外面筑起一堵墙不够,还要在家里修建一条坝,真能折腾。

在谷歌、百度中好多人开始搜索下面的关键词了:

绿坝专杀
绿霸专杀工具
绿坝卸载
绿坝破解
绿坝被小学生破解

貌似不是花4000元买个软件保护花季少年免受有害信息侵害,倒是像给电脑爱好者、破解爱好者买了个玩具。这玩意不可能抗得住全世界人民对其进行研究、破解,因此各种破解版、专杀工具必将充斥于互联网。将来小朋友上网多了两个步骤,首先打开谷歌搜索如何破解绿坝,然后按照破解方法破解,然后才开始上网……

竟然还有人搞了个绿坝专杀网站,这位哥们脑子挺活,动作挺快。

密西根大学Scott Wolchok等人经过不到12小时的测试,发布了一个测试报告:Analysis of the Green Dam Censorware System,看英文不头疼的人,可以去瞅两眼。

序列分析软件ARB

生物方面7 Comments »

ARB是德国慕尼黑工业大学开发的一个序列分析软件包,这个软件的开发始于90年代初,距今已有十多年的历史。起初功能比较简单,主要用于rRNA序列分析,而现在ARB的功能已经非常强大,可以广泛用于核酸和蛋白质序列分析。

ARB大致有以下一些功能:

(1) 序列数据以系统发育树(phylogenetic tree)的形式在主窗口中显示,用鼠标点击可进行一系列查找及编辑操作;
(2) 序列及附属数据可以以不同格式导入和导出;
(3) 提供各种各样的算法画系统发育树;
(4) ARB有一个功能强大的编辑器,具有查找,对齐,对齐优化,二级结构检查,显示二级结构等功能;
(5) ARB的PT server提供了强大的搜索功能,可以在整个数据库中快速查找specific sequence  signatures,进行相关probe设计。

ARB最大的一个不足之处就是它是基于Unix/Linux的软件,没有Windows版本,安装使用都比较麻烦,不易上手,使不少人望而却步。刚才在谷歌中搜索了一下,竟然一篇介绍ARB的中文章都没找到。

ARB下载:

http://www.arb-home.de/downloads.html

ARB的安装:

ARB需要在Linux系统下安装,如果在windows系统中安装,需要先装一个虚拟机软件(如VMWare、Virtual PC等),虚拟一台PC,然后安装Linux系统,然后再在这个Linux系统中安装ARB。

ARB相关资料:

ARB网站:http://www.arb-home.de/
雅虎讨论组:http://tech.groups.yahoo.com/group/arb_users/
ARB Silva Database:http://www.arb-silva.de/
一篇介绍ARB的Paper:ARB: a software environment for sequence data.   Nucleic Acids Research.  2004. 32(4):1363-1371

常见的DNA序列格式及相互转换软件

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常见的DNA序列格式有下面这些:

PLAIN格式 、EMBL格式、 FASTA格式、 GCG格式、GenBank格式、 IG格式 IUPAC格式和PHYLIP格式等。这些DNA序列文件的书写规则及示例在这里有详细介绍: http://www.genomatix.de/online_help/help/sequence_formats.html

有很多软件可以对这些格式进行转换,比如SeqVerter 、DataConvert、Visual Sequence Editor 等。如果需要转换的文件不是很多,就不需要下载安装软件了,用在线工具即可:
http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/readseq/

http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/seq-util/readseq.html
这是2个可以在线进行这些格式之间的相互转换的工具,使用非常简单。

另外,如果需要将多个FASTA格式的文件合并为一个文件,这个文件合并软件可能可以用一下,不过不是太好用。

可以批量调整图片大小的3个软件

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有时候需要把大量的图片调整到统一的尺寸,这就需要用到图片批量处理工具,下面是三个可以批量调整图片大小的软件:

1、JustResizeIT

JustResizeIT是一个基于Adobe AIR的批量调整图片尺寸的软件,完全免费,非常小巧,通过简单的拖曳操作即可调整图片大小,它支持PNG、JPG及GIF等多种图片格式。使用方法如下:
(1) 点“Add new”,输入调整后图片 的height和width,建立一个tool按钮;
(2) 选中所有需要调整的图片,拖到新建的tool按钮上,稍等一会;
(3) 将按钮拖到一个文件夹中,就得到了调整后的图片,也可以将按钮拖到Word中,这样所有调整后的图片就都插入到了word中。

JustResizeIT下载地址:JustResizeIT
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文件合并小软件

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2009.8.20更新:
建议使用BioEdit合并多个序列文件,具体请看:用BioEdit合并多个基因序列文件
—–
昨天做了一个小软件,把多个后缀名为.seq文件的基因序列文件合并为一个FASTA格式的文件,并且把每个.seq文件的文件名放到合并后的文件的相应基因序列的前一行。比如有两个后缀名为.seq的文件s1.seq和s2.seq,内容分别为:

GGTACCCGGGGAT……

GTCTTTCGACAGGT……

合并后的文件就是:

>s1.seq
GGTACCCGGGGAT……

>s2.seq
GTCTTTCGACAGGT……

如果合并的时候不涉及文件名,非常简单,用word就可以合并了。但要把文件名一起掺和进去,比较少见,没见过哪个软件可以这样做,所以就自己做了个小软件。

这小软件压缩之后只有4.71k,很小很简单,界面很丑…… 下载:seq文件合并小软件

关于FASTA格式:FASTA格式又称Pearson的格式,这种序列格式要求序列的标题行以大于号”>”开头,之后是关于该序列的描述。下一行起为具体的序列。一般 建议每行的字符数不超过80个(也有的地方建议不超过60个)。FASTA格式的详细说明可以参考这里:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/fasta.shtml