01 17
用MEGA构建了系统进化树之后，虽然TreeExplorer窗口中提供了一些功能对进化树进行优化和编辑，但似乎有些不足之处，比如要将树枝名称用不同的字体或不同颜色区别开来，好像就没法实现。例如下面这个图，不同树枝信息颜色不同：
偶然一次发现，原来可以用Word编辑，方法如下：
1. 将MEGA做好的进化树复制到Word中；
2. 右键点击图片，选择” Edit Picture”；
3. OK了，可以使用任何字体、任何颜色编辑进化树了。
01 17
MEGA 是一个非常优秀的序列比对和系统进化树构建软件，使用方便，完全免费，可从其网站下载， 最新版本是4.0。下面是用MEGA构建系统进化树的简明操作流程（具体细节请参考相关MEGA教程及使用说明）：
1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致 ( 5’-3’)。
2. 打开MEGA软件，选择”Alignment” – “Alignment Explorer/CLUSTAL”，在对话框中选择Retrieve sequences from a file, 然后点OK，找到准备好的序列文件并打开。
3. 在打开的窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalX” 进行对齐，对齐过程需要一段时间，对齐完成后，最好将序列两端切齐，选择两端不齐的部分，单击右键，选择delete即可。
01 16
有一个叫做dropbox的玩意儿，试用了一下感觉非常不错，它是一个免费的文件备份、同步、共享工具，也可以看看成是一个免费的网盘。主要功能就是能使多台电脑中的某个文件夹始终保持一致，也就是说将dropbox软件安装在多台电脑中之后，会在每台电脑中建立一个文件名为My Dropbox的文件夹，如果在其中一台电脑的这个文件夹中存放了一些文件，那么这些文件会被自动同步到其它电脑，速度超快，我用一个700多兆的文件测试了一下，瞬间完成。点击这里可以注册dropbox帐号，dropbox空间大小是2G，邀请别人注册可以增大空间，最大5G。
另外，微软也有一个类似的网站：Live mesh，空间大小5G，同步功能也很强大，但个人感觉不如dropbox简单好用。
09 26
前段时间做了一个克隆文库，有点大，拿到上百条序列，有了序列后，想选择一种合适的酶进行酶切，进而将克隆的结果与T-RFLP的结果联系起来。试了几个软件和一些在线酶切分析工具，好像都是可以用多种酶去切一个序列，而不能同时切多个序列。要是序列不多，一个个切切还可以，可是这上百条序列就需要几百次甚至更多的重复操作，不但能把手累的抽筋，眼都能被累的抽筋，实在让人无法忍受。于是决定自己做个小工具。
首先用了几个小时速成了一下Perl语言及Bioperl，发现这玩意处理字符串真的是太方便了！只需要下面这几行代码就可以自动或半自动同时查找多个序列酶切位点了(由于T-RFLP结果只与第一个酶切位点有关，因此只找每个序列的第一个切点)。
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09 06
09 01
用过不少截图软件，感觉最好用的是QQ带的截图功能，屏幕截图、视频截图功能都很好用，还有简单的添加文字、添加箭头等编辑功能也不错。对于经常挂QQ的人，用QQ的截图功能非常方便。可是如果不习惯用QQ，为了抓图而登录QQ就很不爽。
另外QQ截图还有个缺点就是截图后无法直接复制粘贴到Word里面，需要先保存，然后在弄到Word里去。
下面是一个特别小巧、非常好用、及其简单、免费的没有名字的抓图软件：
下载地址：简单小巧的截图软件
纯绿色，无需安装，解压即可用，只有2个文件。下载之后，将其放在硬盘某处，然后在快速启动栏建一个快捷方式，使用起来非常方便。这个软件的特点就是简单、实用，如果需要高级截图功能，那就别用它了。
据说这个小软件是从QQ分离出来的，是一个典型的盗版软件！:)
08 20
以前做了个小软件用来合并多个基因序列文件，昨天发现，用BioEdit就可以进行合并，非常简单，合并方法如下：
1、打开BioEdit，点击“File”->”New Alignment”;
2、“File”->”import”->”Sequence Alignment file”，将全部要合并的序列导入；
3、”File“->”Save“ or “Save as”，保存为.fas格式文件。OK！
BioEdit是一个优秀的、卓越的、非常不错的、免费的序列编辑与分析软件。
BioEdit下载地址：BioEdit
07 08
刚才不知怎么回事，MSN突然无法登陆了，显示的信息如下：
您无法登陆Windows Live Messenger
登陆Windows Live Messenger失败，因为服务暂时不可用。请稍候再试。
错误代码：80070008
微软网站对错误代码80070008有如下说明：
| 80070008 | “在服务器上出现错误。 服务器可能不正确太忙，暂时脱机或正常运行。 关闭向导并尝试添加计算机使用时间以后。 如果，多个的尝试后仍无法添加时间，与客户支持帮助和引用错误代码 #80070008″。 | 如果提供的服务器脱机或忙，或者 Internet 连接有问题，可能会出现此问题。 | 要解决此问题，验证网络连接和数据中心连接。 关闭并重新启动添加计算机使用时间向导来尝试添加时间再次。 如果多次尝试后仍然遇到此问题，预付的置备服务器可能不可用。 有关更多信息，请与记帐支持联系。 |
完全看不懂这些说明，不知道在说什么。
经过一番折腾，发现下面的方法可以解决问题：
———————方法开始———————
点击“开始”-“运行”，打开运行的对话框，依次输入下面几个命令，然后回车
regsvr32 MSXML3.dll
regsvr32 softpub.dll
regsvr32 mssip32.dll
regsvr32 initpki.dll
然后重新启动计算机。
———————方法结束———————
据说，regsvr32是一个用于在系统中注册“ActiveX控件”的命令……，算了，管那么多干嘛呢，MSN能登陆就行了。
06 12
最近听说“绿坝·花季护航”这玩意搞得挺热闹，忙里偷闲在网上喵了两眼，原来是国家4000万买了个流氓软件“免费”“强制”给人民使用“一年”。唉，在外面筑起一堵墙不够，还要在家里修建一条坝，真能折腾。
在谷歌、百度中好多人开始搜索下面的关键词了：
绿坝专杀
绿霸专杀工具
绿坝卸载
绿坝破解
绿坝被小学生破解
貌似不是花4000元买个软件保护花季少年免受有害信息侵害，倒是像给电脑爱好者、破解爱好者买了个玩具。这玩意不可能抗得住全世界人民对其进行研究、破解，因此各种破解版、专杀工具必将充斥于互联网。将来小朋友上网多了两个步骤，首先打开谷歌搜索如何破解绿坝，然后按照破解方法破解，然后才开始上网……
竟然还有人搞了个绿坝专杀网站，这位哥们脑子挺活，动作挺快。
密西根大学Scott Wolchok等人经过不到12小时的测试，发布了一个测试报告：Analysis of the Green Dam Censorware System，看英文不头疼的人，可以去瞅两眼。
05 24
ARB是德国慕尼黑工业大学开发的一个序列分析软件包，这个软件的开发始于90年代初，距今已有十多年的历史。起初功能比较简单，主要用于rRNA序列分析，而现在ARB的功能已经非常强大，可以广泛用于核酸和蛋白质序列分析。
ARB大致有以下一些功能：
(1) 序列数据以系统发育树(phylogenetic tree)的形式在主窗口中显示，用鼠标点击可进行一系列查找及编辑操作；
(2) 序列及附属数据可以以不同格式导入和导出；
(3) 提供各种各样的算法画系统发育树；
(4) ARB有一个功能强大的编辑器，具有查找，对齐，对齐优化，二级结构检查，显示二级结构等功能；
(5) ARB的PT server提供了强大的搜索功能，可以在整个数据库中快速查找specific sequence signatures，进行相关probe设计。
ARB最大的一个不足之处就是它是基于Unix/Linux的软件，没有Windows版本，安装使用都比较麻烦，不易上手，使不少人望而却步。刚才在谷歌中搜索了一下，竟然一篇介绍ARB的中文章都没找到。
http://www.arb-home.de/downloads.html
ARB的安装：
ARB需要在Linux系统下安装，如果在windows系统中安装，需要先装一个虚拟机软件(如VMWare、Virtual PC等)，虚拟一台PC，然后安装Linux系统，然后再在这个Linux系统中安装ARB。
ARB相关资料：
ARB网站：http://www.arb-home.de/
雅虎讨论组：http://tech.groups.yahoo.com/group/arb_users/
ARB Silva Database：http://www.arb-silva.de/
一篇介绍ARB的Paper：ARB: a software environment for sequence data. Nucleic Acids Research. 2004. 32(4):1363-1371
