03 06
视频链接:http://v.youku.com/v_show/id_XMjQ2ODAxMDY4.html
还有另外两部:
1、http://v.youku.com/v_show/id_XMjM3Njc2MDQ0.html
2、http://v.youku.com/v_show/id_XMjM4MDg1MDY0.html
原来实验室不只是可以用来做实验,还可以用来喝酒唱歌啊……
原来烧杯不只是容器,还可以是打击乐器啊……
感谢yanzhu同学留言提醒,在这里说明一下:这个视频是北京科大的研究生们在他们实验室拍摄制作的,虽然实验室条件比较简陋,但是他们很有才,很有创意。这个视频与我们及我们的实验室无关。我们实验室的视频在这里。顺便感慨一下,在中国内地读研究生太艰苦了,待遇太低了。
02 11
做饭和做PCR,仔细琢磨琢磨简直是一样一样的:
1. 步骤很一致。 做饭的时候,穿上围裙,走进厨房,打开冰箱,拿出各种料,解冻……
做PCR的时候,穿上白大褂,走进PCR房间,打开冰箱,拿出各种料,解冻……
看,多么一致的操作步骤啊!
2. 都要用锅。做饭要用锅这个大家都知道;有人纳闷了,做PCR也要用锅吗?是的,没错,最早的PCR就是用锅做的,三个水浴锅,折腾来折腾去,没见过这种锅的人可以到这里(Figure 1b)见识一下,现在用的PCR仪只是个升级版的锅而已。
3. 都讲究火候。做饭最讲究火候了,火候小了不熟,火候大了就糊了;做PCR也是,anealing那一步的火候可重要的,火候小了非特异性扩增,火候大了,啥也扩不出来。
4. 配料都很重要。做饭的时候,油盐酱醋少一样也调不出想要的味道;做PCR的时候Buffer,酶,dNTP,引物,模板一个也不能少。
5. 有时候都要回锅。Nested PCR都知道吧,把第一锅的PCR产物作为模板放进第二锅再次做PCR;做饭有时候也需要这样,吃过烩饼么?第一步先把饼烙熟,切成条状,第二步放进美味的汤里煮像煮面条那样煮一下。类似的还有回锅肉。哈哈
6. 有PCR歌,也有做饭歌。
不了解PCR的同学阅读以上内容可能有困难,那么需要先做点热身运动:看看这个视频,了解一下PCR原理,再看看这个视频,了解一下操作步骤,然后再看就懂啦!
01 08
前段时间去深圳参加了一个关于肠道微生物高通量测序的会议,有位老师讲了一个关于小鼠寿命的实验,蛮有意思的:
将一群小鼠分成若干组,每组若干只,用以下不同方式饲养:
第一组喂高脂饲料,吃饱,不运动;
第二组喂高脂饲料,吃饱,运动;
第三组喂高脂饲料,吃七成饱,不运动;
第四组喂高脂饲料,吃七成饱,运动;
第五组喂低脂饲料,吃饱,不运动;
第六组喂低脂饲料,吃饱,运动;
第七组喂低脂饲料,吃七成饱,不运动;
第八组喂低脂饲料,吃七成饱,运动;
你能猜出哪组的寿命最长,哪组寿命最短么?先猜一个,然后看下面的答案看看猜的对不对。
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寿命最长的是:第七组喂低脂饲料,吃七成饱,不运动;
寿命最短的是:第二组喂高脂饲料,吃饱,运动;
第七组小鼠的寿命(4年左右)大致是第二组小鼠寿命(2年左右)的2倍。
说明:这仅仅是一个用小鼠进行的实验,只可参考,请勿胡乱推广演绎,更不要因此而盲目改变自己的生活习惯。哈哈:)
09 01
下面是环境生物技术领域常用的一些分子生物学实验操作流程及数据处理的方法,这些实验的大致作用就是弄清楚一个样品中有些什么微生物,总共有多少种,每种的含量是多少。
0. PCR, 这个步骤就不需要写了,听听PCR之歌吧
1. PCR-DGGE操作步骤
2. 用Quantity One进行定量分析的方法
3. T-RFLP操作步骤
4. 使用GeneMarker分析T-RFLP数据
5. 克隆的方法及操作步骤
6. 感受态细胞制备方法
7. 荧光原位杂交(FISH)实验操作步骤
08 25
大肠杆菌感受态细胞(competent cell)是分子克隆操作中的关键材料,所谓感受态细胞就是经过物理或化学方法处理过,细胞壁的通透性大大增强,更容易接受外源DNA进入的大肠杆菌细胞。
感受态细胞的制备方法有很多,如:电击法,CaCl2法,TFB法,TSS法等。还有一种最最简单的方法就是直接买法……
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08 24
这里的克隆是指分子克隆(molecular clone) 或基因克隆,跟克隆羊、克隆人不是一回事,想整个克隆人玩玩的同学别往下看了,完全照着做也克隆不出来。
分子克隆是一个常用的、非常成熟的分子生物学实验。环境生物学实验中常用的对某DNA片段进行克隆,构建克隆文库的方法及大致操作流程如下:
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08 19
按照T-RFLP操作流程得到数据后,需要对进行分析处理。T-RFLP数据分析软件有很多,GeneMarker是其中一个。分析T-RFLP数据的主要目的就是看有几个峰,每个峰所占的比例是多少,与Quantity One分析DGGE结果有点类似。使用GeneMarker分析T-RFLP结果的大致方法如下,比较粗略,具体各个参数的意义,请参考GeneMarker手册或相关教程:
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08 17
T-RFLP (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism) 和DGGE类似,也是一种可以用于分析微生物群落结构的DNA Fingerprinting方法。与DGGE相比它重复性更好,定量更准确,实验流程也比DGGE的操作步骤简单很多,而且不像DGGE那样,要进行很多次反复的优化才能得到比较好的结果。但是T-RFLP的成本要比DGGE高一些,主要因为T-RFLP最后一步要用测序仪完成。下面是T-RFLP的简要操作流程:
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08 16
变性梯度凝胶电泳(Polymerase Chain Reaction-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis, PCR-DGGE)和FISH一样,也是一个常用的分子生物学实验,在环境生物技术领域常用于分析微生物群落的多样性。DGGE实验的大体操作流程如下,比较麻烦,影响因素很多,有一段时间我曾经天天捣鼓PCR-DGGE,反复优化各个条件,非常无聊。
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08 15
荧光原位杂交(Fluorescence in situ hybridization,FISH)是一个很重要的生物学实验技术,它的特点是原位,无需经过PCR,可以用于对环境样品中特定的微生物进行定量分析。下面是以活性污泥为例的FISH实验步骤及方法。非生物学专业的同学请不要往下看了。
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