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国产文件同步软件-快盘

叶林 — Sat, 31 Jul 2010 06:42:27 +0000

不知什么时候开始，在中国，凡是用“国产”修饰的名词，就基本意味着这是个劣质产品。现在介绍的这个快盘也不例外，它是一个模仿但远远落后于dropbox的山寨货。由于我们这个神奇的国家总是喜欢把世界上比较优秀的网站屏蔽掉，没办法，有时候也不得不用一下山寨货。

据说“快盘”有下面这些功能：

1. 实时数据备份，保障文档安全
2. 快速同步数据
3. 随时随地和你的团队分享文档
4. 移动设备直接获取资料
5. 共享文件夹，协作更高效
6. 企业微博式讨论，文档支持网页直接查看

简单试用了一下，速度还算比较快，在大陆dropbox不可用的情况下，用一下也还可以。但也有些问题：

1. 单个文件大小限制为100M，超过100M就不能同步了，而dropbox不限制文件大小；
2. 不能在Windows和Mac及Linux不同系统之间同步；
3. 虽然有ipad客户端，但没有iphone，itouch客户端，在手机上使用不方便；
4 不如dropbox简洁，软件安装时过分修改系统的设置，生成一个用处不大的盘符（K:\）就不说了，连下载保存、另存为对话框左侧的桌面图标就被替换掉了，非常不方便，而且即使将快盘的客户端软件卸载后仍然无法恢复。

这个问题可以这样解决：点开始–>运行–>输入regedit回车，依次点击
HKEY_CURRENT_USER–> Software–>Microsoft–>Windows–>CurrentVersion–>
Policies–>Comdlg32–>PlaceBar，
在其中有个K:\的哪一项上双击，将K:\改为：%USERPROFILE%\Desktop

快盘注册及下载地址为：http://k.wps.cn/
现在需要邀请才能注册，下面是两个注册码：
http://xlive.wps.cn/invite/?code=EC0993D2-579C-EE1F-3F5D-97D36A7497BC
http://xlive.wps.cn/invite/?code=195161EF-2675-83A4-E850-F49C83BD4FAE

在国外的朋友就不需要注册了，用dropbox就可以了，到目前为止，快盘几乎没有一点地方比dropbox好用。

免费的文件备份/同步/共享工具

叶林 — Sat, 16 Jan 2010 12:28:06 +0000

有一个叫做dropbox的玩意儿，试用了一下感觉非常不错，它是一个免费的文件备份、同步、共享工具，也可以看看成是一个免费的网盘。主要功能就是能使多台电脑中的某个文件夹始终保持一致，也就是说将dropbox软件安装在多台电脑中之后，会在每台电脑中建立一个文件名为My Dropbox的文件夹，如果在其中一台电脑的这个文件夹中存放了一些文件，那么这些文件会被自动同步到其它电脑，速度超快，我用一个700多兆的文件测试了一下，瞬间完成。点击这里可以注册dropbox帐号，dropbox空间大小是2G，邀请别人注册可以增大空间，最大5G。

另外，微软也有一个类似的网站：Live mesh，空间大小5G，同步功能也很强大，但个人感觉不如dropbox简单好用。

定时插座使用方法

叶林 — Tue, 29 Sep 2009 15:16:42 +0000

实验室有很多这种定时插座，咋看上去有点玄乎，不知道怎么用，其实很简单：
首先让箭头对准当前时间，然后按下去表示接通，扳起来表示断开。
上面是有人录制的一段视频，不错，一看就明白。

酶切位点分析

叶林 — Sat, 26 Sep 2009 14:03:24 +0000

前段时间做了一个克隆文库，有点大，拿到上百条序列，有了序列后，想选择一种合适的酶进行酶切，进而将克隆的结果与T-RFLP的结果联系起来。试了几个软件和一些在线酶切分析工具，好像都是可以用多种酶去切一个序列，而不能同时切多个序列。要是序列不多，一个个切切还可以，可是这上百条序列就需要几百次甚至更多的重复操作，不但能把手累的抽筋，眼都能被累的抽筋，实在让人无法忍受。于是决定自己做个小工具。

首先用了几个小时速成了一下Perl语言及Bioperl，发现这玩意处理字符串真的是太方便了！只需要下面这几行代码就可以自动或半自动同时查找多个序列酶切位点了(由于T-RFLP结果只与第一个酶切位点有关，因此只找每个序列的第一个切点)。

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Bio::SeqIO;
my $file = ‘All_Sequences.fas’;
my $site = ‘CCGG’;
my $n = 2;
my $inputfile = Bio::SeqIO->new(-format => ‘fasta’, -file => $file);
my $outputfile = “Result.txt”;
unless ( open(RESULT, “>$outputfile”) ) {
print “Cannot open \”$outputfile\” to write to!!\n\n”;
exit;
}
while ( my $seq = $inputfile->next_seq) {
my $str = $seq->seq;
if ( $str =~ /$site/ ) {
print RESULT index ($str, $site, 0)+$n, “\n”;
print $seq->id, ” -> “, index ($str, $site, 0)+$n,”\n”;
}
}
close(RESULT);

使用说明：

首先要先安装Perl，另外还需要安装Bioperl。然后将上面这段代码保存到一个文本文档中，将后缀名改为.pl，把待切的多条序列合并到一起(fasta格式)，命名为All_Sequences.fas，和这个.pl文件放在同一个文件夹，然后和运行其它perl程序一样运行就可以了。需要说明的是上面只是用一个酶(MSP I)去切放在All_Sequences.fas这个文件中的所有序列，结果保存打印在屏幕上同时保存在Result.txt这个文件中，如果需要用别的酶，my $site = ‘CCGG’;和my $n = 2;这两行需要进行相应的修改，具体怎么改我就不说了，做酶切的同学肯定知道怎么改。

显而易见，这个东西使用起来不是很方便，因此如果需要处理的序列不是很多，使用这个代码没有什么优势，不需要使用，序列多的话，可以考虑用一下。

有人知道用什么软件可以进行类似的操作吗？如果知道，麻烦留言告诉我一下:)

最简单最好用的截图软件

叶林 — Tue, 01 Sep 2009 11:17:11 +0000

用过不少截图软件，感觉最好用的是QQ带的截图功能，屏幕截图、视频截图功能都很好用，还有简单的添加文字、添加箭头等编辑功能也不错。对于经常挂QQ的人，用QQ的截图功能非常方便。可是如果不习惯用QQ，为了抓图而登录QQ就很不爽。

另外QQ截图还有个缺点就是截图后无法直接复制粘贴到Word里面，需要先保存，然后在弄到Word里去。

下面是一个特别小巧、非常好用、及其简单、免费的没有名字的抓图软件：

下载地址：简单小巧的截图软件

纯绿色，无需安装，解压即可用，只有2个文件。下载之后，将其放在硬盘某处，然后在快速启动栏建一个快捷方式，使用起来非常方便。这个软件的特点就是简单、实用，如果需要高级截图功能，那就别用它了。

据说这个小软件是从QQ分离出来的，是一个典型的盗版软件！:)

图片特效插件

叶林 — Sun, 12 Jul 2009 03:27:44 +0000

有人问我博客上的图片一点击就变大跳出来这种效果是咋弄的，其实就是安装了一个插件：Auto Highslide。这种效果英文叫做Highslide，不知道中文叫什么，就叫特效吧。

插件下载地址：Auto Highslide

安装方法和其它的插件一样，上传，启用即可。

WordPress文章中的图片要加上链接，链接到图片的原始地址，效果如下：

不仅图片可以弄成这种效果，很多网页内容都可以用javascript做成这样。
http://highslide.com/ 这个网站有详细介绍。

Excel Solver的用法

叶林 — Fri, 26 Jun 2009 14:13:40 +0000

Solver是Excel一个功能非常强大的插件(Add-Ins)，可用于工程上、经济学及其它一些学科中各种问题的优化求解，使用起来非常方便，Solver包括（但不限于）以下一些功能：

1、线性规划

2、非线性规划

3、线性回归，多元线性回归可以用Origin求解，也可以用Excel的linest函数或分析工具求解。

4、非线性回归

5、求函数在某区间内的极值

注意：Solver插件可以用于解决上面这些问题，并不是说上面这些问题Solver一定可以解决，而且有时候Solver给出的结果也不一定是最优的。

Solver安装方法：

Solver是Excel自带的插件，不需要单独下载安装。但Excel默认是不启用Solver的，启用方法：在”工具”菜单中点击“插件”，在Solver Add-In前面的方框中打勾，然后点OK，Excel会自动加载Solver，一旦启用成功，以后Sovler就会在”工具”菜单中显示。

Solver求解非线性回归问题的方法：

假设X和Y满足这样一个关系：Y=L(1-10^-KX)，实验测得一组X和Y的值如下：

X	Y
0	0
0.54	183
0.85	225
1.50	286
2.46	380
3.56	470
5.00	544

求L和K的值。

在Excel中随便假设一组L和K的值，比如都假设为1，以这组假设的值，求出一组Y’，然后再求出一组(X-Y)²的值，再将求出的这组(X-Y)²的值用Sum函数全部加起来(下面的图中，全部加起来结果在$G$22这个单元格中)。

然后点击“工具”菜单中的Solver，将Set Target Cell设为$G$22这个单元格，将By Changing Cells设为$F$8:$F9这两个单元格，即改变L和K的值，Equal To选中Min这项，其他的选项不用理会，如下图：

然后点右上角的Solver，$F$8:$F9就会改变，改变之后的值即为优化的L和K值。

五个在线CSS生成器

叶林 — Fri, 22 May 2009 08:32:50 +0000

(1) Button Maker Online

在线生成按钮的工具

(2) CSS Menu Generator

在线生成css导航栏（菜单栏）工具

(4) Cssround

CSS圆角图片在线生成器

(3) Gradcolor

颜色渐变图片在线生成工具

(5) YUI: CSS Grid Builder，示例及说明

雅虎的在线CSS生成器，使用这个工具构建网页的整体框架非常简单

拷贝数(Copy Number)计算器

叶林 — Thu, 14 May 2009 07:46:51 +0000

做qRT-PCR的时候经常需要计算DNA拷贝数(Copy Number)，比较烦，用下面这个计算器就方便多了!

说明：
1 上面的计算器中假设1mol base pair(bp)的质量是660g
2 使用的公式是Copy Number = ( amount * 6.022×10^23) / (length * 1×10^9 * 660)
3 其中的Javascript函数是从这里复制的，将其中的650改为了660。

什么是拷贝数？看这里：http://baike.baidu.com/view/1321865.htm
如何计算拷贝数？计算方法：(6.02 x 10的23次拷贝数/摩尔) x (浓度g/ml) / (MW g/mol) = copies/ml [平均分子量: dsDNA=(碱基数) x (660 道尔顿/碱基) ssDNA=(碱基数) x (330 道尔顿/碱基) ssRNA=(碱基数) x (340 道尔顿/碱基)]

离心速度的单位及其换算

叶林 — Wed, 24 Dec 2008 16:05:25 +0000

离心机上一般标有两种离心速度单位：

rpm (Revolutions per minute)：转/分；
RCF (Relative Centrifugal Force)：相对离心力，用重力加速度（g）的倍数表示。

两种离心速度的单位的换算公式为：
RCF=0.00001118*R*(rpm)*(rpm)
其中：R 是离心半径，单位：厘米；

离心管在离心机中离心的过程中，管口至管底的各点与旋转轴之间的距离（离心半径）是不一样的，在计算中采用平均半径作为离心半径：R=( R min＋R max) / 2。

下面是一个离心速度换算器，两种离心速度的换算可以在下面换算器中进行：

RCF = 1.12 x Radius x (rpm/1000)^2

Revolutions per minute of rotor (rpm)
Radius of rotor (mm)
RCF	112

Relative Centrifucal Force (RCF)
Radius of rotor (mm)
rpm	1000

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