08 19
按照T-RFLP操作流程得到数据后，需要对进行分析处理。T-RFLP数据分析软件有很多，GeneMarker是其中一个。分析T-RFLP数据的主要目的就是看有几个峰，每个峰所占的比例是多少，与Quantity One分析DGGE结果有点类似。使用GeneMarker分析T-RFLP结果的大致方法如下，比较粗略，具体各个参数的意义，请参考GeneMarker手册或相关教程：
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01 17
用MEGA构建了系统进化树之后，虽然TreeExplorer窗口中提供了一些功能对进化树进行优化和编辑，但似乎有些不足之处，比如要将树枝名称用不同的字体或不同颜色区别开来，好像就没法实现。例如下面这个图，不同树枝信息颜色不同：
偶然一次发现，原来可以用Word编辑，方法如下：
1. 将MEGA做好的进化树复制到Word中；
2. 右键点击图片，选择” Edit Picture”；
3. OK了，可以使用任何字体、任何颜色编辑进化树了。
01 17
MEGA 是一个非常优秀的序列比对和系统进化树构建软件，使用方便，完全免费，可从其网站下载， 最新版本是4.0。下面是用MEGA构建系统进化树的简明操作流程（具体细节请参考相关MEGA教程及使用说明）：
1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致 ( 5’-3’)。
2. 打开MEGA软件，选择”Alignment” – “Alignment Explorer/CLUSTAL”，在对话框中选择Retrieve sequences from a file, 然后点OK，找到准备好的序列文件并打开。
3. 在打开的窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalX” 进行对齐，对齐过程需要一段时间，对齐完成后，最好将序列两端切齐，选择两端不齐的部分，单击右键，选择delete即可。
09 06
06 26
Solver是Excel一个功能非常强大的插件(Add-Ins)，可用于工程上、经济学及其它一些学科中各种问题的优化求解，使用起来非常方便，Solver包括（但不限于）以下一些功能：
1、线性规划
2、非线性规划
3、线性回归，多元线性回归可以用Origin求解，也可以用Excel的linest函数或分析工具求解。
4、非线性回归
5、求函数在某区间内的极值
注意：Solver插件可以用于解决上面这些问题，并不是说上面这些问题Solver一定可以解决，而且有时候Solver给出的结果也不一定是最优的。
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11 23
Origin是美国OriginLab公司开发的数据分析和科学绘图软件，Origin目前的最新版本是：Origin 8（标准版本）和OriginPro 8（专业版本）
下面是5个不错的Origin教程，前三个是英文的，后两个是中文的：
（1）官方网站提供的教程：
http://www.originlab.com/www/helponline/Origin8/en/Tutorial/Tutorial.htm
可以按主题阅读，可以进行相关搜索。
（2）官方网站提供的PDF版本的使用手册：
http://www.originlab.com/pdfs/Origin_8_User_Guide.pdf
应该算是最经典，最权威的教程。
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