11 24
高通量测序数据处理经常需要很大的计算量,虽然有很多的软件可以用,但是对于一般的用户往往没有足够强大的计算机来运行这些软件,于是就有了很多在线数据分析平台,只要把序列上传上去,就可以完成数据分析。下面这些网站是一些比较好用的高通量测序数据分析平台:
1. RDP Pyrosequencing Pipeline
http://rdp.cme.msu.edu/
用于分析细菌和古菌16S rDNA高通量测序数据
2. MG-RAST
http://metagenomics.anl.gov
用于分析宏基因组高通量测序数据,进行物种注释和功能注释,暂时没有序列组装功能,可以上传非常大的数据文件。
3. CAMERA 2
https://camera.calit2.net/
用于分析宏基因组高通量测序数据(metagenomics data),目前似乎不能上传超过1个G的数据,主要用于分析454的宏基因组数据,可以进行序列组装。
4. img/m
http://img.jgi.doe.gov/m
这是美国能源部联合基因研究所(DOE JGI)开发的一套系统,从metagenome角度分析微生物群落的功能。系统做的非常细致,并且有workshop介绍如何使用。
使用这些平台的好处很明显:傻瓜式操作,几乎不用学就会。
坏处也很明显:不灵活,必须按照系统设定的一些模式进行分析,另外,这些系统随时都可能发生故障,一旦发生故障,数据分析就无法进行了。
这些系统一般都需要使用大型计算机或计算机集群,每天都进行超大规模的数据运算,需要投入的人力物力非常大,虽然开发这些系统的单位都有着充足的经费,但我还是有点担心,随着高通量测序技术的发展,海量数据的不断产生,这些系统是否能一直挺的住,并且持续免费提供这样的服务?
07 02
正当中国人民在风风火火玩这微博的时候,老外又搞出了新玩意儿:If This Then That (IFTTT, 网站:http://ifttt.com/)千万别小看了这个稀奇古怪的名字,不久的将来,它很可能风靡互联网。
IFTTT网站目前尚处于测试阶段,需要邀请才可以注册,首页清晰地写着:Put the internet to work for you. 基本原理就是如果(IF)满足你设定的条件(This),那么(Then),触发你指定的操作(That)。打个最简单的比方:IF“有个博客”发布了一篇含有“高通量测序”这个关键字的文章,Then发Email到某邮箱或发短信到某手机号码。跟编程序有点像。这只是一个简单的例子,将这种模式推广到整个互联网,就不简单了。
Twitter的出现急剧加速了信息的传播,IFTTT的作用就是有效筛选信息。在这样一个信息爆炸的时代,IFTTT出现的简直是太及时了。
不得不感叹一下,老外的想法就是牛逼,为什么这种极具创意的点子总是首先从老外的脑瓜子里蹦出来并由他们首先实施了呢?中国这次又得抄袭了,什么时候可以不用跟在人家后面抄袭呢?
05 17
序列的拼接与组装是基因组测序数据处理中一个至关重要的步骤,对于高通量测序产生的海量短序列,拼接与组装显得尤为重要。下面是19个可用于高通量测序序列拼接与组装的软件及它们的网站,这19个软件中除了SHORTY之外,都可以用于对Illunina高通量测序仪产生的序列进行de novo组装,对454测序应该也可以,SHORTY用于组装ABI SOLiD产生的序列。这些软件都需要在高性能工作站、计算机集群甚至大型计算机上运行,大部分都只有Linux版本,不能在Windows系统下运行,所采用的算法基本都是图论中的Overlap Graph和De Bruijn Graph算法。
继续阅读 »
03 03

第一次喝这么大罐的啤酒,1000ml!不管好不好喝,反正拿在手里的感觉是蛮过瘾的。实验室的哥们们说口感蛮不错的,比青岛啤酒好一点,我感觉还是远远不如爱尔兰的Guinness那么让人回味无穷。
以前用程序生成了些网页放在几个网站上,上面放了些广告,虽然从来不去管理,但是过段时间就会收到Google送来的广告费一百零几十美元,最近不知怎么了,每个月都能收到,我决定以后每收到一次,请实验室的哥们们喝一顿小酒儿。
11 12
一直觉得在内容方面网易是几个门户网站中做的最好的一个。最近又搞了个世界名校视频公开课-网易公开课,足不出户,就可以聆听来自世界顶级名校的大师的声音。蛮不错的!据说这是网易斥资百万打造的纯公益项目,不投放任何广告。目前的视频课程主要以文科为主,包括哲学,社会,音乐,金融等学科,自然科学方面的课程相对较少。看电影、电视剧看腻歪了的同学可以去瞅瞅!既可以学点专业知识,又可以提高一下英语听力水平。
网易公开课网址:http://v.163.com/open/

08 27
由于中国对互联过于严格的限制,越来越多的人都已经不在国内注册域名。如果你想搞个网站或用Wordpress搭建个博客,建议也不要在国内注册域名。Godaddy是世界最大的域名注册商,提供的域名服务功能完善,稳定可靠,是个不错的选择。Godaddy有个特点,就是常年提供各种各样的域名优惠码和主机优惠码。不使用优惠码,域名注册费用为10美元左右,使用优惠码费用一般为7美元左右,最低0.99美元。
由于Godaddy的优惠码经常更换,因此,如果只是简单地搜一下,搜出来的往往不可用,通过用下面的方法可以轻松搜到最新、价格最低的优惠码
继续阅读 »
08 20
不是我改了个名字,是我的博客改了个名字。
从现在开始就叫“有个博客”啦!
“有个博客”将是一个主要关注电脑软件,互联网资源,生物学、生物实验、生物技术等方面的博客,此外还包括一些生活感悟和闲扯杂谈。
欢迎闲的无聊的时候来访问一下。
01 16
有一个叫做dropbox的玩意儿,试用了一下感觉非常不错,它是一个免费的文件备份、同步、共享工具,也可以看看成是一个免费的网盘。主要功能就是能使多台电脑中的某个文件夹始终保持一致,也就是说将dropbox软件安装在多台电脑中之后,会在每台电脑中建立一个文件名为My Dropbox的文件夹,如果在其中一台电脑的这个文件夹中存放了一些文件,那么这些文件会被自动同步到其它电脑,速度超快,我用一个700多兆的文件测试了一下,瞬间完成。点击这里可以注册dropbox帐号,dropbox空间大小是2G,邀请别人注册可以增大空间,最大5G。
另外,微软也有一个类似的网站:Live mesh,空间大小5G,同步功能也很强大,但个人感觉不如dropbox简单好用。
06 20
不知从什么时候开始,实验室的师兄师弟们,一人一网站,一人一博客了。
大师兄的:
http://www.cunxinzhi.com/
http://www.cunxinzhi.com/blog/
“文章千古事,得失寸心知”
目前处于Under Construction阶段,杂草丛生,请稍候访问。
二师兄的:
http://www.clarkli.com/
http://www.clarkli.com/blog
网站就一个页面
博客尚未开工,不知何时动手……
师弟的:
http://www.zhuyinchun.com
http://www.zhuyinchun.com/blog
该师弟是淘宝资深中毒上瘾用户,SEO入门成员,淘宝客超级新手,对网站、博客等玩意儿表现出浓厚的兴趣。他的博客带有浓郁的盈利色彩,博客搭建不到2个月,最高收入已超过20元/天,潜力相当大,不是一般的大!呵呵
05 22
(1) Button Maker Online
在线生成按钮的工具
(2) CSS Menu Generator
在线生成css导航栏(菜单栏)工具
(4) Cssround
CSS圆角图片在线生成器
(3) Gradcolor
颜色渐变图片在线生成工具
(5) YUI: CSS Grid Builder,示例及说明
雅虎的在线CSS生成器,使用这个工具构建网页的整体框架非常简单