09 01
下面是环境生物技术领域常用的一些分子生物学实验操作流程及数据处理的方法，这些实验的大致作用就是弄清楚一个样品中有些什么微生物，总共有多少种，每种的含量是多少。
0. PCR， 这个步骤就不需要写了，听听PCR之歌吧
1. PCR-DGGE操作步骤
3. T-RFLP操作步骤
5. 克隆的方法及操作步骤
6. 感受态细胞制备方法
08 23
08 21
08 19
按照T-RFLP操作流程得到数据后，需要对进行分析处理。T-RFLP数据分析软件有很多，GeneMarker是其中一个。分析T-RFLP数据的主要目的就是看有几个峰，每个峰所占的比例是多少，与Quantity One分析DGGE结果有点类似。使用GeneMarker分析T-RFLP结果的大致方法如下，比较粗略，具体各个参数的意义，请参考GeneMarker手册或相关教程：
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08 13
Google books 对于喜欢看书的人来说真是个不错的东西，里面可以找到很多各种各样的免费图书杂志，可是Google Books只能在浏览器里看，给人的感觉不太好，还有一点就是图书不能下载到自己电脑里保存，只可以在线阅读。
Gooreader是一个搜索阅读下载Google Books里面图书的软件，可以通过它直接在Google Books里面搜索图书杂志，搜到的书整齐地显示在书架上，界面非常漂亮：
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07 31
01 17
用MEGA构建了系统进化树之后，虽然TreeExplorer窗口中提供了一些功能对进化树进行优化和编辑，但似乎有些不足之处，比如要将树枝名称用不同的字体或不同颜色区别开来，好像就没法实现。例如下面这个图，不同树枝信息颜色不同：
偶然一次发现，原来可以用Word编辑，方法如下：
1. 将MEGA做好的进化树复制到Word中；
2. 右键点击图片，选择” Edit Picture”；
3. OK了，可以使用任何字体、任何颜色编辑进化树了。
01 17
MEGA 是一个非常优秀的序列比对和系统进化树构建软件，使用方便，完全免费，可从其网站下载， 最新版本是4.0。下面是用MEGA构建系统进化树的简明操作流程（具体细节请参考相关MEGA教程及使用说明）：
1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致 ( 5’-3’)。
2. 打开MEGA软件，选择”Alignment” – “Alignment Explorer/CLUSTAL”，在对话框中选择Retrieve sequences from a file, 然后点OK，找到准备好的序列文件并打开。
3. 在打开的窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalX” 进行对齐，对齐过程需要一段时间，对齐完成后，最好将序列两端切齐，选择两端不齐的部分，单击右键，选择delete即可。
01 16
有一个叫做dropbox的玩意儿，试用了一下感觉非常不错，它是一个免费的文件备份、同步、共享工具，也可以看看成是一个免费的网盘。主要功能就是能使多台电脑中的某个文件夹始终保持一致，也就是说将dropbox软件安装在多台电脑中之后，会在每台电脑中建立一个文件名为My Dropbox的文件夹，如果在其中一台电脑的这个文件夹中存放了一些文件，那么这些文件会被自动同步到其它电脑，速度超快，我用一个700多兆的文件测试了一下，瞬间完成。点击这里可以注册dropbox帐号，dropbox空间大小是2G，邀请别人注册可以增大空间，最大5G。
另外，微软也有一个类似的网站：Live mesh，空间大小5G，同步功能也很强大，但个人感觉不如dropbox简单好用。
09 26
前段时间做了一个克隆文库，有点大，拿到上百条序列，有了序列后，想选择一种合适的酶进行酶切，进而将克隆的结果与T-RFLP的结果联系起来。试了几个软件和一些在线酶切分析工具，好像都是可以用多种酶去切一个序列，而不能同时切多个序列。要是序列不多，一个个切切还可以，可是这上百条序列就需要几百次甚至更多的重复操作，不但能把手累的抽筋，眼都能被累的抽筋，实在让人无法忍受。于是决定自己做个小工具。
首先用了几个小时速成了一下Perl语言及Bioperl，发现这玩意处理字符串真的是太方便了！只需要下面这几行代码就可以自动或半自动同时查找多个序列酶切位点了(由于T-RFLP结果只与第一个酶切位点有关，因此只找每个序列的第一个切点)。
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