0. PCR， 这个步骤就不需要写了，听听PCR之歌吧

1. PCR-DGGE操作步骤

2. 用Quantity One进行定量分析的方法

3. T-RFLP操作步骤

4. 使用GeneMarker分析T-RFLP数据

5. 克隆的方法及操作步骤

6. 感受态细胞制备方法

7. 荧光原位杂交(FISH)实验操作步骤

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2. 魔影工厂
魔影工厂是国外著名视频格式转换软件WINAVI的官方中文版, 魔影工厂有如下一些特点
(1) 魔影工厂支持所有主流视频格式，独特的自主研发技术，最大限度保证画面清晰流畅；
(2) 内置海量移动设备适配型号，无论是手机，PSP，MP4，iPOD都可以无障碍进行转换；
(3) 可以根据需要选择最适合的分辨率及编码；
(4) 转换速度快，10分钟转换一部4G容量的DVD电影，1小时完成20集RMVB电视剧。
魔影工厂下载地址：魔影工厂

3. QQ影音
QQ影音是腾讯推出的视频播放器，小巧实用，虽然可能没有暴风影音支持的格式多，但常见的视频格式基本都支持，支持截图保存为PNG格式。另外，值得一提的是，QQ影音目前没有广告，这点比较不错。QQ影音除了可以播放视频外，也可以进行视频格式转换：首先用QQ影音打开视频，然后在画面上点右键，“转码/截取”->“转手机格式”，然后选择相应的手机型号即可，可以边播放边转换。
下载地址：QQ影音

此外，著名的国产视频播放器”暴风影音“也支持视频格式转换，但广告太多，不推荐使用。

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2. Photoshop
这个最灵活，要什么样式有什么样式，也可以批量加水印。但是，总所周知，Photoshop这软件比较难学，不易上手。

3. 可牛影像 [推荐]
可牛影像是一个不错的图片处理软件，傻瓜式操作，不用学就会。有不同的水印样式可以选择，也可以轻松进行批处理。除了加水印之外，可以影像还可以制作桌面壁纸、非主流图片、非主流闪图、QQ头像、日历、贺卡、艺术照。具有一键磨皮、美白祛痘、瘦脸瘦身、魔术场景等功能。简直就是一傻瓜化了的Photoshop。

下载地址：可牛影像下载
此外，可牛影像还可以不用下载软件，在线进行图片处理。

4. 美图秀秀，美图淘淘
跟可牛影像差不多，也是傻瓜图片处理软件。个人感觉加水印的功能不如可牛影像好用。

下载地址：http://www.meitu.com/

5. Google Picasa
Google Picasa是一个图片管理软件，可以方便地将图片上传到Picasa相册，很好用。但非常可惜Picasa相册在中国大陆打不开了。Google Picasa也有批量加水印的功能，选中要加水印的图片，点击“文件”->“将图片导出到文件夹”，在“添加水印”打勾，输入要加水印的文字，然后“确定”，就可以了。但是，Google Picasa加水印的样式太简单，没有提供多种水印样式。

附其它一些批量处理工具：
批量调整图片大小的3个软件
文件批量改名的方法
批量Blast小程序

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2. 点击”Run”,会跳出一个对话框，里面有很多参数需要设置。其中的Size Standard一定要与T-RFLP实验时所使用的Size Standard一致，其它参数可以根据情况适当调整。官方网站上给出了下面一些参数设置建议：

Suggested Analysis Parameters
I. Template Selection
1. Panel: None
2. Analysis Type: AFLP
II. Data Process
1. Raw Data Analysis: select Smooth
2. Allele Call: deselect Auto Range and set start to 60, end to 500
3. Peak Detection Threshold: Intensity > 40
4. Stutter Peak Filter: deselect or set left and right values to 0
III. Additional settings
1. Peak Score: Reject < 0 check 1< Pass
2. AFLP-Unconfidence at Rightside Score: 1

3. 运行完毕之后就打开了GeneMarker分析窗口，可以看到样品的Gel image和electropherogram，点击左侧的样品名称可以逐个查看样品的electropherogram，通过上方的工具条可以进行放大、缩小，查看列表等一系列操作。

4. 保存数据。首先设定Report Settings，其中Report style选择Bin Table (AFLP/MLPA), Option里面可以选择Show intensity或Show Peak Area，我一般使用Show Peak Area。然后点击旁边的Save Report即可保存为excel格式文件。

5. 后续处理。 首先归一化处理（以峰面积之和中等大小的样品为基准），然后去除样品一些小的峰，多小算小？这个要根据实际情况自己设定一个值，然后合并小于1bp的相邻的峰。最后计算每个峰所占的百分比。

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这个软件的上述搜索和阅读功能是免费的，如果要想把书下载下来，就要付费了。

不过也有免费下载Google图书的方法和工具，如果想下载，打开Google，输入”谷歌图书 下载”或者”Google book 下载”，一搜一大堆。

Gooreader网站及下载地址：http://www.gooreader.com/

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1. 实时数据备份，保障文档安全
2. 快速同步数据
3. 随时随地和你的团队分享文档
4. 移动设备直接获取资料
5. 共享文件夹，协作更高效
6. 企业微博式讨论，文档支持网页直接查看

简单试用了一下，速度还算比较快，在大陆dropbox不可用的情况下，用一下也还可以。但也有些问题：

1. 单个文件大小限制为100M，超过100M就不能同步了，而dropbox不限制文件大小；
2. 不能在Windows和Mac及Linux不同系统之间同步；
3. 虽然有ipad客户端，但没有iphone，itouch客户端，在手机上使用不方便；
4 不如dropbox简洁，软件安装时过分修改系统的设置，生成一个用处不大的盘符（K:\）就不说了，连下载保存、另存为对话框左侧的桌面图标就被替换掉了，非常不方便，而且即使将快盘的客户端软件卸载后仍然无法恢复。

这个问题可以这样解决：点开始–>运行–>输入regedit回车，依次点击
HKEY_CURRENT_USER–> Software–>Microsoft–>Windows–>CurrentVersion–>
Policies–>Comdlg32–>PlaceBar，
在其中有个K:\的哪一项上双击，将K:\改为：%USERPROFILE%\Desktop

快盘注册及下载地址为：http://k.wps.cn/
现在需要邀请才能注册，下面是两个注册码：
http://xlive.wps.cn/invite/?code=EC0993D2-579C-EE1F-3F5D-97D36A7497BC
http://xlive.wps.cn/invite/?code=195161EF-2675-83A4-E850-F49C83BD4FAE

在国外的朋友就不需要注册了，用dropbox就可以了，到目前为止，快盘几乎没有一点地方比dropbox好用。

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偶然一次发现，原来可以用Word编辑，方法如下：
1. 将MEGA做好的进化树复制到Word中；
2. 右键点击图片，选择” Edit Picture”；
3. OK了，可以使用任何字体、任何颜色编辑进化树了。

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1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致 ( 5’-3’)。

2. 打开MEGA软件，选择”Alignment” – “Alignment Explorer/CLUSTAL”，在对话框中选择Retrieve sequences from a file, 然后点OK，找到准备好的序列文件并打开。

3. 在打开的窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalX” 进行对齐，对齐过程需要一段时间，对齐完成后，最好将序列两端切齐，选择两端不齐的部分，单击右键，选择delete即可。

4. 关闭当前窗口，关闭的时候会提示两次否保存，第一次无所谓，保存不保存都可以，第二次一定要保存，保存的文件格式是.meg。根据提示输入Title，然后会出现一个对话框询问是否是Protein-coding nucleotide sequence data, 根据情况选择Yes或No。最后出现一个对话框询问是否打开，选择Yes。

5. 回到MEGA主窗口，在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” -“Neighbor-joining”，打开一个窗口，里面有很多参数可以设置，如何设置这些参数请参考详细的MEGA说明书，不会设置就暂且使用默认值，不要修改，点击下面的Compute按钮，系统进化树就画出来了。

6. 最后，使用TreeExplorer窗口中提供的一些功能可以对生成的系统进化树进行调整和美化。另外，还可以用Word进一步编辑MEGA构建的进化树。

一般说来，MEGA适用于对少量的序列进行比对和画Tree，如需处理大量或海量的序列数据，建议使用ARB。

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另外，微软也有一个类似的网站：Live mesh，空间大小5G，同步功能也很强大，但个人感觉不如dropbox简单好用。

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首先用了几个小时速成了一下Perl语言及Bioperl，发现这玩意处理字符串真的是太方便了！只需要下面这几行代码就可以自动或半自动同时查找多个序列酶切位点了(由于T-RFLP结果只与第一个酶切位点有关，因此只找每个序列的第一个切点)。

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Bio::SeqIO;
my $file = ‘All_Sequences.fas’;
my $site = ‘CCGG’;
my $n = 2;
my $inputfile = Bio::SeqIO->new(-format => ‘fasta’, -file => $file);
my $outputfile = “Result.txt”;
unless ( open(RESULT, “>$outputfile”) ) {
print “Cannot open \”$outputfile\” to write to!!\n\n”;
exit;
}
while ( my $seq = $inputfile->next_seq) {
my $str = $seq->seq;
if ( $str =~ /$site/ ) {
print RESULT index ($str, $site, 0)+$n, “\n”;
print $seq->id, ” -> “, index ($str, $site, 0)+$n,”\n”;
}
}
close(RESULT);

使用说明：

首先要先安装Perl，另外还需要安装Bioperl。然后将上面这段代码保存到一个文本文档中，将后缀名改为.pl，把待切的多条序列合并到一起(fasta格式)，命名为All_Sequences.fas，和这个.pl文件放在同一个文件夹，然后和运行其它perl程序一样运行就可以了。需要说明的是上面只是用一个酶(MSP I)去切放在All_Sequences.fas这个文件中的所有序列，结果保存打印在屏幕上同时保存在Result.txt这个文件中，如果需要用别的酶，my $site = ‘CCGG’;和my $n = 2;这两行需要进行相应的修改，具体怎么改我就不说了，做酶切的同学肯定知道怎么改。

显而易见，这个东西使用起来不是很方便，因此如果需要处理的序列不是很多，使用这个代码没有什么优势，不需要使用，序列多的话，可以考虑用一下。

有人知道用什么软件可以进行类似的操作吗？如果知道，麻烦留言告诉我一下:)

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