1. Mothur

网站：http://www.mothur.org/

第一次见到这个软件的时候，就被它的架构深深折服了，设计的实在是太好了！包含了各种各样常用的序列处理功能，并且功能随着开发的进行，很多新的功能和模块不断被整合进去。在Linux、Windows和Mac系统下都可以安装，使用起来非常简，网站上的使用说明也非常清晰、条理，稍微看一下，几个小时甚至更短时间就可以学会。
在Ubuntu中通过源代码编译安装Mothur的方法。

2. MEGAN

网站：http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/megan/

注意是MEGAN，不是MEGA。这个软件设计的也非常好，它主要是使用LCA算法，分析BLAST结果。除了进行物种的丰度和多样性分析，也可以进行功能基因的多样性和丰度分析。用Java写的，各种平台都可以运行。

3. Qiime

网站：http://qiime.sourceforge.net/

这是一个专门用于分析微生物PCR产物高通量测序数据的pipeline，主要用Python写的，也整合了很多其它的工具包。这个软件的特点是生成的图挺漂亮的，但是使用起来不是非常容易，甚至对于很多人来说成功在电脑上安装都是非常困难的。只支持Linux和Mac系统，在Windows下使用必须在虚拟机中安装。最简单的安装方法是在亚马逊的云计算平台EC2 image中安装使用。

4. STAMP

网站：http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP

这个软件主要用于分析宏基因组（Metagenome）高通量测序数据，对多个样品的Metagenomic profiles进行统计分析和比较。各种系统下都可以安装使用。

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1. 安装GCC

sudo apt-get install build-essential

2. 安装readline库

sudo apt-get install libreadline-dev

3. 编辑Makefile文件

将TARGET_ARCH 这一行注释掉，去掉 CXXFLAGS 这一行的注释； 另外根据机器配置选择是否64位版本，64BIT_VERSION ?= yes 。具体参考这里的说明。

4. 进入源代码所在文件夹，编译

make

编译需要很长一段时间，编译结束后将生成的mothur这个可执行文件所在的目录加入环境变量中，或者将mothur这个文件复制到已经在环境变量中的目录中即可。

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DGGE虽然有无数的缺点，以至于正在被淘汰，但是它的结果展现形式非常直观，我决定把这种直观的方式移植到高通量测序领域来，于是就有了这个小软件。实际上这种图不仅仅可以用于高通量测序，一切与多样性和丰度有关的数据都可以用这种方式来表示。

生成的图像效果如下：


界面如下：

这个小玩意儿我是用Java写的，可以在Windows，Linux，Mac等多种系统下运行。使用非常简单，分别点一下Load Data和Plot这两个按钮就可以了。
导入的数据需要符合以下格式（请参考下载链接中的ExampleData.txt）：

第一行是两个数m和n，中间用Tab分割，表示输入的数据是一个m行，n列的矩阵（例如：m种细菌在n个样品中的丰度）；
接下来是一个m行，n列的矩阵，数据之间用Tab分割，这个矩阵可以用Excel的保存为Text（Tab Delimited）功能生成；
接下来一行是m个字符串，可以是字母或数字，之间用Tab分割。这些字符串会显示在第一列，表示每一行是什么东西（例如：表示每一行是什么细菌）；
最后一行是n个字符串，可以是字母或数字，之间用Tab分割。这些字符串会显示在第一行，表示每一列是什么东西（例如：表示每一列是什么样品）。

数据准备好之后，点Load Data导入数据，然后点一下Plot，在当前目录下就生成了一个out.png的图片。Grayscale可以设置在0到1之间，设置不同的值，条带的区分度不同。

由于时间有限，这个软件不对导入数据的格式是否正确进行判断，因此导入的文本数据必须严格遵循上述格式，不能含有多余的空格、回车等符号，否则无法生成图片，并且无任何错误提示。

下载地址：BAND （不需要下载pathogenic bacteria 16S rRNA gene这个文件）

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问题如下：
在Windows下用wubi方式安装，很容易，但是给Ubuntu分配的硬盘空间太小，最大只有几十G，我希望给Ubuntu多分配一些空间（比如500G），于是就用光盘安装，结果问题就来了，安装结束之后不显示启动菜单，一下子就进入Windows，根本无法进入Ubuntu。

解决方法：
安装EasyBCD这个软件，然后点击Add New Entry，添加一个Linux Entry即可，Type选择GRUB2.

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2. ALLPATHS
http://tinyurl.com/3htptdz

3. CLC NGS Cell，这是一个商业软件
http://www.clcbio.com/index.php?id=1331

4. Curtaina，是一个基于Velvet的Pipeline
http://code.google.com/p/curtain/

5. Edena
http://www.genomic.ch/edena.php

6. Euler-SR
http://euler-assembler.ucsd.edu/portal/

7. FuzzyPath
ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/zn1/fuzzypath/

8. Oasesb
http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/oases/

9. QSRA
http://qsra.cgrb.oregonstate.edu/

10. SASSY
网站未找到

11. SeqCons
http://www.seqan.de/projects/seqcons.html

12. SHARCGS
http://sharcgs.molgen.mpg.de/

13. SHORTY
http://www.cs.sunysb.edu/~skiena/shorty/

14. SOAPdenovo，这个是由中国华大基因开发的。
http://soap.genomics.org.cn/soapdenovo.html

15. SOPRA
http://www.physics.rutgers.edu/~anirvans/SOPRA/

16. SSAKE
http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/ssake

17. Taipan
http://taipan.sourceforge.net/

18. VCAKE
http://sourceforge.net/projects/vcake/

19. Velvet
http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/

到目前为止，应该还没有一个中立的机构对这些软件的效率和拼接组装的质量进行系统、公正的评估，因此到底哪个软件是最好的，还不好下结论。

参考文献：
Paszkiewicz K, Studholme DJ (2010). De novo assembly of short sequence reads. Briefings in bioinformatics 11: 457-472.

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1. 免费，完全免费；
2. 开机速度快，上网速度也很快；
3. 中毒的可能性比用Windows少很多很多；
4. 适合进行大数据量的科学计算，比如高通量测序数据处理。

安装Ubuntu Linux系统有多种方法：用光盘安装，虚拟机安装，U盘安装，在Windows下直接安装等等，其中最后一种方式非常简单，比较适合初学者，就像安装普通软件一样简单：从下面这个链接下载一个安装软件wubi.exe，然后双击，填上密码，点击安装即可。

http://www.ubuntu.com/desktop/get-ubuntu/windows-installer

安装后重启，就会发现有两个系统了，用上下箭头选择”Ubuntu”就进入了Ubuntu系统。

如果Windows系统中安装了卡巴斯基，可能需要先关掉，再安装Ubuntu。

我在笔记本上安装了Ubuntu，用了一段时间后，发现几乎完全可以满足普通的办公和上网需求。如果开个公司的话，我觉得可以考虑让公司的办公电脑都用Linux系统，这样既可以节省成本，又可以减少中毒的可能，还没有版权等烦恼。

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高通量测序仪主要有来自三家公司：罗氏公司(Roche)的454测序仪(Roch GS FLX, FLX Titanium), Illumina公司的Illumina Genome Analyzer,HiSeq 2000和ABI的SOLiD测序仪(SOLiD system).

在网上看到华大基因仅Illumina HiSeq 2000和AB SOLiD 4.0 System这两种高通量测序仪到年底就会有超过150台，真多啊！

由于高通量测序的数据量非常大，后续分析工作就比较复杂，目前好像还没有非常成熟的软件能够完美处理高通量测序的结果。下面是两个用于高通量测序结果分析的工具:

1.RDP Pyrosequencing Pipeline （一个在线平台）
2.微软的Sequence Assembler （一个软件）

如果没做过高通量测序，而想先看看结果是什么样子的，可以从下面的页面下载高通量测序示例结果，包括Roche/454，Illumina/Solexa，ABI/SOLiD三种机型的数据：
http://www.clcbio.com/index.php?id=1290

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MBF是一套基于Microsoft .NET框架的生物信息学软件包，开始主要面向基因组学，现在扩展到了更多的生物信息学领域；

MBT是一系列帮助生物科学工作者提高工作效率的工具，包括一个Excel插件(Biology Extension for Excel，必须在Excel2007或2010上安装，不支持2003)和一个序列拼接软件(Sequence Assembler)，这个Sequence Assembler好像可以用于454测序的结果分析。

这些软件都是开源的，与微软向来闭源的风格不太一样。

该项目的网址：http://research.microsoft.com/en-us/projects/bio/

可惜最近太忙了，没时间研究这玩意儿，有时间的同学可以试试好不好玩。

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最近不知怎么回事，所有Chrome插件（扩展）都装不上了，安装插件的时候就弹出一个对话框提示：扩展程序安装失败，Could not create directory for unzipping……

搜了一下，很多人遇到这个问题，原来这是一个没有解决的Bug，为什么这么个很明显的问题，一直不解决不了呢？真是让人纳闷……

有人说用修改环境变量的方法可以解决，我试了一下，这种方法在我的电脑上无效!

下面的手动安装方法可以暂时解决这个问题，但有点麻烦：
找到要安装的Chorme插件（扩展），在安装按钮上点击另存为，把要安装的扩展另存为文件（后缀名为.crx）,将.crx改为.zip，然后用Winzip或Winrar将其解压到一个文件夹。然后打开chome的扩展安装页（在地址栏里输入chrome://extensions/），选择“开发人员模式”，点击安装正在开发中的扩展，会出现对话框选择扩展所在目录，找到刚才解压的文件夹即可，注意文件夹路径中不要有中文字符。

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几个月前，刚接触arduino的时候，做了这么一个小玩意儿：
把一个距离传感器（超声波测距）连接到arduino上，然后连接到电脑上，距离传感器能够探测到前面障碍物的距离，实时地将距离记录在电脑中并实时绘图。效果如下：

用到的硬件：电脑，Arduino板子，URF04超声波测距传感器
用到的软件：Arduino软件，gobetwino，kst

一些关于Arduino的网站：
Arduino官方网站：http://www.arduino.cc/
Arduino台湾网站：http://arduino.tw/
Arduino豆瓣小组：http://www.douban.com/group/arduino/

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