高通量测序又称下一代测序或第二代测序，能够快速、低成本获取大量的DNA序列，从而便于从基因的角度进行相关研究。目前主流的平台有454，Illumina，PacBio，Ion Torrent等等。之前陆陆续续写了一些关于高通量测序方面的东西，现在汇总一下（仅供参考，无法保证内容完全正确）：

1 关于454测序
2 高通量测序：
3 高通量测序的应用
4 高通量测序与云计算
5 高通量测序价格
6 两个高通量测序方面的培训班
7 高通量测序仪世界分布图
8 两种小型高通量测序仪
9 19个高通量测序序列拼接组装软件
10 高通量测序数据分析
11 各种高通量测序仪比较
12 低价高通量测序服务
13 模拟DGGE图像的软件
14 一些高通量测序数据处理软件
15 一些高通量测序数据分析平台
16 生物信息云计算模式

马上到了一年一度的中国国家自然科学基金项目申报时间，与生物（无论动物、植物还是微生物）相关的项目，今年肯定有很多人申请书都提到了高通量测序技术，高通量测序，下一代测序，深度测序，454测序，Illumina测序，拼接组装，物种注释，基因注释等等这些词吧？

高通量测序数据处理经常需要很大的计算量，虽然有很多的软件可以用，但是对于一般的用户往往没有足够强大的计算机来运行这些软件，于是就有了很多在线数据分析平台，只要把序列上传上去，就可以完成数据分析。下面这些网站是一些比较好用的高通量测序数据分析平台：

1. RDP Pyrosequencing Pipeline

http://rdp.cme.msu.edu/

用于分析细菌和古菌16S rDNA高通量测序数据

2. MG-RAST

http://metagenomics.anl.gov

用于分析宏基因组高通量测序数据，进行物种注释和功能注释，暂时没有序列组装功能，可以上传非常大的数据文件。

3. CAMERA 2

https://camera.calit2.net/

用于分析宏基因组高通量测序数据（metagenomics data），目前似乎不能上传超过1个G的数据，主要用于分析454的宏基因组数据，可以进行序列组装。

4. img/m

http://img.jgi.doe.gov/m

这是美国能源部联合基因研究所（DOE JGI）开发的一套系统，从metagenome角度分析微生物群落的功能。系统做的非常细致，并且有workshop介绍如何使用。

使用这些平台的好处很明显：傻瓜式操作，几乎不用学就会。
坏处也很明显：不灵活，必须按照系统设定的一些模式进行分析，另外，这些系统随时都可能发生故障，一旦发生故障，数据分析就无法进行了。

这些系统一般都需要使用大型计算机或计算机集群，每天都进行超大规模的数据运算，需要投入的人力物力非常大，虽然开发这些系统的单位都有着充足的经费，但我还是有点担心，随着高通量测序技术的发展，海量数据的不断产生，这些系统是否能一直挺的住，并且持续免费提供这样的服务？

凡是机器能做的事情，都会由开始的超高价逐渐走向白菜价，这是必然的规律，高通量测序也是一样。

最近发现美国一些机构提供的Illumina高通量测序报价特别便宜，HiSeq2000 101 Cycle Paired End Sequencing每个lane的价格不到3000美元，每次运行一个lane可以产生30-37.5G有效数据，平均每G数据价格不到100美元，相当便宜。

下面是链接（大部分都是由Bobby同学提供的）：

1. Pricing for Illumina HiSeq 2000

2. http://www.biotech.uiuc.edu/centers/Keck/Highthroughput/pricing.htm

3. http://www.biotech.wisc.edu/facilities/dnaseq/sequencing/Illumina

4. http://openwetware.org/wiki/BioMicroCenter:Pricing

特别声明一下：这里只是提供一些信息供大家参考，他们的高通量测序服务与本人没有任何关系！请自行比较、慎重选择。

如果你们知道哪个机构的高通量测序价格比上面这个价格更便宜，欢迎在下面留言或给我发Email（Email地址在这里）。

另外，也非常欢迎提供其它高通量测序平台（包括但不限于454，Illumina、Ion Torrent等等）的测序价格信息，如有新的信息，我会及时更新这篇文章。

高通量测序技术发展的真是快啊，454最近发布的GS FLX Titanium XL+系统的测序长度已经可达700～1000bp了！！通量700M，运行时间23小时。资料请看这里。虽然454的通量有点低，成本有点高，但是它的读长实在是有点诱人。

下面这张表格综合比较了普通测序仪3730xl及Illumina, 454, Ion Torrent, SOLiD，PacBio RS等各种高通量测序仪的通量、读长及运行成本。

下面这张表格列出了各种高通量测序仪的仪器成本（单位是千美元）、产生的数据量，错误情况及其它一些信息。

Glenn, T. C. (2011). Field guide to next generation DNA sequencers. Molecular Ecology Resources.

序列的拼接与组装是基因组测序数据处理中一个至关重要的步骤，对于高通量测序产生的海量短序列，拼接与组装显得尤为重要。下面是19个可用于高通量测序序列拼接与组装的软件及它们的网站，这19个软件中除了SHORTY之外，都可以用于对Illunina高通量测序仪产生的序列进行de novo组装，对454测序应该也可以，SHORTY用于组装ABI SOLiD产生的序列。这些软件都需要在高性能工作站、计算机集群甚至大型计算机上运行，大部分都只有Linux版本，不能在Windows系统下运行，所采用的算法基本都是图论中的Overlap Graph和De Bruijn Graph算法。
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想知道世界上哪些单位有高通量测序仪吗？剑桥大学的James Hadfield利用Google地图API制作了一个高通量测序仪分世界布图，这个地图非常直观地展示了高通量测序仪的数量及在各个国家和地区的分布情况。要是再把其中提供商业服务的单位的高通量测序报价也标上去，就更好了。

网址：http://pathogenomics.bham.ac.uk/hts/

另外，这里还有一些具体的统计数据：http://pathogenomics.bham.ac.uk/hts/stats

之前一直以为华大一下子买了150多台，中国高通量测序仪肯定挺多的，没想到，还是不到美国的三分之一。到目前为止，美国的635台高通量测序仪是分布于194个机构，而中国内地的183台仅分布于7个机构，这7个机构分别是：华大（156台），浙江大学（1台），苏州生物医药创新中心（1台），上海康成生物（1台），上海生物芯片有限公司（7台），北京贝瑞和康生物技术有限公司（2台），中科院北京基因研究所（15台）。与美国相比，分布过于集中，不是太好。

中国台湾有21台，中国香港有13台。

在这些高通量测序仪中，Illumina Genome Analyser 2x和Illumina HiSeq 2000占了大多数，而ABI SOLiD和Roche 454相对较少。

值得注意的是，俄罗斯说：”你们玩吧，哥不和你们凑这个热闹了“。俄罗斯竟然只有八台，与马来西亚拥有的数目相同。这是怎么回事呢？

目前在很多与生物相关的领域，高通量测序的应用都在急剧、爆炸式地增加，可是高通量测序数据处理对很多生物专业的人来说并不是件很容易的事情，于是就有必然会有培训班……下面是最近看到的两个高通量测序相关的培训班：

一个是由美国能源部（The U.S. Department of Energy, DOE）联合基因研究所（Joint Genome Institute, JGI）举办的Microbial Genomics & Metagenomics Workshops
地点：Walnut Creek, California
时间：5天（在2011年每隔几个月举行一次）
费用：250美元（约等于1600人民币）
网址：http://www.jgi.doe.gov/meetings/mgm/

另一个是由华大基因举办的生物信息学前沿技术专题培训班
地点：深圳
时间：5天（2011年03月28日至2011年04月1日）
费用：6800元人民币
网址：http://www.genomics.cn/edu.php?id=398