Biopython是Python的计算分子生物学和生物信息学工具包，它使得python在生物学数据处理中变得更加强大和高效，在Windows中安装biopython非常简单，下载之后，双击然后一路点下一步就可以了。在Linux中安装有多种方法，以Ubuntu(10.04)为例：

方法一：使用apt-get install方式安装
sudo apt-get install python-biopython
只有一行命令，可是这种方法安装的不是最新版本，很多新的功能不能用，非常不爽，不建议使用这种方法安装。

方法二：使用easy_install安装
（1）安装python-dev，不然会出现Setup script exited with error: command ‘gcc’ failed with exit status 1错误
sudo apt-get install python-dev
（2）安装easy_install工具
sudo apt-get install python-setuptools
（3）安装biopython
sudo easy_install -f http://biopython.org/DIST/ biopython  (DIST/和biopython之间有个空格)
（4） 安装Numpy
从http://numpy.scipy.org/下载numpy，现在的最新版本是numpy-1.6.1.tar.gz
tar -xzvpf numpy-1.6.1.tar.gz
cd numpy-1.6.1/
python setup.py build
sudo python setup.py install

还可以继续安装一些其它的dependencies，如flex，ReportLab等等，暂时不装，需要的时候再装也可以。

这里有biopython的详细安装说明，好长的一大篇，看了头会晕。

Python是一种面向对象、直译式计算机程序设计语言，也是一种功能强大的通用型语言（维基百科）。自从上次写那个批量Blast小程序的时候接触了Python，发现这个玩意儿真是好用，后来还用它弄了个动态作图小程序，最近在处理高通量测序数据的时候也一直用Python，越用觉得好用！给大家推荐一下，如果你想快速学一种实用的编程语言用来写小程序或处理数据，就学Python吧。
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问题是这样的：有很多很多序列，几百条，想大致了解一下这些序列分别是什么样的微生物，如果一条一条去blast，那是相当的累。想找一个工具告诉我每条序列blast结果的前几条的名称是什么即可，不需要其它信息。

在网上找了一下，没找到合适的软件或工具，虽然有些关于批量blast的教程之类的，比如这个，但是给出的结果及其繁琐，很多不需要的信息。

后来发现Biopython可以很简单就进行批量Blast。只需先安装Python和Biopython，Python和Biopython的下载地址分别为：
http://www.python.org/download/
http://www.biopython.org/wiki/Download

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