方法一：使用apt-get install方式安装
sudo apt-get install python-biopython
只有一行命令，可是这种方法安装的不是最新版本，很多新的功能不能用，非常不爽，不建议使用这种方法安装。

方法二：使用easy_install安装
（1）安装python-dev，不然会出现Setup script exited with error: command ‘gcc’ failed with exit status 1错误
sudo apt-get install python-dev
（2）安装easy_install工具
sudo apt-get install python-setuptools
（3）安装biopython
sudo easy_install -f http://biopython.org/DIST/ biopython  (DIST/和biopython之间有个空格)
（4） 安装Numpy
从http://numpy.scipy.org/下载numpy，现在的最新版本是numpy-1.6.1.tar.gz
tar -xzvpf numpy-1.6.1.tar.gz
cd numpy-1.6.1/
python setup.py build
sudo python setup.py install

还可以继续安装一些其它的dependencies，如flex，ReportLab等等，暂时不装，需要的时候再装也可以。

这里有biopython的详细安装说明，好长的一大篇，看了头会晕。

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Java的Hello World程序一般这么写：
public class Hello
{
    public static void main(String[] args)
    {
        System.out.println("Hello, world!");
    }
}

用C++可以这么写:
#include <iostream>
int main(){
    std::cout << "Hello, world!" << std::endl;
    return 0;
}

而Python只要这样就可以了:
print "Hello, world!"

代码非常清晰，一目了然，变量不用声明，直接就可以用。

其次，Python非常容易上手。如果你使用Windows操作系统，那么只需要到Python官方网站 下载一个Python X.X.X Windows Installer，双击安装。打开IDLE（python GUI）就可以开始编程了。如果你会一点C/C++语言，那么几个小时就可以学会，一点也不夸张。如果你用过Matlab，你还会觉得它和Matlab有几分相似。而Java、C++在开始之前要花很长时间去搭建环境，进行各种设置，比较麻烦。

再次，Python功能非常强大，试试就知道了。

当然，也不能简单的说Python比C++、Java等编程语言好，在很多地方C++、Java还是有明显的优势。此外，还有一种与Python类似的编程语言叫做Perl，与Python有很多共同的优点，不过似乎喜欢Python的人更多一些。

一些关于Python的学习资源：

Python官方网站： http://www.python.org/

Python 绝对简明手册: http://wiki.woodpecker.org.cn/moin/PyAbsolutelyZipManual

Python生物信息学工具Biopython: http://biopython.org/wiki/Biopython

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在网上找了一下，没找到合适的软件或工具，虽然有些关于批量blast的教程之类的，比如这个，但是给出的结果及其繁琐，很多不需要的信息。

后来发现Biopython可以很简单就进行批量Blast。只需先安装Python和Biopython，Python和Biopython的下载地址分别为：
http://www.python.org/download/
http://www.biopython.org/wiki/Download

Windows版本下载后直接双击安装即可，非常简单。
然后打开IDLE（Python GUI)，”File”->”New Window”, 分如下两步进行：

第一步，运行下面的代码进行Blast

from Bio.Blast import NCBIWWW
from Bio import SeqIO
SeqNumber = 0
for record in SeqIO.parse("allseq.seq", "fasta"):
  result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nr", record.seq)
  SeqNumber += 1
  save_file = open('xml\\'+str(SeqNumber)+'.xml', 'w')
  save_file.write(result_handle.read())
  save_file.close()
  print 'OK ', SeqNumber
print 'OK! Finished!'

序列要以fasta格式放在allseq.seq这个文件中，另外需要在当前目录下建一个名字为xml文件夹，代码运行结束后结果放在这个文件夹中。

第二步，列出每条序列blast结果的前几条的名称

from Bio.Blast import NCBIXML
import glob
total_xml_file = len(glob.glob('xml\\*.xml'))
for xmlnumber in range(1,total_xml_file+1):
  result_handle = open('xml\\'+str(xmlnumber)+'.xml')
  blast_records = NCBIXML.parse(result_handle)
  blast_record = blast_records.next()
  i = 0
  print '-------------------No.', xmlnumber, '-------------------'
  for alignment in blast_record.alignments:
    if i<10 : ##如果想看前20条结果就该为20
      print alignment.title
    else:
      break
    i+=1
  result_handle.close()

如果序列比较多，第一步可能需要很长时间，可以趁程序运行的时候先出去踢踢球或逛逛街，回来之后再运行第二步，第二步很快：）

第一次接触使用Python语言，非常好用，个人感觉要比Perl好一些，当然Python的生物信息学组件Biopython的可能现在没有Bioperl强大。

上次做了个序列文件合并小程序，后来发现用Bioedit就可以很简单地进行合并，白忙活了。如果进行批量Blast也有更好的方法，请留言告诉我一下，谢谢

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