这是我去年春节假期的时候写的一个小软件，用于把高通量测序的结果以DGGE的形式展示出来。

DGGE虽然有无数的缺点，以至于正在被淘汰，但是它的结果展现形式非常直观，我决定把这种直观的方式移植到高通量测序领域来，于是就有了这个小软件。实际上这种图不仅仅可以用于高通量测序，一切与多样性和丰度有关的数据都可以用这种方式来表示。

生成的图像效果如下：

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微生物群落结构分析的有力工具、环境微生物领域卓越的研究方法、久经考验最后终于经不住考验的分子生物学的手段——DGGE，今天彻底从我们实验室退休了，一起退休的还有另一个家伙——T-RFLP。我几个月前的预言在我们实验室首先实现了。

拍个照片就装箱子了，下次出来估计就是进博物馆喽！

给DGGE时代画上一个句号，让我们一起昂首挺进高通量测序时代吧：）

这里说的淘汰是指DGGE在微生物群落结构分析方面的应用，其它方面咱不懂。

虽然PCR-DGGE这种方法给出的结果比较直观，但是将它用于生态学或环境生物学等领域的微生物群落结构分析，从严谨的角度去看，既不能准确定性，也不能准确定量，毫无可取之处，加之其操过程复杂，重复性及其差等特点，淘汰是必须的！以前之所以一直有人用，是因为没有别的手段，不好用也得用，现在不是这样了，高通量测序肩负着淘汰这些普通分子生物学方法的使命，昂首阔步朝我们走来啦！

与DGGE一起被淘汰的，还有TGGE，T-RFLP，SSCP等等这些DGGE的兄弟，他们在微生物群落结构分析方面都有着几乎共同的缺点和各自无法克服的缺陷。

下面是环境生物技术领域常用的一些分子生物学实验操作流程及数据处理的方法，这些实验的大致作用就是弄清楚一个样品中有些什么微生物，总共有多少种，每种的含量是多少。

0. PCR， 这个步骤就不需要写了，听听PCR之歌吧

1. PCR-DGGE操作步骤

2. 用Quantity One进行定量分析的方法

3. T-RFLP操作步骤

4. 使用GeneMarker分析T-RFLP数据

5. 克隆的方法及操作步骤

6. 感受态细胞制备方法

7. 荧光原位杂交(FISH)实验操作步骤

T-RFLP (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism) 和DGGE类似，也是一种可以用于分析微生物群落结构的DNA Fingerprinting方法。与DGGE相比它重复性更好，定量更准确，实验流程也比DGGE的操作步骤简单很多，而且不像DGGE那样，要进行很多次反复的优化才能得到比较好的结果。但是T-RFLP的成本要比DGGE高一些，主要因为T-RFLP最后一步要用测序仪完成。下面是T-RFLP的简要操作流程：
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变性梯度凝胶电泳（Polymerase Chain Reaction-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis, PCR-DGGE）和FISH一样，也是一个常用的分子生物学实验，在环境生物技术领域常用于分析微生物群落的多样性。DGGE实验的大体操作流程如下，比较麻烦，影响因素很多，有一段时间我曾经天天捣鼓PCR-DGGE，反复优化各个条件，非常无聊。
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Quantity One是Bio-Rad公司的凝胶电泳图像获取、处理以及定量分析软件。功能很强大，到底多么强大在这就不说了。用处很多，到底多么多在这也不说了，具体功能请参考Quantity One使用说明及相关教程。下面只是Quantity One用于DGGE结果定量分析的一般操作方法：

有下面这么一张DGGE图像，需要分析一下左边第5条泳道的8个条带对应的DNA在样品中占的百分比各分别是多少。

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最近一直在忙活PCR-DGGE，总是做不出非常完美的结果，深深地陷进去了，一个师姐竟然都称呼我“PCR师弟”了，汗啊！好久没在博客上写东西了，在网站统计中看到有的同学经常每隔几天就到我的博客上来看看，也不知道这些同学每次来都看不到新鲜玩意是不是有点失望，呵呵。接下来的较长一段时间内，应该还是不会经常在博客上写东西（主要是没时间，时间一点也不像海绵里的水那么容易挤出来），所以可以不那么频繁的过来看，以免产生永久失望:)

噢，对了，不知道什么是PCR-DGGE的同学可以看这里和这里（中文的），这里和这里（英文的），不过不要看得太仔细了，以免引起头部不适。