Google涉足DNA数据库领域

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随着高通量测序的发展,海量的数据源源不断的产生,以至于美国国家生物技术信息中心(NCBI)都受不了了,由于经费不足,于2011年2月关闭了Sequence Read Archive(SRA)数据库,停止接受用户提交的下一代测序数据。

报道,近日,Google和TPG Biotech联合投资1500万美元致力于打造DNA云数据库,Google将和DNAnexus一起接管NCBI的海量数据库,继续为科研人员提供免费的DNA数据信息。

把云存储、云计算和DNA数据库结合起来,这是一个有着无限前景的领域,相信Google强大的技术一定能在这个领域有所作为。

连接被重置

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好久没在内地上网了,最近在深圳住了一段时间,深刻感觉到中国内地的互联网真的是越来越糟糕了,其中最让人受不了的就是使用Google的时候,每隔几分钟就会打不开,显示连接被重置。

这是怎么回事呢?很简单:由于众所周知的原因,封网的人其实是恨不得把Google彻底封锁掉,可是这样做又怕有人闹事,于是呢,就出现了目前的这种状况,一会封一会儿不封,把他弄的半死不活的。这样一方面对付了Google,另一方面又避免了引起太大的民愤。手段高明的令人发指啊!!

有的人和我说,Google不能用就用Baidu呗。这纯粹是扯淡。稍微懂点电脑和网络知识的人都应该知道目前Baidu的技术与Google根本没有任何可比性,搜点娱乐、吃喝拉撒的东西勉强可以,搜索专业点的、技术性的东西,百度根本不行。

处在高速发展中的中国,每天都有很多人需要通过互联网学习新的知识,查找解决问题的方法,而互联网上有价值的技术资料(比如生物、计算机等学科的相关资料)大部分都是英文的。这种情况下,百度基本就是废物,而Google又不能用,怎么办呢?根本没有人管。

据说(只是听说,没有亲自核实)腾讯公司在全公司范围内部署了VPN,各种网站畅通无阻,怪不得腾讯发展的这么好呢。

另外,我发现很多人都不会翻墙,包括很多拿了硕士、博士学位的人!我简单设置了一下,就可以继续Google搜索和访问其它一些网页,虽然速度有点慢,但不会显示连接被重置,有些人竟然觉得很惊讶!

为什么欧洲、美国、日本、印度、巴西、中国的港澳台及其它大部分国家和地区都不需要对网络进行这么变态的封锁?而中国一定要和朝鲜、缅甸、伊朗、叙利亚等等这些及其落后的国家一样剥夺人民使用优秀互联网资源的权利呢?这是为什么呢?

几十年前,干扰敌台,几十年后的今天,封锁网络,干扰与封锁是中国的“优良”传统!

几十年前,偷听敌台会被判刑甚至处死,几十年后的今天,翻墙没人管。也算是进步了点吧。

高通量测序与云计算

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高通量测序(下一代测序)最大的特点就是产生海量的数据,454测序运行一次可以产生400M左右的数据,Illumina HiSeq运行一次产生的数据量高达200G!这么多数据出来以后,必然需要大量的计算,而随着高通量测序在各个领域的广泛应用,个人计算机和工作站显然将无法完成这种数据处理工作。一些大公司或高校可以用他们自己的超级计算机进行计算,如华大拥有数个大型生物信息学超级计算中心,港大有HPC。那一些小的公司和科研单位怎么办呢?

云计算是个非常合适的选择。云计算(Cloud computing)是一种基于互联网的计算方式,通过这种方式,共享的软硬件资源和信息可以按需提供给计算机和其他设备。整个运行方式很像电网(摘自维基百科)。简单地说就是可以通过互联网,把数据放到“云”中进行计算。目前Google、亚马逊(Amazon)和微软都在开发并提供云计算服务,比较适合进行高通量测序数据处理的应该是亚马逊的AWS

今天简单了解了一下亚马逊提供的云计算,觉得挺不错的,灵活且价格便宜:

(1) 进行计算的时候才收费,不用的时候不收费;
(2) 操作系统可以自由选择Windows和Linux,而港大的HPC只有Linux可用……
(3) 价格非常便宜,以EC2为例,标准情况下,1个Instance(大致相当于一台普通电脑的计算能力吧)使用1小时只要0.085美元。这样,租20台电脑运行1天(24小时),才40美元多一点,大致相当于260RMB,简直是太便宜了。

事实上,已经有很多人在用云计算在进行高通量测序数据处理了。请看:这里

一个生物领域的新技术,一个计算机领域的新技术,这么一碰,火花就产生了。有点可惜的是,在这两个领域,中国都没有掌握核心技术,远远落后,需要加油!

细菌长成的Google Logo

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不得不佩服有些老外,真是能折腾!看看下面这个视频,他们把细菌染上不同的颜色,然后在培养基上长出一个Google Logo:

你们知道这是用什么细菌、什么化学试剂做出来的吗?

Chrome鼠标手势插件

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用过傲游浏览器的同学对鼠标手势肯定很熟悉,就是用鼠标在屏幕上划一划就可以实现前进、后退、关闭页面、打开新页面、查看源代码等等一系列的操作。非常方便!

现在Google Chrome也有这样的插件了:

chrome鼠标手势

这个鼠标手势插件下载地址:Smooth Gestures

Chrome真是个不错的浏览器,没用过的同学强烈建议试一下。虽然目前功能不是非常全,而且可能还有些莫名其妙的问题,比如上次遇到的无法安装插件的问题。但是打开网页的速度真是太棒了!好几个朋友,以前都用IE,给他们推荐了Chrome以后,他们再也不用IE了。

Chrome无法安装插件

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前段时间一直用Google Chrome浏览器,速度真是快,嗖嗖的,明显比IE,Firefox快很多!从来没有用过这个浏览器的同学,强烈建议试一下!

最近不知怎么回事,所有Chrome插件(扩展)都装不上了,安装插件的时候就弹出一个对话框提示:扩展程序安装失败,Could not create directory for unzipping……

搜了一下,很多人遇到这个问题,原来这是一个没有解决的Bug,为什么这么个很明显的问题,一直不解决不了呢?真是让人纳闷……

有人说用修改环境变量的方法可以解决,我试了一下,这种方法在我的电脑上无效!

下面的手动安装方法可以暂时解决这个问题,但有点麻烦:
找到要安装的Chorme插件(扩展),在安装按钮上点击另存为,把要安装的扩展另存为文件(后缀名为.crx),将.crx改为.zip,然后用Winzip或Winrar将其解压到一个文件夹。然后打开chome的扩展安装页(在地址栏里输入chrome://extensions/),选择“开发人员模式”,点击安装正在开发中的扩展,会出现对话框选择扩展所在目录,找到刚才解压的文件夹即可,注意文件夹路径中不要有中文字符。

Google Books图书搜索阅读下载工具

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Google books 对于喜欢看书的人来说真是个不错的东西,里面可以找到很多各种各样的免费图书杂志,可是Google Books只能在浏览器里看,给人的感觉不太好,还有一点就是图书不能下载到自己电脑里保存,只可以在线阅读。
Gooreader是一个搜索阅读下载Google Books里面图书的软件,可以通过它直接在Google Books里面搜索图书杂志,搜到的书整齐地显示在书架上,界面非常漂亮:
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Google Scholar邮件提醒功能

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Google Scholar是我几乎天天都用的工具之一,刚刚注意到Google Scholar增加了一个邮件提醒功能,输入一个关键词,然后点击右上方的那个信封
Google Scholar
然后点击“Create Alert”就可以了。一旦有了与这个关键词有关的内容,就会收到Email提醒。
Google Scholar Alert
这功能对于我们这些整天看”纸”的人来说,的确是非常非常有用。一旦有了关于某个研究方向的最新信息,马上就会收到Email提醒。信息的传播真是越来越快了……
说起信息传播,其实,人类发展的历史就是信息传播速度不断加快的过程,这是一个必然的历史潮流,不以任何人的意志为转移。而某些人偏偏逆历史潮流而行,遏制信息传播,企图达到自己的目的。就在今天非常好用的文件同步、共享、备份工具Dropbox网站在中国大陆无法访问了……

见证历史的时刻

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“封封封,封你娘个头,哥不伺候你了!” Google(谷歌)终于退出中国了,清朝的闭关锁国我们没见到,现在我们一起见证天朝的闭关封网!

目前访问google.cn自动跳转到Google香港主页google.com.hk,搜索结果未经阉割。可以预见不久的将来,这两个网址在中国大陆都会被采取措施,中国网民将不能顺利使用Google的服务。从Google中国大陆可用报告页面可以看到Google提供的各种服务在中国大陆是否可用。

虽然有人猜测Google的这一策略背后可能有美国政府的支持,但无论如何不得佩服其敢与中国政府对抗的勇气。最可怜的就是中国网民了,将来可能不得不使用不太好用的百度了。

Google香港街景

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Google香港地图中刚刚增加了街景(Street View)功能,现在只需要动动鼠标就可以畅游香港的大街小巷了。
下面是薄扶林道香港大学西门附近:


香港是一个面积不大,但路很多的城市。想来香港旅游的同学,可以先用Google香港街景先考察考察路线。使用方法:打开Google地图,然后把左上角的小人拖到地图中的相应位置即可。

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