Circos是一个功能强大的数据和信息可视化工具，这好像是我迄今为止见到的最难安装的软件，折腾了半天才安装成功。

在Ubuntu中安装，首先要按照其网站上的说明进行如下操作：
tar xvfz circos-x.xx.tgz
cd circos-x.xx
Now either change the first line in scripts in bin/* and tools/*/bin to
#!/usr/bin/env perl
or (better) make a symlink from /usr/bin/env to /bin/env
sudo su
cd /bin
ln -s /usr/bin/env env

然后还要安装下面这些Perl模块，以Config::General为例，安装方法是：
sudo perl -MCPAN -e shell
cpan> install Config::General

Carp
Config::General
Cwd
Data::Dumper
Digest::MD5
File::Basename
File::Spec::Functions
File::Temp
FindBin
Font::TTF::Font
GD
GD::Image
GD::Polyline
Getopt::Long
IO::File
List::MoreUtils
List::Util
Math::Bezier
Math::BigFloat
Math::Round
Math::VecStat
Memoize
Params::Validate
Pod::Usage
POSIX
Readonly
Regexp::Common
Set::IntSpan
Storable
Sys::Hostname
Text::Format
Time::HiRes

安装这些模块过程中，GD，GD::Image及GD::Polyline这些模块比较麻烦，总是提示安装失败。
退出cpan
cpan> q
安装libgd-gd2-noxpm-perl
sudo apt-get install libgd-gd2-noxpm-perl

然后删除～/.cpan/build这个文件夹中所有以GD开头的文件和文件夹

重新进入cpan，继续安装perl模块即可。

这玩意儿虽然比较难安装，但作出来的图的确是相当漂亮的！

SATA硬盘（又叫串口硬盘）的各方面的性能都比普通硬盘好，但是在SATA硬盘上安装系统实在是让人头疼的事情。由于之前一直没有在这种硬盘上安装过系统，工作站的系统坏了之后，折腾了一天多的时间才搞定。根据我了解和观察，大致的情况是这样的：

安装Windows XP，必须用到系统安装盘，软驱和带有硬盘驱动程序的软盘，没有软驱的SATA硬盘的电脑无法安装XP；
安装Windows 7, 可以将驱动程序放到U盘或光盘代替软盘；
安装Linux（Ubuntu 10.04），不需要驱动程序也可以安装，但是成功安装之后，重启无法进入，可能通过一定设置可以解决，但我没找到方法。

要在一个既没有Windows又没有Linux的SATA硬盘的电脑上安装这两个系统，我是这样折腾的：

首先安装Windows 7，在联想官网上下载的驱动cdsas09ws17.exe解压之后的文件竟然不能用，不知怎么回事，换成买工作站时候带的光盘里的驱动就可以，比较奇怪。
Win7安装之后，可以顺利启动，一切OK，接下来用光盘安装Ubuntu，也可顺利安装，可是安装之后Win 7和Ubuntu两个系统都进不去了，提示“无法引导”。
接下来，再安装一次Win7，又顺利安装成功了，也可以顺利重启，可是启动菜单中没有Ubuntu，到这一步，解决方法就很容易了，方法见这里：Win7和Ubuntu双系统问题

真是很折腾啊，不知道有没有什么好办法。

Mothur是一个架构非常好的生物信息学软件，把大量的工具和模块整合到了一起，并且将输入和输出标准化，非常简单易学。在高通量测序数据处理中特别有用。Mothur可以在Mac、Windows和Linux中运行，在Ubuntu系统中通过源代码编译的方式安装过程如下：

1. 安装GCC

sudo apt-get install build-essential

2. 安装readline库

sudo apt-get install libreadline-dev

3. 编辑Makefile文件

将TARGET_ARCH 这一行注释掉，去掉 CXXFLAGS 这一行的注释； 另外根据机器配置选择是否64位版本，64BIT_VERSION ?= yes 。具体参考这里的说明。

4. 进入源代码所在文件夹，编译

make

编译需要很长一段时间，编译结束后将生成的mothur这个可执行文件所在的目录加入环境变量中，或者将mothur这个文件复制到已经在环境变量中的目录中即可。

Biopython是Python的计算分子生物学和生物信息学工具包，它使得python在生物学数据处理中变得更加强大和高效，在Windows中安装biopython非常简单，下载之后，双击然后一路点下一步就可以了。在Linux中安装有多种方法，以Ubuntu(10.04)为例：

方法一：使用apt-get install方式安装
sudo apt-get install python-biopython
只有一行命令，可是这种方法安装的不是最新版本，很多新的功能不能用，非常不爽，不建议使用这种方法安装。

方法二：使用easy_install安装
（1）安装python-dev，不然会出现Setup script exited with error: command ‘gcc’ failed with exit status 1错误
sudo apt-get install python-dev
（2）安装easy_install工具
sudo apt-get install python-setuptools
（3）安装biopython
sudo easy_install -f http://biopython.org/DIST/ biopython  (DIST/和biopython之间有个空格)
（4） 安装Numpy
从http://numpy.scipy.org/下载numpy，现在的最新版本是numpy-1.6.1.tar.gz
tar -xzvpf numpy-1.6.1.tar.gz
cd numpy-1.6.1/
python setup.py build
sudo python setup.py install

还可以继续安装一些其它的dependencies，如flex，ReportLab等等，暂时不装，需要的时候再装也可以。

这里有biopython的详细安装说明，好长的一大篇，看了头会晕。

刚说过安装使用Linux是件很简单的事情，结果前段时间在给实验室新买的工作站安装Ubuntu的时候就遇到问题了。

问题如下：
在Windows下用wubi方式安装，很容易，但是给Ubuntu分配的硬盘空间太小，最大只有几十G，我希望给Ubuntu多分配一些空间（比如500G），于是就用光盘安装，结果问题就来了，安装结束之后不显示启动菜单，一下子就进入Windows，根本无法进入Ubuntu。

解决方法：
安装EasyBCD这个软件，然后点击Add New Entry，添加一个Linux Entry即可，Type选择GRUB2.