叶林的博客
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小叶同学： 你好！ 在网上搜索DGGE分析的时候闯到你的博客里。 想请教你关于用QUANTITY ONE 分析DGGE样品多样性指数的问题，采用的是Shannon-Weaver指数(H )表示，关于这些参数“S为每个样品的条带数目；ni 为第 i 种种群的个体数；N为种群中的个体总数，个体数用波峰面积表示”具体到DGGE分析结果里代指什么？波峰面积又是怎么计算出来的呢？刚接触，实在是不清楚，希望你不吝赐教！ 多谢 祝好！ 小姚 3.10
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Ye Lin Reply:三月 10th, 2010 at 19:30
我没接触过Shannon-Weaver指数，我猜可能是这样的：对于一个有i条条带的泳道，S是条带数目，ni是第i个条带的intensity,N为全部条带的intensity的加和。
叶林同学你好： 搜索关于T-RFLP的东西，撞进了你的博客。现在对于T-RFLP有些问题，不知你能否知道: 1.结果出来了，不知道怎么去噪，找出真是的peaks。 2.不知道怎么设bin，就是几个bp范围内可以认为是一个峰。
发现我的问题是总结为一条，拿到峰图，不会做后续分析了。有个在线分析的软件http://trex.biohpc.org/labelfile.aspx，感觉很好,没有看懂在讲什么，如果你清楚，请赐教，谢谢。
Ye Lin Reply:三月 3rd, 2010 at 20:00
我们一般用GeneMarker处理T-RFLP的数据。 具体方法请看下面的pdf文件: http://www.softgenetics.com/T-RFLPapplicationnote.pdf
老乡，你还在香港啊？我发现我之前的留言不见了呢！
Ye Lin Reply:二月 23rd, 2010 at 12:07
怎么就能不见了呢？ 在这儿：http://www.yelinsky.com/blog/guestbook?wpc=3#comment-141
garlic ,我帮我媳妇处理DGGE图，误打误撞进了你的blog，我和瑞快毕业了，一切顺利。不知你在香港怎么样啊？身体还好？学业有很大进步了吧！祝早日学成归来阿！葛磊
Ye Lin Reply:一月 14th, 2010 at 17:41
你们都好快啊，我今天刚刚才结束中期考核呢...
叶林你好， 看了你博客上关于酶切和t-RFLP文章，想请教一个问题。 我现在做T-RFLP的分析，我也做了一个克隆文库，不过很难把这两者结合起来。因为文库的测序结果不是完整的序列，即使用在线酶切，显示的长度与T-RFLP的无法对应，你是怎么解决这个问题的？谢谢。
Ye Lin Reply:十月 15th, 2009 at 09:22
测序结果不完整，可以用另一个primer从另一端再测，然后将两次测序结果用软件拼接起来，如果从两端测还不能测穿，那么就得在中间设计primer再测……
计算的酶切位点和T-RFLP结果会有一定差别的，用质粒做PCR去跑T-RFLP，然后和实际样品的T-RFLP结果比对就可以了。
匿名 Reply:十月 15th, 2009 at 11:01
谢谢叶林，只好再补实验了，本想偷懒呢。你用T-RFLP做的什么样品啊？
Ye Lin Reply:十月 15th, 2009 at 13:46
我做Nitrifier
ming Reply:十一月 12th, 2009 at 12:59
Hi 叶林，
根据你的经验，计算的酶切位点和实际的结果一般差多少呢？谢谢
Ye Lin Reply:十一月 12th, 2009 at 22:28
我见到最多的有差7、8个bp的
ming Reply:十一月 13th, 2009 at 02:58
谢谢
叶师兄呀，问你个事情哦，我装了win7之后，我的t500屏幕上的一些热键就不显示了，比如增加或减少声音，的确在变，但是屏幕上没有那个显示声音大小的条子了，还晓得怎么搞呀
Ye Lin Reply:十月 14th, 2009 at 14:56
我一直没用过Win7呢，是驱动的问题？
施旭 Reply:十月 15th, 2009 at 05:15
好像是的，有不少人也有这个问题，我等等看新驱动吧嘿嘿，对了叶师兄呀，在香港迪斯尼和海洋公园门票有没有打折呀
Ye Lin Reply:十月 15th, 2009 at 09:24
不知道最近门票有没有打折，我问问，然后告诉你啊
施旭 Reply:十月 15th, 2009 at 12:46
好的好的呵呵
兄弟，王春9月26日结婚了，老婆怀孕4个月了，我儿子于七月初三出生了，刚好七斤三两重，呵呵，邓涛也在上个月生了个儿子
Ye Lin Reply:九月 5th, 2009 at 12:01
哇塞
PISACA相册又打不开了呀，求救。 以前打不开用你的方法打开了，然后又打不开了，可能是马上国庆又重新和谐了。求救呀大侠。QQ223133
您好，我一直使用谷歌相册，最近国内屏蔽相册后，看到你的文章学会了如何打开查看，我是谷歌相册交费客户，但现在相册到期该续费了却无法操作，这个该如何解决呢？
Ye Lin Reply:八月 26th, 2009 at 10:05
无法续费？是续费页面打不开还是怎么回事呢？ 不是只要输入一次信用卡信息，每年就自动续费了么？
匿名 Reply:九月 1st, 2009 at 00:51
续费页面打开都没有问题，问题是VISA 卡国家选项里面有香港，台湾等等，就没中国，之前保留的续费信息部被认可了。卡没问题，我在国内一直用着
Ye Lin Reply:九月 1st, 2009 at 08:26
我觉得你应该不用操作，到时候会自动续费，应该有Email通知的
你好，你是ARB高手吧，我建了一个QQ群，号码:82595855,期待你的加入！！！
称呼
邮箱
网址(可以不填)
三月 10th, 2010 at 16:35
小叶同学：
你好！
在网上搜索DGGE分析的时候闯到你的博客里。
想请教你关于用QUANTITY ONE 分析DGGE样品多样性指数的问题，采用的是Shannon-Weaver指数(H )表示，关于这些参数“S为每个样品的条带数目；ni 为第 i 种种群的个体数；N为种群中的个体总数，个体数用波峰面积表示”具体到DGGE分析结果里代指什么？波峰面积又是怎么计算出来的呢？刚接触，实在是不清楚，希望你不吝赐教！
多谢
祝好！
小姚
3.10
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Ye Lin Reply:
三月 10th, 2010 at 19:30
我没接触过Shannon-Weaver指数，我猜可能是这样的：对于一个有i条条带的泳道，S是条带数目，ni是第i个条带的intensity,N为全部条带的intensity的加和。
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三月 3rd, 2010 at 19:47
叶林同学你好：
搜索关于T-RFLP的东西，撞进了你的博客。现在对于T-RFLP有些问题，不知你能否知道:
1.结果出来了，不知道怎么去噪，找出真是的peaks。
2.不知道怎么设bin，就是几个bp范围内可以认为是一个峰。
发现我的问题是总结为一条，拿到峰图，不会做后续分析了。有个在线分析的软件http://trex.biohpc.org/labelfile.aspx，感觉很好,没有看懂在讲什么，如果你清楚，请赐教，谢谢。
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Ye Lin Reply:
三月 3rd, 2010 at 20:00
我们一般用GeneMarker处理T-RFLP的数据。
具体方法请看下面的pdf文件:
http://www.softgenetics.com/T-RFLPapplicationnote.pdf
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二月 17th, 2010 at 17:36
老乡，你还在香港啊？我发现我之前的留言不见了呢！
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Ye Lin Reply:
二月 23rd, 2010 at 12:07
怎么就能不见了呢？
在这儿：http://www.yelinsky.com/blog/guestbook?wpc=3#comment-141
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一月 14th, 2010 at 17:36
garlic ,我帮我媳妇处理DGGE图，误打误撞进了你的blog，我和瑞快毕业了，一切顺利。不知你在香港怎么样啊？身体还好？学业有很大进步了吧！祝早日学成归来阿！葛磊
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Ye Lin Reply:
一月 14th, 2010 at 17:41
你们都好快啊，我今天刚刚才结束中期考核呢...
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十月 15th, 2009 at 03:54
叶林你好，
看了你博客上关于酶切和t-RFLP文章，想请教一个问题。
我现在做T-RFLP的分析，我也做了一个克隆文库，不过很难把这两者结合起来。因为文库的测序结果不是完整的序列，即使用在线酶切，显示的长度与T-RFLP的无法对应，你是怎么解决这个问题的？谢谢。
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Ye Lin Reply:
十月 15th, 2009 at 09:22
测序结果不完整，可以用另一个primer从另一端再测，然后将两次测序结果用软件拼接起来，如果从两端测还不能测穿，那么就得在中间设计primer再测……
计算的酶切位点和T-RFLP结果会有一定差别的，用质粒做PCR去跑T-RFLP，然后和实际样品的T-RFLP结果比对就可以了。
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匿名 Reply:
十月 15th, 2009 at 11:01
谢谢叶林，只好再补实验了，本想偷懒呢。你用T-RFLP做的什么样品啊？
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Ye Lin Reply:
十月 15th, 2009 at 13:46
我做Nitrifier
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ming Reply:
十一月 12th, 2009 at 12:59
Hi 叶林，
根据你的经验，计算的酶切位点和实际的结果一般差多少呢？谢谢
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Ye Lin Reply:
十一月 12th, 2009 at 22:28
我见到最多的有差7、8个bp的
ming Reply:
十一月 13th, 2009 at 02:58
谢谢
十月 14th, 2009 at 12:48
叶师兄呀，问你个事情哦，我装了win7之后，我的t500屏幕上的一些热键就不显示了，比如增加或减少声音，的确在变，但是屏幕上没有那个显示声音大小的条子了，还晓得怎么搞呀
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Ye Lin Reply:
十月 14th, 2009 at 14:56
我一直没用过Win7呢，是驱动的问题？
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施旭 Reply:
十月 15th, 2009 at 05:15
好像是的，有不少人也有这个问题，我等等看新驱动吧嘿嘿，对了叶师兄呀，在香港迪斯尼和海洋公园门票有没有打折呀
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Ye Lin Reply:
十月 15th, 2009 at 09:24
不知道最近门票有没有打折，我问问，然后告诉你啊
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施旭 Reply:
十月 15th, 2009 at 12:46
好的好的呵呵
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九月 4th, 2009 at 09:41
兄弟，王春9月26日结婚了，老婆怀孕4个月了，我儿子于七月初三出生了，刚好七斤三两重，呵呵，邓涛也在上个月生了个儿子
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Ye Lin Reply:
九月 5th, 2009 at 12:01
哇塞
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九月 3rd, 2009 at 17:14
PISACA相册又打不开了呀，求救。
以前打不开用你的方法打开了，然后又打不开了，可能是马上国庆又重新和谐了。求救呀大侠。QQ223133
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八月 26th, 2009 at 00:54
您好，我一直使用谷歌相册，最近国内屏蔽相册后，看到你的文章学会了如何打开查看，我是谷歌相册交费客户，但现在相册到期该续费了却无法操作，这个该如何解决呢？
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Ye Lin Reply:
八月 26th, 2009 at 10:05
无法续费？是续费页面打不开还是怎么回事呢？
不是只要输入一次信用卡信息，每年就自动续费了么？
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匿名 Reply:
九月 1st, 2009 at 00:51
续费页面打开都没有问题，问题是VISA 卡国家选项里面有香港，台湾等等，就没中国，之前保留的续费信息部被认可了。卡没问题，我在国内一直用着
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Ye Lin Reply:
九月 1st, 2009 at 08:26
我觉得你应该不用操作，到时候会自动续费，应该有Email通知的
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八月 19th, 2009 at 16:26
你好，你是ARB高手吧，我建了一个QQ群，号码:82595855,期待你的加入！！！
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