叶林的博客
欢迎在这里留言:)
下次更新Dr.Zhang主页的时候，记得在学生名单里加上我名字哈~~
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Ye Lin Reply:七月 20th, 2010 at 09:01
下次加上，呵呵！
太美丽了。 看过照片的唯一感觉就是： 我也要去Europe。。。。。。。。。。。
Ye Lin Reply:七月 19th, 2010 at 14:14
你好，叶林。我也准备做DGGE的实验，在网上看到你也在做这方面的实验，有什么好的学习网站可以推荐吗？或者好的文献，谢谢！
Ye Lin Reply:七月 12th, 2010 at 16:51
你可以到这个网站搜索一下：http://www.shengwuquan.com
yelin,您好，请问您开发过ecmall吗？有问题请教:)
Ye Lin Reply:六月 21st, 2010 at 12:57
不好意思，没接，整天忙做实验了，没时间研究这些东西呢
你好，最近我用quantity one分析泳道时，在点击完compare lane是显示的信息是“intensity”而不是“Optical Density”，两个含义一样吗？intensity 的值有四位数，而看文献OD的值一般都是小于1的，这是怎么回事呢？
Ye Lin Reply:六月 3rd, 2010 at 20:27
通常的OD值指是用分光光度计或Nanodrop测的260nm处的吸光度值啊，是DNA定量的一种方法，怎么扯到这上面来了呢？
楼主好，请问现在picasa相册怎么上传图片呀？ 之前用的是picasa3 软件，现在在那登录账号和密码的时候显示："网络相册暂时不可用“ 。 请问有没最新方法，谢谢！方便加我QQ 帮个忙吗？QQ：1244115871
叶老师，您好，我已做土壤细菌和氨氧化细菌的T-rflp，用peakscanner得到了片段长度，已下载了ARB软件，想用ARB软件初步鉴定片段的微生物种类。但不懂使用ARB，劳驾你指导，那里有这样的manual呢，多谢！
Ye Lin Reply:四月 22nd, 2010 at 13:33
噢，你是不是想从GeneBank把与这类细菌相关的序列拿过来，找酶切位点然后与你的细菌比较？这样应该可以初步了解一下，但可能不很准确。 如果序列不多，用BioEdit或其它软件查找一下就可以了，如果序列很多，可以用我以前介绍的那个Perl程序：http://www.yelinsky.com/blog/archives/278.html。
我不是老师呢，直接叫我名字就行啦：）
Ye Lin Reply:四月 22nd, 2010 at 13:58
最好做个克隆库，拿到序列，这样才能比较确定知道是什么微生物。
您好，我在搜QUANTITY ONE的使用的时候进了你的博客，发现这里面很多内容都是很好的资料，收藏了，谢谢你！ 我大四了，现在在分析DGGE图，想做聚类分析但不知道怎么做，能请教一下吗？希望能邮件联系。
Ye Lin Reply:四月 21st, 2010 at 00:47
不客气，在这里有我的Email：http://www.yelinsky.com/
小叶同学： 你好！ 在网上搜索DGGE分析的时候闯到你的博客里。 想请教你关于用QUANTITY ONE 分析DGGE样品多样性指数的问题，采用的是Shannon-Weaver指数(H )表示，关于这些参数“S为每个样品的条带数目；ni 为第 i 种种群的个体数；N为种群中的个体总数，个体数用波峰面积表示”具体到DGGE分析结果里代指什么？波峰面积又是怎么计算出来的呢？刚接触，实在是不清楚，希望你不吝赐教！ 多谢 祝好！ 小姚 3.10
Ye Lin Reply:三月 10th, 2010 at 19:30
我没接触过Shannon-Weaver指数，我猜可能是这样的：对于一个有i条条带的泳道，S是条带数目，ni是第i个条带的intensity,N为全部条带的intensity的加和。
叶林同学你好： 搜索关于T-RFLP的东西，撞进了你的博客。现在对于T-RFLP有些问题，不知你能否知道: 1.结果出来了，不知道怎么去噪，找出真是的peaks。 2.不知道怎么设bin，就是几个bp范围内可以认为是一个峰。
发现我的问题是总结为一条，拿到峰图，不会做后续分析了。有个在线分析的软件http://trex.biohpc.org/labelfile.aspx，感觉很好,没有看懂在讲什么，如果你清楚，请赐教，谢谢。
Ye Lin Reply:三月 3rd, 2010 at 20:00
我们一般用GeneMarker处理T-RFLP的数据。 具体方法请看下面的pdf文件: http://www.softgenetics.com/T-RFLPapplicationnote.pdf
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七月 19th, 2010 at 23:53
下次更新Dr.Zhang主页的时候，记得在学生名单里加上我名字哈~~
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Ye Lin Reply:
七月 20th, 2010 at 09:01
下次加上，呵呵！
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七月 18th, 2010 at 22:55
太美丽了。
看过照片的唯一感觉就是：
我也要去Europe。。。。。。。。。。。
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Ye Lin Reply:
七月 19th, 2010 at 14:14
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七月 12th, 2010 at 16:47
你好，叶林。我也准备做DGGE的实验，在网上看到你也在做这方面的实验，有什么好的学习网站可以推荐吗？或者好的文献，谢谢！
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Ye Lin Reply:
七月 12th, 2010 at 16:51
你可以到这个网站搜索一下：http://www.shengwuquan.com
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六月 21st, 2010 at 10:28
yelin,您好，请问您开发过ecmall吗？有问题请教:)
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Ye Lin Reply:
六月 21st, 2010 at 12:57
不好意思，没接，整天忙做实验了，没时间研究这些东西呢
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五月 31st, 2010 at 20:08
你好，最近我用quantity one分析泳道时，在点击完compare lane是显示的信息是“intensity”而不是“Optical Density”，两个含义一样吗？intensity 的值有四位数，而看文献OD的值一般都是小于1的，这是怎么回事呢？
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Ye Lin Reply:
六月 3rd, 2010 at 20:27
通常的OD值指是用分光光度计或Nanodrop测的260nm处的吸光度值啊，是DNA定量的一种方法，怎么扯到这上面来了呢？
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五月 4th, 2010 at 11:49
楼主好，请问现在picasa相册怎么上传图片呀？ 之前用的是picasa3 软件，现在在那登录账号和密码的时候显示："网络相册暂时不可用“ 。 请问有没最新方法，谢谢！方便加我QQ 帮个忙吗？QQ：1244115871
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四月 22nd, 2010 at 13:18
叶老师，您好，我已做土壤细菌和氨氧化细菌的T-rflp，用peakscanner得到了片段长度，已下载了ARB软件，想用ARB软件初步鉴定片段的微生物种类。但不懂使用ARB，劳驾你指导，那里有这样的manual呢，多谢！
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Ye Lin Reply:
四月 22nd, 2010 at 13:33
噢，你是不是想从GeneBank把与这类细菌相关的序列拿过来，找酶切位点然后与你的细菌比较？这样应该可以初步了解一下，但可能不很准确。
如果序列不多，用BioEdit或其它软件查找一下就可以了，如果序列很多，可以用我以前介绍的那个Perl程序：http://www.yelinsky.com/blog/archives/278.html。
我不是老师呢，直接叫我名字就行啦：）
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Ye Lin Reply:
四月 22nd, 2010 at 13:58
最好做个克隆库，拿到序列，这样才能比较确定知道是什么微生物。
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四月 20th, 2010 at 22:53
您好，我在搜QUANTITY ONE的使用的时候进了你的博客，发现这里面很多内容都是很好的资料，收藏了，谢谢你！
我大四了，现在在分析DGGE图，想做聚类分析但不知道怎么做，能请教一下吗？希望能邮件联系。
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Ye Lin Reply:
四月 21st, 2010 at 00:47
不客气，在这里有我的Email：http://www.yelinsky.com/
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三月 10th, 2010 at 16:35
小叶同学：
你好！
在网上搜索DGGE分析的时候闯到你的博客里。
想请教你关于用QUANTITY ONE 分析DGGE样品多样性指数的问题，采用的是Shannon-Weaver指数(H )表示，关于这些参数“S为每个样品的条带数目；ni 为第 i 种种群的个体数；N为种群中的个体总数，个体数用波峰面积表示”具体到DGGE分析结果里代指什么？波峰面积又是怎么计算出来的呢？刚接触，实在是不清楚，希望你不吝赐教！
多谢
祝好！
小姚
3.10
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Ye Lin Reply:
三月 10th, 2010 at 19:30
我没接触过Shannon-Weaver指数，我猜可能是这样的：对于一个有i条条带的泳道，S是条带数目，ni是第i个条带的intensity,N为全部条带的intensity的加和。
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三月 3rd, 2010 at 19:47
叶林同学你好：
搜索关于T-RFLP的东西，撞进了你的博客。现在对于T-RFLP有些问题，不知你能否知道:
1.结果出来了，不知道怎么去噪，找出真是的peaks。
2.不知道怎么设bin，就是几个bp范围内可以认为是一个峰。
发现我的问题是总结为一条，拿到峰图，不会做后续分析了。有个在线分析的软件http://trex.biohpc.org/labelfile.aspx，感觉很好,没有看懂在讲什么，如果你清楚，请赐教，谢谢。
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Ye Lin Reply:
三月 3rd, 2010 at 20:00
我们一般用GeneMarker处理T-RFLP的数据。
具体方法请看下面的pdf文件:
http://www.softgenetics.com/T-RFLPapplicationnote.pdf
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