变性梯度凝胶电泳(Polymerase Chain Reaction-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis, PCR-DGGE)和FISH一样,也是一个常用的分子生物学实验,在环境生物技术领域常用于分析微生物群落的多样性。DGGE实验的大体操作流程如下,比较麻烦,影响因素很多,有一段时间我曾经天天捣鼓PCR-DGGE,反复优化各个条件,非常无聊。
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Google books 对于喜欢看书的人来说真是个不错的东西,里面可以找到很多各种各样的免费图书杂志,可是Google Books只能在浏览器里看,给人的感觉不太好,还有一点就是图书不能下载到自己电脑里保存,只可以在线阅读。
Gooreader是一个搜索阅读下载Google Books里面图书的软件,可以通过它直接在Google Books里面搜索图书杂志,搜到的书整齐地显示在书架上,界面非常漂亮:
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问题是这样的:有很多很多序列,几百条,想大致了解一下这些序列分别是什么样的微生物,如果一条一条去blast,那是相当的累。想找一个工具告诉我每条序列blast结果的前几条的名称是什么即可,不需要其它信息。
在网上找了一下,没找到合适的软件或工具,虽然有些关于批量blast的教程之类的,比如这个,但是给出的结果及其繁琐,很多不需要的信息。
后来发现Biopython可以很简单就进行批量Blast。只需先安装Python和Biopython,Python和Biopython的下载地址分别为:
http://www.python.org/download/
http://www.biopython.org/wiki/Download
在欧洲的时候和一个老外聊天聊到中国人旅游习惯和他们的不太一样,他们喜欢在一个地方住上十天、半个月,而中国人旅游喜欢在一个城市住一、两天后马上赶到下一个地方,过一、两天后再赶到下下个地方……不停地赶路……我说,这很简单的道理呀!中国人收入低啊!有钱的话,傻瓜才这样折腾自己呢。在中国普通工人要工作1-2年,省吃俭用,省下的钱才可以去欧洲旅游2周,出来一趟不容易,想多看些东西,自然会形成这种习惯。这时我旁边的两个同学立即对我的说法表示反对,说中国人没这么穷,事实上呢,中国人的确是这么穷:
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