酶切位点分析

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前段时间做了一个克隆文库,有点大,拿到上百条序列,有了序列后,想选择一种合适的酶进行酶切,进而将克隆的结果与T-RFLP的结果联系起来。试了几个软件和一些在线酶切分析工具,好像都是可以用多种酶去切一个序列,而不能同时切多个序列。要是序列不多,一个个切切还可以,可是这上百条序列就需要几百次甚至更多的重复操作,不但能把手累的抽筋,眼都能被累的抽筋,实在让人无法忍受。于是决定自己做个小工具。

首先用了几个小时速成了一下Perl语言及Bioperl,发现这玩意处理字符串真的是太方便了!只需要下面这几行代码就可以自动或半自动同时查找多个序列酶切位点了(由于T-RFLP结果只与第一个酶切位点有关,因此只找每个序列的第一个切点)。
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用Quantity One进行定量分析的方法

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Quantity One是Bio-Rad公司的凝胶电泳图像获取、处理以及定量分析软件。功能很强大,到底多么强大在这就不说了。用处很多,到底多么多在这也不说了,具体功能请参考Quantity One使用说明及相关教程。下面只是Quantity One用于DGGE结果定量分析的一般操作方法:

有下面这么一张DGGE图像,需要分析一下左边第5条泳道的8个条带对应的DNA在样品中占的百分比各分别是多少。
DGGE

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最简单最好用的截图软件

杂七杂八 3 Comments »

用过不少截图软件,感觉最好用的是QQ带的截图功能,屏幕截图、视频截图功能都很好用,还有简单的添加文字、添加箭头等编辑功能也不错。对于经常挂QQ的人,用QQ的截图功能非常方便。可是如果不习惯用QQ,为了抓图而登录QQ就很不爽。

另外QQ截图还有个缺点就是截图后无法直接复制粘贴到Word里面,需要先保存,然后在弄到Word里去。

下面是一个特别小巧、非常好用、及其简单、免费的没有名字的抓图软件:

下载地址:简单小巧的截图软件

纯绿色,无需安装,解压即可用,只有2个文件。下载之后,将其放在硬盘某处,然后在快速启动栏建一个快捷方式,使用起来非常方便。这个软件的特点就是简单、实用,如果需要高级截图功能,那就别用它了。

据说这个小软件是从QQ分离出来的,是一个典型的盗版软件!:)

用BioEdit合并多个基因序列文件

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以前做了个小软件用来合并多个基因序列文件,昨天发现,用BioEdit就可以进行合并,非常简单,合并方法如下:

1、打开BioEdit,点击“File”->”New Alignment”;
2、“File”->”import”->”Sequence Alignment file”,将全部要合并的序列导入;
3、”File“->”Save“ or “Save as”,保存为.fas格式文件。OK!

BioEdit是一个优秀的、卓越的、非常不错的、免费的序列编辑与分析软件。

BioEdit下载地址:BioEdit

论坛搜索是个好东西

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上网查资料或找东西的时候一般都是先打开搜索引擎,然后胡乱搜索、胡乱点击一番,找着就找着了,找不到就拉倒了……

论坛搜索有时候能找到一些直接在搜索引擎普的通搜索中不易找到的信息。

比如想买个手机,打算买诺基亚E71,先上网看看已经买了这款手机的朋友怎么评价,于是,打开Google,输入“诺基亚 E71”一搜,我的天啊,zol,太平洋,it168,全是大站,全是专家写的文章,什么评测啊,报价啊,图片啊,参数啊,令人眼花缭乱,根本不是想看的来自普通用户的使用感受,要倾听来自普通用户的声音,怎么办呢?继续往下看!
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香港仔

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前几天实验室的密码锁换了,原来是机械密码锁,换成了电动的。可是……今天突然停电,这电锁就歇菜了,干着急进不了实验室,想不出去玩都不行。于是和实验室的人一起去香港仔(香港仔百度百科)溜达了一下,溜的时候突然一冲动,又去去南丫岛逛了一圈,用手机拍顺手了些照片。照片大部分放在Google Picasa相册,据说这玩意儿在祖国大陆被封了,因此可能看不到,得先看这个:Picasa相册图片不显示的解决办法,然后才能看到。


乘公交车去的时候早下了一站,走了好远。也不知咋回事,香港的公交车就是不报站,每次乘都提心吊胆,不是下早了就就是下完了,非常不爽。
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星洲炒米

杂七杂八 No Comments »

星洲炒米

星洲炒米是香港饭馆、餐厅里常见的一种食品,就是炒米线的时候放上鸡蛋啊,虾啊,各种蔬菜啊等等。比学校食堂的饭菜略微好吃那么一点点。星洲是指新加波,但是呢,这个东西虽然叫做星洲炒米,却不是源于新加坡,源于哪里呢?我不知道,维基百科里面也没说。

比较有意思的是:据说,这玩意在新加坡竟然被叫做Hong Kong Fried Noodles,呵呵。

Picasa相册图片不显示的解决办法

互联网络 150 Comments »

2011.1.6更新:

现在只要用这个网址:https://picasaweb.google.com,就可以顺利访问Picasa相册了。
注意在http后面一定要加s !!

——————

刚才在网站统计中看到今天好多人通过搜索引擎搜:Picasa相册图片不显示,Google相册图片不显示,Picasa相册图片无法显示,Picasa相册打不开等等关键词,搜到了我以前写的:Picasa相册图片不显示的原因。一看这么多人搜就知道肯定是Picasa网络相册在中国大陆被封了,以前写的那个是Picasa相册的图片插入博客或其它网站的时候不显示的原因和解决办法。不是因为Picasa被封在自己电脑上看不到图片的解决办法。

其实,在中国大陆除了Picasa,一些国外比较知名的社交类网站(如:Facebook、Twitter等)和博客类网站(如:Blogspot)几乎都被封了,当然大部分其它类型的网站,如:专注于技术的网站(CodeProject)、购物网站(eBay)、在线游戏网站等还是能够正常访问的。

现在,从自己电脑上看不到Picasa相册图片可用下面的方法解决:

———————方法开始———————

用记事本打开hosts文件,hosts文件位于:c:\windows\system32\drivers\etc\hosts
在hosts文件中加入下面这些内容:

#picasaweb.google.com
203.208.39.104 picasaweb.google.com
203.208.39.104 lh1.ggpht.com
203.208.39.104 lh2.ggpht.com
203.208.39.104 lh3.ggpht.com
203.208.39.104 lh4.ggpht.com
203.208.39.104 lh5.ggpht.com
203.208.39.104 lh6.ggpht.com

保存。

(如果是Vista系统,请确保是以管理员身份登录系统,否则可能无法修改hosts文件。)

———————方法结束———————

上面的IP地址203.208.39.104也可以换成203.208.33.100试一下。

看到留言中有人不会操作,现在介绍一个简单一点的方法:只需要下载下面的文件,解压缩,然后双击即可解决Picasa相册打不开的问题。实际上就是用批处理的方法做了上面的修改操作。点击下载该文件

这种修改hosts文件文件的方法可以用于解决很多被封的网站无法打开的问题,每个在中国上网的人都应该学会,如果你还不会请尽快学习,猛烈点击 [这里] 查看学习资料。

图片特效插件

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有人问我博客上的图片一点击就变大跳出来这种效果是咋弄的,其实就是安装了一个插件:Auto Highslide。这种效果英文叫做Highslide,不知道中文叫什么,就叫特效吧。

插件下载地址:Auto Highslide

安装方法和其它的插件一样,上传,启用即可。

WordPress文章中的图片要加上链接,链接到图片的原始地址,效果如下:
google-chrome-os

不仅图片可以弄成这种效果,很多网页内容都可以用javascript做成这样。
http://highslide.com/ 这个网站有详细介绍。

MSN无法登录的解决方法

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刚才不知怎么回事,MSN突然无法登陆了,显示的信息如下:

您无法登陆Windows Live Messenger
登陆Windows Live Messenger失败,因为服务暂时不可用。请稍候再试。
错误代码:80070008

msn-error

微软网站对错误代码80070008有如下说明:

80070008 “在服务器上出现错误。 服务器可能不正确太忙,暂时脱机或正常运行。 关闭向导并尝试添加计算机使用时间以后。 如果,多个的尝试后仍无法添加时间,与客户支持帮助和引用错误代码 #80070008″。 如果提供的服务器脱机或忙,或者 Internet 连接有问题,可能会出现此问题。 要解决此问题,验证网络连接和数据中心连接。 关闭并重新启动添加计算机使用时间向导来尝试添加时间再次。 如果多次尝试后仍然遇到此问题,预付的置备服务器可能不可用。 有关更多信息,请与记帐支持联系。

完全看不懂这些说明,不知道在说什么。

经过一番折腾,发现下面的方法可以解决问题:

———————方法开始———————

点击“开始”-“运行”,打开运行的对话框,依次输入下面几个命令,然后回车

regsvr32 MSXML3.dll

regsvr32 softpub.dll

regsvr32 mssip32.dll

regsvr32 initpki.dll

然后重新启动计算机。

———————方法结束———————

据说,regsvr32是一个用于在系统中注册“ActiveX控件”的命令……,算了,管那么多干嘛呢,MSN能登陆就行了。

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