Bear Beer (熊啤酒？)是实验室一个哥们极力推荐的一种啤酒，味道比较特别，虽然不是黑啤，但跟爱尔兰的Guniness味道有点像，跟Asahi完全不是同一个风格，有种独特的浓郁的香味，这种啤酒的最大特点是：酒精含量高，7.7%，接近普通啤酒的两倍（普通啤酒的酒精含量一般为4%左右），喝起来非常过瘾。

虽然现在有很多高通量测序数据处理软件，也有很多高通量测序数据分析平台，但是这两种方式都存在着弊端，前者需要用户自己拥有高性能计算机，对于只是偶尔进行高通量测序的用户来说，购买高性能计算机实在是不太合算；后者一方面不够灵活，另一方面随着数据量的增大，用户的增多，不知是否能长久的提高快速、稳定的服务。云计算可以比较好的解决这些问题。

下面两个网站展示了生物信息的云计算模式，原理非常简单：程序开发人员开发了数据处理所需要的相关程序，当用户需要处理数据时，启动亚马逊（Amazon）的云计算服务器（AWS），根据使用的计算量付费。数据处理结束，就停止计费，非常灵活。

1. BioCloudCentral

https://biocloudcentral.herokuapp.com/

2. n3phele

http://www.n3phele.com/

注意：这两个网站及其提供的程序都是免费的，但是使用过程中需要向亚马逊支付计算所需费用。

据新华网报道，北京、上海的生活费用（主要是指食物和衣服，不包括住宿）已经超过了香港，很猛啊！

亚洲区内生活费用最高城市前10名依次为东京(全球排名第1)、名古屋(全球排名第4)、横滨(全球排名第6)、神户(全球排名第10)、首尔(全球排名第21)、新加坡(全球排名第31)、北京(全球排名第35)、上海(全球排名第41)、香港(全球排名第58)、釜山(全球排名第63)。

北京这样的城市，环境差，生活费用高，实在想不通为什么有那么多人拼命往里挤！

现代中国在结束了痛苦的战争之后又经历了一个悲惨的年代，发生了一些悲惨的事情。香港由于沦为殖民地而幸免遇难。

不仅把教授关进牛棚，逼迫百万人冒生命危险大逃港，就连一个农民把自己的牛拿去市场卖，都需要领导批准，多么荒诞的事情啊！然而不计其数的类似的事情一直被隐藏着，下面这个视频值得一看：

http://www.hku.hk/research/chs_videos_modern_china_history.html

需翻墙视频才可以播放，不会翻墙是看不了的。

xx年之后，会不会有人感叹：”xx年之前的中国，看个视频都要翻墙！多么荒诞的事情啊！”？

港大和很多其他学校一样会给每个学生分配一个Email地址，有些同学对学校分配的Email地址喜欢的一塌糊涂，所有的场合都只用这一个Email，但在毕业的时候就傻眼了，因为在学生毕业后，港大会很快停止这个Email地址，既无法收信也无法发信，会造成很多麻烦。不知道其它学校是否存在这样的情况。在此提醒大家慎用学校的Email，不是非常必要的场合，最好不要用。

到底是Kindle Touch好还是Kindle Keyboard呢？

两者价格基本差不多，在美国之外的地区购买，价格都是189美元，Touch用起来可能更舒服一些，但是Keyboard 3G版有个很吸引人的地方就是可以免费上网，看看网页，收收Email等等，而Kindle Touch的3G版没有这样的功能，只能使用3G下载图书和浏览维基百科。下面是亚马逊的官方说明：

The Amazon Kindle team says:

We apologize for the confusion. Our new Kindle Touch 3G enables you to connect to the Kindle Store, download books and periodicals, and access Wikipedia – all over 3G or Wi-Fi.  Experimental web browsing (outside of Wikipedia) on Kindle Touch 3G is only available over Wi-Fi.

Our Kindle Keyboard 3G will continue to offer experimental web browsing over 3G or Wi-Fi.

和炳哥一起纠结了好几天，最终每人买了个Keyboard。用了之后发现这个3G上网功能实在是不咋地，虽然免费，但用起来感觉很不爽。在香港的上网速度还可以，拿到内地就不行了，在厦门、深圳试过都不行。

这玩意儿就是用来看书比较好，不刺眼，耗电少（充一次电可以用两个月），不能指望太多其它的东西，3G功能几乎没什么用，连到电脑上或者在有WiFi的地方一次下载的书就够看好几年了，实在没有必要买3G版。

高通量测序数据处理经常需要很大的计算量，虽然有很多的软件可以用，但是对于一般的用户往往没有足够强大的计算机来运行这些软件，于是就有了很多在线数据分析平台，只要把序列上传上去，就可以完成数据分析。下面这些网站是一些比较好用的高通量测序数据分析平台：

1. RDP Pyrosequencing Pipeline

http://rdp.cme.msu.edu/

用于分析细菌和古菌16S rDNA高通量测序数据

2. MG-RAST

http://metagenomics.anl.gov

用于分析宏基因组高通量测序数据，进行物种注释和功能注释，暂时没有序列组装功能，可以上传非常大的数据文件。

3. CAMERA 2

https://camera.calit2.net/

用于分析宏基因组高通量测序数据（metagenomics data），目前似乎不能上传超过1个G的数据，主要用于分析454的宏基因组数据，可以进行序列组装。

4. img/m

http://img.jgi.doe.gov/m

这是美国能源部联合基因研究所（DOE JGI）开发的一套系统，从metagenome角度分析微生物群落的功能。系统做的非常细致，并且有workshop介绍如何使用。

使用这些平台的好处很明显：傻瓜式操作，几乎不用学就会。
坏处也很明显：不灵活，必须按照系统设定的一些模式进行分析，另外，这些系统随时都可能发生故障，一旦发生故障，数据分析就无法进行了。

这些系统一般都需要使用大型计算机或计算机集群，每天都进行超大规模的数据运算，需要投入的人力物力非常大，虽然开发这些系统的单位都有着充足的经费，但我还是有点担心，随着高通量测序技术的发展，海量数据的不断产生，这些系统是否能一直挺的住，并且持续免费提供这样的服务？

下面是几个被广泛使用的高通量测序数据分析软件，主要是针对微生物的，并且主要用于分析16S rDNA PCR产物或宏基因组（Metagenome）高通量测序数据，了解样品中细菌或古菌等微生物的种群及功能的多样性和丰度。

1. Mothur

网站：http://www.mothur.org/

第一次见到这个软件的时候，就被它的架构深深折服了，设计的实在是太好了！包含了各种各样常用的序列处理功能，并且功能随着开发的进行，很多新的功能和模块不断被整合进去。在Linux、Windows和Mac系统下都可以安装，使用起来非常简，网站上的使用说明也非常清晰、条理，稍微看一下，几个小时甚至更短时间就可以学会。
在Ubuntu中通过源代码编译安装Mothur的方法。

2. MEGAN

网站：http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/megan/

注意是MEGAN，不是MEGA。这个软件设计的也非常好，它主要是使用LCA算法，分析BLAST结果。除了进行物种的丰度和多样性分析，也可以进行功能基因的多样性和丰度分析。用Java写的，各种平台都可以运行。

3. Qiime

网站：http://qiime.sourceforge.net/

这是一个专门用于分析微生物PCR产物高通量测序数据的pipeline，主要用Python写的，也整合了很多其它的工具包。这个软件的特点是生成的图挺漂亮的，但是使用起来不是非常容易，甚至对于很多人来说成功在电脑上安装都是非常困难的。只支持Linux和Mac系统，在Windows下使用必须在虚拟机中安装。最简单的安装方法是在亚马逊的云计算平台EC2 image中安装使用。

4. STAMP

网站：http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP

这个软件主要用于分析宏基因组（Metagenome）高通量测序数据，对多个样品的Metagenomic profiles进行统计分析和比较。各种系统下都可以安装使用。

南方科技大学是中国一所新建的高校，位于广东深圳，试图参考香港科技大学的模式，走一些与国内其他高校不同的发展道路，曾经承诺教授待遇不输香港高校。虽然其备受争议，是否能成功尚难定论，但是在中国这个复杂的国度，敢于迈出与众不同的一步，已经很伟大了。没听说过这所学校可以看看这里和这里。

近日，有位老兄在mitbbs上报了一个南方科大副教授的offer，待遇大致如下：

1. 给副教授职位，年薪40万RMB；
2. 免费住房，约120平方米；
3. 提供不少于130平方米的实验室；
4. 科研启动金一百万RMB。

相比其他高校年轻教师收入惨不忍睹的现状，这待遇还算蛮高的，不过这位老兄的水平也是相当的高：“有一作CNS一篇，PNAS级别一作2篇，5-6篇PNAS级别二作、三作。待投一作文章2篇。”  真是非常厉害！

链接：http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31594639.html
该信息未经核实，真假自辨。

老罗演讲好像是上瘾了，去年整的效果不错，今年又整了一个。

链接：http://v.youku.com/v_show/id_XMzE3OTIyMzg0.html

有时候真的很难想象也不得不佩服，在中国这片神奇的土地上，一个从小城镇蹦达出来的、只有高中文凭的胖子，能教GRE词汇、能办出国培训学校、能说出上面这些话。也很难想象，这个胖子，在台上说了句，“他赚钱了”，台下的人都为他鼓掌。