不知怎么回事，香港很多公交车（巴士）不报站，这让初来乍到的人非常不爽，经常坐过站或者下车一看想到的地方还没到，这严重损害了香港的城市形象。现在终于有解决办法了。
几天前，香港城巴有限公司和新世界第一巴士服務有限公司推出了一个叫做”新巴城巴“的手机软件（App），乘公交车的时候，打开这个软件，设定目的站，利用GPS功能，该软件会实时显示经过的每一个站点的名称，并且当公交车到达设定的目的站点的时候，就会发出提醒。此外，还有一些线路搜索、行程记录追踪等功能。
这个App有iPhone和Android版本，进入App Store，搜索”新巴城巴“就可以找到。
另外，九巴（九龙巴士）公司也有类似的App，名字叫KMB，不过似乎只有iPhone版本，没有Android版本。
前几天在石塘嘴街市买了几只螃蟹（普通的海螃蟹，不是大闸蟹），四两重的螃蟹竟然只要10元港币（合人民币8.2元）左右，真是没想到香港的螃蟹竟然这么便宜。还蛮肥的，以我的饭量，一顿吃这样三只有点费劲，吃两只，再稍微吃点米饭，比较合适。强烈建议大家不要动不动就去学校食堂吃饭，食堂的饭菜味道很糟，价格又高，吃了之后一天都在发飘，感觉实在是太孬。除了食堂，其实还是有蛮多可以吃饭的渠道，比如买点螃蟹炖一炖就是个不错的选择。
Mothur是一个架构非常好的生物信息学软件，把大量的工具和模块整合到了一起，并且将输入和输出标准化，非常简单易学。在高通量测序数据处理中特别有用。Mothur可以在Mac、Windows和Linux中运行，在Ubuntu系统中通过源代码编译的方式安装过程如下：
1. 安装GCC
sudo apt-get install build-essential
2. 安装readline库
sudo apt-get install libreadline-dev
3. 编辑Makefile文件
将TARGET_ARCH 这一行注释掉，去掉 CXXFLAGS 这一行的注释； 另外根据机器配置选择是否64位版本，64BIT_VERSION ?= yes 。具体参考这里的说明。
4. 进入源代码所在文件夹，编译
make
编译需要很长一段时间，编译结束后将生成的mothur这个可执行文件所在的目录加入环境变量中，或者将mothur这个文件复制到已经在环境变量中的目录中即可。
Biopython是Python的计算分子生物学和生物信息学工具包，它使得python在生物学数据处理中变得更加强大和高效，在Windows中安装biopython非常简单，下载之后，双击然后一路点下一步就可以了。在Linux中安装有多种方法，以Ubuntu(10.04)为例：
方法一：使用apt-get install方式安装
sudo apt-get install python-biopython
只有一行命令，可是这种方法安装的不是最新版本，很多新的功能不能用，非常不爽，不建议使用这种方法安装。
方法二：使用easy_install安装
（1）安装python-dev，不然会出现Setup script exited with error: command ‘gcc’ failed with exit status 1错误
sudo apt-get install python-dev
（2）安装easy_install工具
sudo apt-get install python-setuptools
（3）安装biopython
sudo easy_install -f http://biopython.org/DIST/ biopython (DIST/和biopython之间有个空格)
（4） 安装Numpy
从http://numpy.scipy.org/下载numpy，现在的最新版本是numpy-1.6.1.tar.gz
tar -xzvpf numpy-1.6.1.tar.gz
cd numpy-1.6.1/
python setup.py build
sudo python setup.py install
还可以继续安装一些其它的dependencies，如flex，ReportLab等等，暂时不装，需要的时候再装也可以。
这里有biopython的详细安装说明，好长的一大篇，看了头会晕。
随着高通量测序的发展，海量的数据源源不断的产生，以至于美国国家生物技术信息中心（NCBI）都受不了了，由于经费不足，于2011年2月关闭了Sequence Read Archive（SRA）数据库，停止接受用户提交的下一代测序数据。
据报道，近日，Google和TPG Biotech联合投资1500万美元致力于打造DNA云数据库，Google将和DNAnexus一起接管NCBI的海量数据库，继续为科研人员提供免费的DNA数据信息。
把云存储、云计算和DNA数据库结合起来，这是一个有着无限前景的领域，相信Google强大的技术一定能在这个领域有所作为。
几天时间内从美国西部飞到东部，然后又从飞回来西部，San Francisco, Phoenix, St. Louis, Charlotte, Knoxville, Philadephia, San Francisco….. 折腾啊……
期间遇到不少在美国工作和读书的中国人，感觉他们的生活基本上是有滋有味的，虽然并不是很富有，但很舒坦。谈吐间似乎总是流露着某些自豪感。相比之下，在中国大陆和朋友聊天的时候，总是听到很多抱怨，对制度的各种无奈，对现状的各种不满……
傍晚，Walnut Creek的一条路，行人很少，只有呼啸而过的汽车。
Walnut Creek是美国能源部联合基因研究所（DOE JGI）所在地。
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真是没想到，第一次来美国就去看了个医生。
第一天来的时候感觉脖子上长了个像痘痘一样的东西, 没怎么在意，结果这家伙竟然越长越大，越来越疼，疼的晚上没法睡觉。想去药店买点消炎药什么的根本买不到，美国对抗生素类的药品管理很严，没有医生的处方不能买。药店工作人员推荐我去一个叫urgent care的地方看医生。
看了医生后，做了个小小的手术，由于没有保险，需要完全自费，166美元。另外医生还给开了一个抗生素的处方，40片盘尼西林，去药店买，6美元。整个过程中遇到的医生和护士态度都很友好。护士都是老外，医生长着一副典型的中国面孔，可是他呱啦呱啦一直和我说英文，我跟他来了句中文，竟然不搭理我，一问才知道原来是个韩国人。。。。
对比一下这次在美国看医生和以前在中国看医生的经历，感觉有蛮多不太一样的地方：
1. 没有排队挂号、排队划价、排队拿药这些折腾人的过程，也没有专家号、非专家号之类的东西，但看医生前得电话预约。
2. 不一定要治病之前付费，可以在完成治疗之后再付钱，我就是这样，离开医院的时候才付的款。另外在付费的时候检查加手术总共166美元。我给了200，结果找了半天零钱还是找不开，工作人员说，要不这样吧，先收你一百，等你回家之后再把剩下的付给我们。为了避免回去之后付款麻烦，我用信用卡付了款。在中国看病，好像不见钱一般是不会给治的吧。
3. 对药品，尤其是抗生素类的药品，管理非常严格。医院不卖药，看完医生之后凭医生的处方，去专门的药店买。
4. 有保险的人（美国人和长期居住在美国的人都得购买保险），看病费用很低甚至免费，没有保险，就比较贵。
第一次来美国，感觉还是蛮新奇的。
入境的时候，朋友告诉我，工作人员在检查签证时会问些问题，为了避免由于英语不太流利造成麻烦，我特意提前准备了一下可能被问到的问题。结果没想到，给我检查签证的是位非常Nice的香港人（应该已经加入美国国籍），直接用带着浓厚港味的普通话问我：“你来美国干什么啊？你是山东人啊？怎么在香港呢？”然后就blabla…开始用普通话聊起来了，就在检查和盖章的短短几分钟之内，聊到了中国的中国的腐败问题，中国的环境污染问题，去清华大学和香港大学读书哪个更好的问题。。。。就这些问题不太深入地交换了看法，非常愉快地结束了面谈。
前几天忙里偷闲去旧金山转了一圈，基本有两个感觉：1. 美国的确是个各个方面都很不错的国家，虽然最近经济不太好；2. 中国人非常多，随处可见。
港大最近发生了两件事，在这里记录一下。
1. 今年是港大成立100周年校庆，上个月，国家领导人来学校出席了一个活动，香港出动了大量警察进行交通管制，并封锁港大校园，期间警察与一些学生及校友发生了推搡，据说一个同学被警察控制在电梯间，直至活动结束才获得自由。事后，学生会对校长不依不饶，多次要求校长交代事情原因，公开道歉，保证以后不再发生类似事情。香港的本科生（大部分都是香港人）真是牛逼，在港大当校长真是不容易啊！这个事情学生稍微有些过分，表示抗议可以，但应该注意尊重校长，尊重老师，尊重长者，这是最起码的事情。这里有两个视频，会翻墙的同学可以去看一下：视频1，视频2
2. 根据香港大学研究生会（PGSA）的调查，港大研究生（相当大一部分是来自中国大陆）的工资目前在被调查的香港五所学校（港大，中大，科大，城大，理工）中排名倒数第一，而由于港大位于港岛，靠近商业中心，所以生活费用在这五所学校中却是最高的。调查报告在这里。从今年9月份开始，港大研究生每个月涨500元工资，但是仍然排名倒数第一。前段时间，研究生会决定向学校提议提高研究生工资，但是不知何故，到目前为止似乎没有提议成功，却引发了很多人对研究生会抗议甚至谩骂，不是团结一致与校方谈，而是窝里斗，好奇怪。另外，个别同学以个人名义给研究生院写信，询问涨工资的事情，得到的答复是：“我们很愿意和你坐下来谈一谈这个事情，但前提条件是必须你的导师在场。”然后这位同学就歇菜了……非常欣赏这位同学为争取自己和他人的利益所做出的努力，但不得不同情一下她个人力量的渺小及其无能为力的悲惨境地。
非常明显，在某些方面，香港教育出来的学生与大陆教育出来的学生是截然不同的！
不管怎样，总的来说，香港大学与中国内地的大学相比要好很多，香港的社会制度与中国内地相比有着巨大的优越性。
