凡是机器能做的事情，都会由开始的超高价逐渐走向白菜价，这是必然的规律，高通量测序也是一样。

最近发现美国一些机构提供的Illumina高通量测序报价特别便宜，HiSeq2000 101 Cycle Paired End Sequencing每个lane的价格不到3000美元，每次运行一个lane可以产生30-37.5G有效数据，平均每G数据价格不到100美元，相当便宜。

下面是链接（大部分都是由Bobby同学提供的）：

1. Pricing for Illumina HiSeq 2000

2. http://www.biotech.uiuc.edu/centers/Keck/Highthroughput/pricing.htm

3. http://www.biotech.wisc.edu/facilities/dnaseq/sequencing/Illumina

4. http://openwetware.org/wiki/BioMicroCenter:Pricing

特别声明一下：这里只是提供一些信息供大家参考，他们的高通量测序服务与本人没有任何关系！请自行比较、慎重选择。

如果你们知道哪个机构的高通量测序价格比上面这个价格更便宜，欢迎在下面留言或给我发Email（Email地址在这里）。

另外，也非常欢迎提供其它高通量测序平台（包括但不限于454，Illumina、Ion Torrent等等）的测序价格信息，如有新的信息，我会及时更新这篇文章。

Linux里面的命令行用习惯之后的感觉真是太爽了，一个命令，能搞定很多东西，比如fasta文件拆分、提取与合并，非常简单。
很久之前还写过一个小软件用于合并多个fasta文件，还有用BioEdit合并多个基因序列文件，现在想想真是too naive！

FASTA文件拆分：
1. 从a.fasta中提取第10至第20个序列存到b.fasta中

-

awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>=10&&i<=20{print ">"$0}' a.fasta|sed '/^$/d'>b.fasta

上面命令行中的红色的10和20可以换为其它数字

2.将input.fasta中第每一条序列保存到一个文件中, 这个是在网上看到的，链接在这里。

awk '/^>/{f=++d".fasta"} {print > f}' input.fasta

FASTA文件合并：

cat *.fasta > output.fasta

awk是Unix/Linux下的一种用于文本处理的编程语言，Sed是Unix/Linux下的一种流编辑器。功能都非常强大。

当然这些操作用Python或Perl编程也很容易实现，但不如命令行这么直截了当。
另外，在Windows下如果安装了Cygwin这个软件，也可以使用这些命令。

高通量测序技术发展的真是快啊，454最近发布的GS FLX Titanium XL+系统的测序长度已经可达700～1000bp了！！通量700M，运行时间23小时。资料请看这里。虽然454的通量有点低，成本有点高，但是它的读长实在是有点诱人。

下面这张表格综合比较了普通测序仪3730xl及Illumina, 454, Ion Torrent, SOLiD，PacBio RS等各种高通量测序仪的通量、读长及运行成本。

下面这张表格列出了各种高通量测序仪的仪器成本（单位是千美元）、产生的数据量，错误情况及其它一些信息。

Glenn, T. C. (2011). Field guide to next generation DNA sequencers. Molecular Ecology Resources.

本文涉及到了“钱”，视金钱如粪土的同学，请立刻停止阅读，以免引起不适。

前面讲过一个年薪30万的故事，今天来讲个年薪10万的故事。那位年薪30万的是博士大哥，这个年薪10万的是一位本科大妹子。虽然年薪10万生活在中国也不咋地，只能算是一般般，但是大部分本科毕业生，甚至硕士、博士毕业生毕业后短时间内都达不到这个水平，所以我想和视金钱非粪土的人一起分享一下这个小故事。

前几天认识了一个毕业后工作刚满一年的小兄弟，计算机专业，毕业于某普普通通的211高校。他说，毕业的时候他们班一个女同学，去国内某著名IT公司应聘，结果第一轮笔试就被刷下来了，一般人被刷之后就放弃了，而她不是，第二轮面试的时候又跑过去了，负责招聘的人见她大老远来了，也不好意思不让她试一下，结果一试，竟然顺利通过面试，进入了该IT公司，一进去就是年薪十万。而这位小兄弟进了某生物公司，收入不到他这位女同学的一半。

这个小故事至少告诉我们两个道理：

1. 很多时候，脸皮厚点真是特别特别有用。
2. 虽然最近的高通量测序让生物领域振奋了一下，但是生物时代仍然没有到来。从赚钱的角度看，在今后相当长一段时间内计算机专业仍然将远远领先生物专业，当然前提条件是必须对技术有比较深刻的理解。随便在某个学校计算机专业混四年，天天打游戏，除了游戏，啥都不会，这样的不算。

PS：目前计算机专业，年薪10万应该是比较容易的事，而很多其它专业达不到这个水平，以Python程序员为例，在Google中以“Python 年薪”为关键字搜索，显而易见。因此，选专业要慎重，换专业要果断，不然就会像龙应台在《大江大海》里说的那样，“上了船，就是一生！”

刚说过安装使用Linux是件很简单的事情，结果前段时间在给实验室新买的工作站安装Ubuntu的时候就遇到问题了。

问题如下：
在Windows下用wubi方式安装，很容易，但是给Ubuntu分配的硬盘空间太小，最大只有几十G，我希望给Ubuntu多分配一些空间（比如500G），于是就用光盘安装，结果问题就来了，安装结束之后不显示启动菜单，一下子就进入Windows，根本无法进入Ubuntu。

解决方法：
安装EasyBCD这个软件，然后点击Add New Entry，添加一个Linux Entry即可，Type选择GRUB2.

好久没在内地上网了，最近在深圳住了一段时间，深刻感觉到中国内地的互联网真的是越来越糟糕了，其中最让人受不了的就是使用Google的时候，每隔几分钟就会打不开，显示连接被重置。

这是怎么回事呢？很简单：由于众所周知的原因，封网的人其实是恨不得把Google彻底封锁掉，可是这样做又怕有人闹事，于是呢，就出现了目前的这种状况，一会封一会儿不封，把他弄的半死不活的。这样一方面对付了Google，另一方面又避免了引起太大的民愤。手段高明的令人发指啊！！

有的人和我说，Google不能用就用Baidu呗。这纯粹是扯淡。稍微懂点电脑和网络知识的人都应该知道目前Baidu的技术与Google根本没有任何可比性，搜点娱乐、吃喝拉撒的东西勉强可以，搜索专业点的、技术性的东西，百度根本不行。

处在高速发展中的中国，每天都有很多人需要通过互联网学习新的知识，查找解决问题的方法，而互联网上有价值的技术资料（比如生物、计算机等学科的相关资料）大部分都是英文的。这种情况下，百度基本就是废物，而Google又不能用，怎么办呢？根本没有人管。

据说（只是听说，没有亲自核实）腾讯公司在全公司范围内部署了VPN，各种网站畅通无阻，怪不得腾讯发展的这么好呢。

另外，我发现很多人都不会翻墙，包括很多拿了硕士、博士学位的人！我简单设置了一下，就可以继续Google搜索和访问其它一些网页，虽然速度有点慢，但不会显示连接被重置，有些人竟然觉得很惊讶！

为什么欧洲、美国、日本、印度、巴西、中国的港澳台及其它大部分国家和地区都不需要对网络进行这么变态的封锁？而中国一定要和朝鲜、缅甸、伊朗、叙利亚等等这些及其落后的国家一样剥夺人民使用优秀互联网资源的权利呢？这是为什么呢？

几十年前，干扰敌台，几十年后的今天，封锁网络，干扰与封锁是中国的“优良”传统！

几十年前，偷听敌台会被判刑甚至处死，几十年后的今天，翻墙没人管。也算是进步了点吧。

2011.11.5更新：24GB内存处理Metagenomics数据根本不够，实验室新买的一台工作站96GB内存，仍然不够。。。

实验室的工作站终于到了，联想的ThinkStation D20, Intel Xeon（至强）处理器，16个Processor，24GB内存，4TB硬盘， 这样的工作站价格竟然只要23000港币多一点折合人民币不到19000，便宜的出乎我的意料！

简单试了一下，蛮不错的，速度嗖嗖的，再也不用老牛拉破车似的PC处理高通量数据了。

正当中国人民在风风火火玩这微博的时候，老外又搞出了新玩意儿：If This Then That （IFTTT, 网站：http://ifttt.com/）千万别小看了这个稀奇古怪的名字，不久的将来，它很可能风靡互联网。

IFTTT网站目前尚处于测试阶段，需要邀请才可以注册，首页清晰地写着：Put the internet to work for you. 基本原理就是如果(IF)满足你设定的条件(This)，那么（Then），触发你指定的操作（That）。打个最简单的比方：IF“有个博客”发布了一篇含有“高通量测序”这个关键字的文章，Then发Email到某邮箱或发短信到某手机号码。跟编程序有点像。这只是一个简单的例子，将这种模式推广到整个互联网，就不简单了。

Twitter的出现急剧加速了信息的传播，IFTTT的作用就是有效筛选信息。在这样一个信息爆炸的时代，IFTTT出现的简直是太及时了。

不得不感叹一下，老外的想法就是牛逼，为什么这种极具创意的点子总是首先从老外的脑瓜子里蹦出来并由他们首先实施了呢？中国这次又得抄袭了，什么时候可以不用跟在人家后面抄袭呢？

有些人在港大混了好几年，只会动不动就去爬太平山，竟然不知道如何从港大去海边……
其实，港大离海边那是相当的近啊！从西门步行五、六分钟，穿过七、八个红绿灯，就到了，下面是路线图（看不清的话点左上角的加号可以放大）：

炎炎夏日的深夜，哥几个捣腾完实验，带上几瓶啤酒，跑到海边，吹吹海风，吃吃花生，喝喝小酒……用无锡人的话说那就是“不要太爽哦”！看，下面这几位爽着爽着就喝高了……

目前，生活在中国的城市里，年收入少于20～30万(RMB)这个范围，基本很难过上体面的生活。

据我了解，学生物、化学及其相关专业的同学，无论是本科、硕士还是博士，大部分人毕业后相当长一段时间内，只有在做梦的时候才能达到这个收入水平。

但是也有个别例外的情况，下面就是一个，给拥有博士学位且年收入低于30万的朋友参考一下：

一个朋友的朋友，环境工程专业，在国内读完本科和硕士之后，去美国中等偏上一点的一个学校读了个博士，并做了一年博后，然后又在美国一个公司工作了一年。今年打算回国，深圳一公司答应给他年薪30万人民币，结果他不太满意，他的目标是36万……

正在迷茫着、愁着毕业后赚不到钱的本科或硕士即将毕业的同学，不妨学学上面这位大哥。