深深地陷入了PCR-DGGE之中

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最近一直在忙活PCR-DGGE,总是做不出非常完美的结果,深深地陷进去了,一个师姐竟然都称呼我“PCR师弟”了,汗啊!好久没在博客上写东西了,在网站统计中看到有的同学经常每隔几天就到我的博客上来看看,也不知道这些同学每次来都看不到新鲜玩意是不是有点失望,呵呵。接下来的较长一段时间内,应该还是不会经常在博客上写东西(主要是没时间,时间一点也不像海绵里的水那么容易挤出来),所以可以不那么频繁的过来看,以免产生永久失望:)

噢,对了,不知道什么是PCR-DGGE的同学可以看这里这里(中文的),这里这里(英文的),不过不要看得太仔细了,以免引起头部不适。

香港港岛径Hiking

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港岛径是香港四大远足行山径(港岛径、麦理浩径、卫奕信径 和凤凰径)中最短的一条,全长共50公里,共分为八段:

第一段(山顶段)由炉峰峡至薄扶林水塘
第二段(薄扶林段)由薄扶林水塘至贝璐道
第三段(香港仔段)由贝璐道至香港仔水塘道
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同时登录两个MSN的简单方法

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以前的同时登录两个或多个MSN的方法,对于最新版的MSN似乎不灵了。新版的MSN可以用下面的方法实现多开功能,同时登陆两个或多个MSN,不用下载安装软件,修改一下注册表就行了,非常简单:

1  打开注册表编辑器
打开注册表的方法:”开始“-”运行“-输入regedit,回车。

2  展开 HKEY_LOCAL_MACHINE/SOFTWARE/Microsoft/Windows Live

3  在Messenger目录上右键选择”新建 DWORD 值“,名称为 MultipleInstances

4  右键点击刚才建的MultipleInstances,选择”修改“,将值修改为 1

5  将注册表编辑器关闭,然后就可以同时开两个或多个msn了

省墨20%的环保字体

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在字母上打些洞(见下面的图片),打印就省墨,真是不错的idea!
这是荷兰的一个公司制作的省墨环保字体,据说和普通字体相比,可以省墨20%!这种字体可以从ecofont网站上免费下载!安装方法:在XP系统的安装方法在Vista系统的安装方法

环保字体

最近用Quantity one用多了,看见斑点、条带的东西就想定量一下。用Photoshop应该可以量一下这种字体和其它字体相比到底能省多少墨,吃饭时间到了,不捣鼓了,以后再说吧。

电饭锅做菜

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用电饭锅做菜,就跟用Excel处理数据差不多,不太专业,不过没有其它先进设备的情况下,将就着用一下也还可以,当然没有食堂的饭菜看起来那么好看。

油麦菜羊肉片,吃火锅剩下的羊肉片……

盐水虾

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Excel矩阵运算

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矩阵计算最好的软件是matlab,但如果仅仅是做些简单的矩阵运算,用Excel也可以,下面一些矩阵运算函数比较常用:

1、矩阵转置
这个经常用到,一组数据,本来是横着排列的,要变成竖着排列,转置一下就可以了,用到的函数是=Transpose(原矩阵)

2、矩阵乘法,A、B矩阵相乘
Excel函数:=MMult(矩阵A,矩阵B)

3、求逆矩阵
Excel函数:=MInverse (原矩阵)

4、求矩阵行列式的值

Excel函数:=MDETERM(矩阵)

上面这些函数的用法是这样的:输入原始矩阵后,选择适当大小的输出区域,比如结果应该是3行3列的矩阵,就在excel中选择一个3行3列的区域(求行列式的值时,选一个单元格就可以了),然后在公式栏中输入函数,按Ctrl + Shift + Enter就得到了结果。

5、矩阵加法:
这个最简单,一列一列地加起来就可以了

离心速度的单位及其换算

杂七杂八 1 Comment »

离心机上一般标有两种离心速度单位:

rpm (Revolutions per minute): 转/分;
RCF (Relative Centrifugal Force):相对离心力,用重力加速度(g)的倍数表示。

两种离心速度的单位的换算公式为:
RCF=0.00001118*R*(rpm)*(rpm)
其中:R 是离心半径,单位:厘米;

离心管在离心机中离心的过程中,管口至管底的各点与旋转轴之间的距离(离心半径)是不一样的,在计算中采用平均半径作为离心半径:R=( R min+R max) / 2。

下面是一个离心速度换算器,两种离心速度的换算可以在下面换算器中进行:

计算RCF(RPM换算为RCF)

Revolutions per minute of rotor (rpm)
Radius of rotor (mm)
RCF112 

计算RPM(RCF换算为RPM)

Relative Centrifucal Force (RCF)
Radius of rotor (mm)
rpm1000 

RCF = 1.12 x Radius x (rpm/1000)^2

文件合并小软件

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2009.8.20更新:
建议使用BioEdit合并多个序列文件,具体请看:用BioEdit合并多个基因序列文件
—–
昨天做了一个小软件,把多个后缀名为.seq文件的基因序列文件合并为一个FASTA格式的文件,并且把每个.seq文件的文件名放到合并后的文件的相应基因序列的前一行。比如有两个后缀名为.seq的文件s1.seq和s2.seq,内容分别为:

GGTACCCGGGGAT……

GTCTTTCGACAGGT……

合并后的文件就是:

>s1.seq
GGTACCCGGGGAT……

>s2.seq
GTCTTTCGACAGGT……

如果合并的时候不涉及文件名,非常简单,用word就可以合并了。但要把文件名一起掺和进去,比较少见,没见过哪个软件可以这样做,所以就自己做了个小软件。

这小软件压缩之后只有4.71k,很小很简单,界面很丑…… 下载:seq文件合并小软件

关于FASTA格式:FASTA格式又称Pearson的格式,这种序列格式要求序列的标题行以大于号”>”开头,之后是关于该序列的描述。下一行起为具体的序列。一般 建议每行的字符数不超过80个(也有的地方建议不超过60个)。FASTA格式的详细说明可以参考这里:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/fasta.shtml

典型对应分析

杂七杂八 No Comments »

典型对应分析(Canonical Correspondence Analysis)是荷兰的Cajo J. F. Ter Braak在1986年提出的一种数据分析方法,用于分析生物种群和环境因素之间的关系。

比如这个例子:

12种蜘蛛分布在28个地点,在一段时间内,同时在各个地点捕蜘蛛,在每个地点捕了几种,每种捕了几只都知道了,然后又知道每个地点的一些环境因素的数据,这样就可以用典型对应分析来分析这些蜘蛛和环境因素之间的关系。

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防止电脑中毒的一些建议

随笔杂谈 2 Comments »

最近,实验室师兄师姐的电脑相继中毒,重装系统,电脑中毒的确是一件十分让人头疼的事情,如何防止电脑中毒呢?实际上,几乎没有什么有效的方法能保证电脑永远不中毒,除非让电脑完全不与外界联系。 但是,适当采取一些措施,可以大大减少电脑中毒的几率:

1、 在网上搜索资料的时候,使用Google谷歌,不要用百度

Google对一些含有恶意插件的网站会进行提示:
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