10 12
高通量测序(High Throughput Sequencing)又称下一代测序(Next Generation Sequencing),也叫做深度测序(Deep Sequencing),最早由454公司开创,标志性事件是,2005年底454公司推出了革命性的基于焦磷酸测序(Pyrosequencing)的高通量基因组测序系统Genome Sequencer 20 System,后来454公司被Roche以1.55亿美元收购。高通量测序一般一次可以读取上百万甚至几百万条序列,数据量非常大。这种测序的用途很多,随便搜一下就可以找到很多相关资料,前面写的454测序也介绍了一点。个人觉得它的突出优点就是快速取得海量数据,可以摆脱存在Bias的PCR,既可以定性又可以定量。如果价格能够降低一些(现在运行一次要几万到十几万RMB,有点贵!),应该可以替代甚至淘汰很多操作麻烦的分子生物学方法。
高通量测序仪主要有来自三家公司:罗氏公司(Roche)的454测序仪(Roch GS FLX, FLX Titanium), Illumina公司的Illumina Genome Analyzer,HiSeq 2000和ABI的SOLiD测序仪(SOLiD system).
在网上看到华大基因仅Illumina HiSeq 2000和AB SOLiD 4.0 System这两种高通量测序仪到年底就会有超过150台,真多啊!
由于高通量测序的数据量非常大,后续分析工作就比较复杂,目前好像还没有非常成熟的软件能够完美处理高通量测序的结果。下面是两个用于高通量测序结果分析的工具:
1.RDP Pyrosequencing Pipeline (一个在线平台)
2.微软的Sequence Assembler (一个软件)
如果没做过高通量测序,而想先看看结果是什么样子的,可以从下面的页面下载高通量测序示例结果,包括Roche/454,Illumina/Solexa,ABI/SOLiD三种机型的数据:
http://www.clcbio.com/index.php?id=1290
10 09
以前,农村每个农民都要参加一种叫做“义务工”的东西,大概意思就是无偿参加几天修建堤坝、植物造林、开挖河渠之类的公益劳动,现在可能有些经济比较发达的农村地区已经取消这种义务工了。在吃不饱饭的年代,人们还是有点喜欢参加义务工的,因为参加义务工可以吃几顿好一点的饭,比如平时在家里只能吃窝窝头,而参加义务工,中午就可以吃一顿面条。于是就有了这个吃面条的故事。
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10 08
今天才知道不知什么时候微软也发布了一些生物学和生物信息学软件,开始进军生物领域了。挺喜欢凑热闹的嘛!微软的这个项目叫做Microsoft Biology Initiative (MBI),FBI的兄弟?它包括个两部分:Microsoft Biology Foundation (MBF) 和 Microsoft Biology Tools (MBT)。
MBF是一套基于Microsoft .NET框架的生物信息学软件包,开始主要面向基因组学,现在扩展到了更多的生物信息学领域;
MBT是一系列帮助生物科学工作者提高工作效率的工具,包括一个Excel插件(Biology Extension for Excel,必须在Excel2007或2010上安装,不支持2003)和一个序列拼接软件(Sequence Assembler),这个Sequence Assembler好像可以用于454测序的结果分析。
这些软件都是开源的,与微软向来闭源的风格不太一样。
该项目的网址:http://research.microsoft.com/en-us/projects/bio/
可惜最近太忙了,没时间研究这玩意儿,有时间的同学可以试试好不好玩。
09 30
香港公园是香港众多公园中比较大型(当然没有香港海洋公园那么大)、比较有特色、比较好玩的一个,位于香港岛金钟,周围是高楼林立的商业中心。香港公园里面有温室(据说有2000多种植物),鸟瞰角,中央花园,奥林匹克广场,儿童游乐场,观鸟园,茶具文物馆,香港视觉艺术中心等景点,是一个不错的休闲去处。

牌子
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09 28
前段时间一直用Google Chrome浏览器,速度真是快,嗖嗖的,明显比IE,Firefox快很多!从来没有用过这个浏览器的同学,强烈建议试一下!
最近不知怎么回事,所有Chrome插件(扩展)都装不上了,安装插件的时候就弹出一个对话框提示:扩展程序安装失败,Could not create directory for unzipping……
搜了一下,很多人遇到这个问题,原来这是一个没有解决的Bug,为什么这么个很明显的问题,一直不解决不了呢?真是让人纳闷……
有人说用修改环境变量的方法可以解决,我试了一下,这种方法在我的电脑上无效!
下面的手动安装方法可以暂时解决这个问题,但有点麻烦:
找到要安装的Chorme插件(扩展),在安装按钮上点击另存为,把要安装的扩展另存为文件(后缀名为.crx),将.crx改为.zip,然后用Winzip或Winrar将其解压到一个文件夹。然后打开chome的扩展安装页(在地址栏里输入chrome://extensions/),选择“开发人员模式”,点击安装正在开发中的扩展,会出现对话框选择扩展所在目录,找到刚才解压的文件夹即可,注意文件夹路径中不要有中文字符。
09 18
一个偶然的机会,接触到了一个叫做Arduino的东西。

Arduino是什么?
Arduino是意大利一个开放源代码的硬件项目,包括一块接口板和一套简单的软件开发环境。可以用于开发各种各样的自动控制和交互式的电子作品,在机器人制作领域有着广泛的应用,很多机器人项目都是基于Arduino构建的。
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09 11
刚才想找个软件把一个tif格式的图片转为gif格式,以前介绍的视频格式转换软件中的软件工厂可以将所有格式图片转为gif,但转换后的gif只是tif一系列图片中的一张,不是那种动画的gif。试了好几个其它的软件也都不行。
于是只好用了下面这些方法,拐弯抹角,跋山涉水,曲线救国……,终于把tif转成会动的gif图片了。
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09 08
刚刚看到QS(Quacquarelli Symonds)发布了最新的2010年世界大学排名。很明显世界上的大学有好的差的之分,但真要给所有大学排个名,又是不太容易的事,很难或者说没有办法完全做到客观公证。这这玩意儿只能看着玩玩。
前200名中国总共有12所,其中中国内地6所,香港4所,台湾2所:
1. 香港大学 (世界排名23)
2. 香港科技大学 (世界排名40)
3. 香港中文大学 (世界排名42)
4. 北京大学 (世界排名47)
5. 清华大学 (世界排名54)
6. 国立台湾大学(台湾) (世界排名94)
7. 复旦大学 (世界排名105)
8. 香港城市大学 (世界排名129)
9. 上海交通大学 (世界排名151)
10. 中国科技大学 (世界排名154)
11. 南京大学 (世界排名177)
12. 国立清华大学(台湾) (世界排名196)
从下面这个链接可以查看全部200所学校的排名:
QS2010年世界大学排名
比较有意思的一点是,在这个排名中香港大学世界排名23,亚洲第一,而在上海交大世界大学排名中香港大学却排在201-300名之间,虽然排名第侧重点可能不同,但这差的也太大了一点,所以说这玩意儿只能看着玩玩,千万别当真!
09 05
最近遇到一个需要动态作图的问题,情况是这样的:有一台仪器(一台天平)不断通过串口向计算机发送数据,在计算机中用Terminal这个串口调试工具接收数据后记录到一个名字为data.log的文本文档中,现在需要将记录的数据动态地通过图形展现出来。
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