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大杂烩 » Recent Posts http://www.yelinsky.com/notes/ 记录生物和计算机领域的点点滴滴 en-US Sat, 19 May 2012 04:26:56 +0000 http://bbpress.org/?v=1.0.3 <![CDATA[Search]]> q http://www.yelinsky.com/notes/search.php yelin on "C/C++比较字符串" http://www.yelinsky.com/notes/topic/39#post-39 Mon, 13 Feb 2012 10:27:35 +0000 yelin 39@http://www.yelinsky.com/notes/ C/C++字符串比较 1. 区分大小写 stricmp 2. 不区分大小写 在Windows中用stricmp，在Linux中用strcasecmp yelin on "C/C++程序Segmentation fault" http://www.yelinsky.com/notes/topic/38#post-38 Thu, 09 Feb 2012 21:28:05 +0000 yelin 38@http://www.yelinsky.com/notes/ 今天在写一个C++程序的时候，编译通过，但运行的时候出现Segmentation fault错误提示，在网上搜索了一下发现Segmentation fault往往是由于最内存操作不当引起的。经测试发现我的程序中的Segmentation fault原因是声明的数组太大，在<a href="http://www.diybl.com/course/3_program/c++/cppjs/2007925/73592.html">这里</a>找到了解决方法： 方法一: 在VC的Project setting里的link选项卡里把栈开大一点(windows里默认是4M) 方法二: 声明成全局或static的,这两种变量不压栈,想开多大都可以 方法三: int *A = new int[90000]; ..... delete A; 方法四: 用vector #include <vector> using namespace std; void main() { vector<int> A(90000); A[0] = 1; } 我用了第二种方法。 yelin on "awk字符串函数" http://www.yelinsky.com/notes/topic/37#post-37 Tue, 07 Feb 2012 10:14:40 +0000 yelin 37@http://www.yelinsky.com/notes/ awk是linux下的一种强大的文本处理工具，下面是awk主要的字符串处理函数： length(s) 返回s长度 gsub(r,s) 在整个$0中用s替代r gsub(r,s,t) 在整个t中用s替代r index(s,t) 返回s中字符串t的第一位置 match(s,r) 检查s是否包含匹配r的字符串 split(s,a,fs) 在fs上将s分成序列a sprint(fmt,exp) 返回经fmt格式化后的exp sub(r,s) 用$0中最左边最长的子串代替s substr(s,p) 返回字符串s中从p开始的后缀部分 substr(s,p,n) 返回字符串s中从p开始长度为n的后缀部分 yelin on "Linux 加载、卸载ntfs分区方法" http://www.yelinsky.com/notes/topic/36#post-36 Thu, 02 Feb 2012 15:48:47 +0000 yelin 36@http://www.yelinsky.com/notes/ Linux上加载ntfs分区： sudo mkdir temp sudo mount /dev/sda1 ./temp -t ntfs -o umask=0222 将umask=0222改为umask=0000，可以把读写权限开放给所有用户 卸载分区： sudo umount ./temp ---- 加载U盘： sudo mount /dev/sdx1 ./temp -t vfat -o iocharset=utf8 yelin on "C/C++统计一个字符在另一个字符中出现的次数" http://www.yelinsky.com/notes/topic/35#post-35 Tue, 31 Jan 2012 21:15:53 +0000 yelin 35@http://www.yelinsky.com/notes/ C/C++计算字符出现次数代码： ----------------------------------1---------------------------------- #include<stdio.h> #include<string.h> void main() {char str1[2000],str2[2000],*p1,*p2; int sum=0,i; printf("请输入二个字符串!\n"); scanf("%s%s",str1,str2); p1=str1; p2=str2; while(strstr(p1,p2)!=NULL) //判断有无出现 { sum++; //有的话，次数加1 p1=strstr(p1,p2)+1; //取出现位置首地址加1形成新的串，再判断 } printf("第二个字符串在第一个字符串中出现的次数为%d!\n",sum); } ----------------------------------2---------------------------------- #include <iostream> #include <string> using namespace std; int main() { int n=0,sum=0; string s1("qwertyqwertyqwerty"); string s2("ert"); string temp=s1; while (1){ //循环：查找到子串就把子串删去 n=temp.find(s2); //返回子串的位置 if (n!=-1){ //n=-1表示未找到子串 temp=temp.substr(n+s2.length(),temp.length()-s2.length()); //开一个新的字符串变量temp存储删去子串后的字符串 sum++; //出现次数 } else break; } cout<<sum; } 转自：<a href="http://blog.csdn.net/qucooln/article/details/3280617">http://blog.csdn.net/qucooln/article/details/3280617</a> yelin on "Linux结束进程释放内存" http://www.yelinsky.com/notes/topic/34#post-34 Tue, 31 Jan 2012 15:44:45 +0000 yelin 34@http://www.yelinsky.com/notes/ Ubuntu系统结束进程释放内存命令 kill -l PID 或者 kill -9 PID PID用ps或top命令查看 yelin on "Python正则表达式" http://www.yelinsky.com/notes/topic/33#post-33 Mon, 16 Jan 2012 10:20:58 +0000 yelin 33@http://www.yelinsky.com/notes/ 1. 字符串查找 (match, search) match checks for a match only at the beginning of the string, while search checks for a match anywhere in the string #!/usr/bin/python import re line = "Cats are smarter than dogs"; matchObj = re.match( r'dogs', line, re.M|re.I) if matchObj: print "match --> matchObj.group() : ", matchObj.group() else: print "No match!!" matchObj = re.search( r'dogs', line, re.M|re.I) if matchObj: print "search --> matchObj.group() : ", matchObj.group() else: print "No match!!" 2. 字符串替换 #!/usr/bin/python import re a = "Hello world！" b = re.sub(r'world', "python", a) print b <a href="http://www.tutorialspoint.com/python/python_reg_expressions.htm">http://www.tutorialspoint.com/python/python_reg_expressions.htm</a> yelin on "二项分布，泊松分布，正态分布" http://www.yelinsky.com/notes/topic/32#post-32 Sun, 15 Jan 2012 11:58:52 +0000 yelin 32@http://www.yelinsky.com/notes/ 二项分布有两个参数，一个 n 表示试验次数，一个 p 表示一次试验成功概率。 现在考虑一列二项分布，其中试验次数 n 无限增加，而 p 是 n 的函数。 如果 np 存在有限极限 λ，则这列二项分布就趋于参数为 λ 的泊松分布。反之，如果 np 趋于无限大（如 p 是一个定值），则根据德莫佛-拉普拉斯(De'Moivre-Laplace)中心极限定理，这列二项分布将趋近于正态分布。 实际运用中当 n 很大时一般都用正态分布来近似计算二项分布，但是如果同时 np 又比较小（比起 n来说很小），那么用泊松分布近似计算更简单些，毕竟泊松分布跟二项分布一样都是离散型分布。 转载自：<a href="http://emuch.net">小木虫</a> yelin on "Kmer分析工具" http://www.yelinsky.com/notes/topic/31#post-31 Tue, 03 Jan 2012 11:00:42 +0000 yelin 31@http://www.yelinsky.com/notes/ jellyfish是一个用于对DNA序列中的kmer进行分析和统计的工具，支持多核并行处理。 <a href="http://www.cbcb.umd.edu/software/jellyfish/">http://www.cbcb.umd.edu/software/jellyfish/</a> yelin on "并行压缩与解压缩" http://www.yelinsky.com/notes/topic/30#post-30 Fri, 30 Dec 2011 16:42:16 +0000 yelin 30@http://www.yelinsky.com/notes/ piz是一个可以运行在多核机器上进行并行压缩与解压缩到软件，可以完全替代gzip，大大提高压缩与解压缩到速度。 <a href="http://www.zlib.net/pigz/">http://www.zlib.net/pigz/</a> yelin on "Wordpress留言链接在新窗口中打开" http://www.yelinsky.com/notes/topic/29#post-29 Wed, 07 Dec 2011 17:01:04 +0000 yelin 29@http://www.yelinsky.com/notes/ 修改文件的方法让<a href="http://www.yelinsky.com/blog/archives/tag/wordpress">Wordpress</a>留言链接在新窗口中打开： 打开wp-includes目录下的comment-template.php文件，找到第get_comment_author_link()这个函数，在第else $return 这里的a标签里面加入target='_blank' 属性，即可。 yelin on "GNU parallel 教程" http://www.yelinsky.com/notes/topic/28#post-28 Thu, 10 Nov 2011 12:52:50 +0000 yelin 28@http://www.yelinsky.com/notes/ GNU parallel使用说明及示例。 <a href="http://www.gnu.org/software/parallel/man.html">http://www.gnu.org/software/parallel/man.html</a> yelin on "什么是fragment recruitment和recruitment plots？" http://www.yelinsky.com/notes/topic/26#post-26 Tue, 08 Nov 2011 22:26:19 +0000 yelin 26@http://www.yelinsky.com/notes/ What is fragment recruitment? Fragment recruitment is the process of aligning short sequences to a reference sequence and filtering out low quality matches. The short sequences are typically sequencing reads generated via Sanger or Roche 454 sequencing machines. Reference sequences are typically finished or draft genomes of microbes and viruses. However it is worth noting that reference sequences can be other things including assemblies derived from metagenomic reads. In the fragment recruitment process sequencing reads are aligned using NCBI BLAST to all the available reference sequences. The BLAST parameters are tuned to allow large gaps and very low percent identity matches. Aligned sequencing reads are then stringently filtered so that only reads that align over ~90% of their length are retained. From a biological perspective, reads have to belong to microbes of the same genus as the reference to be recruited. However this is not always the case as there are numerous examples of highly conserved genes that will recruit reads from even distantly related organisms. What are fragment recruitment plots? Fragment recruitment plots are a visual representation of the fragment recruitment data. Effectively these are fancy percent identity plots modified to display metagenomic data. In these plots the position on the reference sequence is shown on the x-axis and the percent identity of the alignments is shown on the y-axis. from <a href="http://gos.jcvi.org">http://gos.jcvi.org</a> yelin on "去除文件中的重复行" http://www.yelinsky.com/notes/topic/25#post-25 Fri, 04 Nov 2011 21:27:09 +0000 yelin 25@http://www.yelinsky.com/notes/ 去除文本文件中的重复行，用awk命令，非常简单： awk '!a[$0]++' input.txt > output.txt 或者用sort: sort -u input.txt> output.txt yelin on "一些高通量测序问题" http://www.yelinsky.com/notes/topic/24#post-24 Mon, 31 Oct 2011 11:25:57 +0000 yelin 24@http://www.yelinsky.com/notes/ 叶林，你好！ 我是xxx所的博士生。 老板近期申请了一个项目是想针对生物信息这一领域从计算机系统结构的角度做一些优化工作，打算是从基因测序开始着手。目前我在做一些前期调研的工作，主要是看了一些测序的算法，但有些实际应用中的问题不是太清楚。 看到了你的博客，非常佩服，获得了不少有用的信息。还有一些疑问，想请教一下： 1. 博文中有提到微生物领域的数据量不是太大，不知这个数据量是多少？微生物测序主要是resequencing还是de novo sequencing? 2. 是否mapping在工作站上可以完成，而assembly需要大型机？需要大型机的原因是CPU受限还是内存容量受限？ 3. 现在mapping和assembly的软件非常多，结果相差似乎也很大，不知实际中常用的一般是什么？耗时的情况如何？比如100M读长100bp的reads的mapping和assembly时间分别是多少？ 4. 目前考虑到了在mapping过程中加入indel增加对gap的支持，不知道现在如100bp的短序列比对对Gap是否有要求？ 呵呵，问题较多，数字有个大致的就好，还望不吝赐教！ 多谢多谢！ ---------------------------------- **你好 1.<a href="http://www.yelinsky.com/blog/archives/tag/%e9%ab%98%e9%80%9a%e9%87%8f%e6%b5%8b%e5%ba%8f"> 高通量测序</a>数据量是多少，要根据样品的复杂度确定，纯菌可能几十M就够了吧，复杂度环境样品几百G也可能不够。 2. assembly主要是内存受限制，我现在用的工作站96G内存，经常不够。有些单位用几百G甚至1T内存的电脑去做组装。mapping在工作站上进行应该问题不大。 3. 具体哪个软件好，我现在也不是非常清楚。组装过程时间都不是问题，主要是占内存。 4. 我不太懂。 叶林 yelin on "Velvet使用说明" http://www.yelinsky.com/notes/topic/23#post-23 Thu, 20 Oct 2011 22:14:19 +0000 yelin 23@http://www.yelinsky.com/notes/ 序列组装软件Velvet使用说明 <a href="http://wiki.bioinformatics.ucdavis.edu/index.php/Illumina_assembly_using_velvet">http://wiki.bioinformatics.ucdavis.edu/index.php/Illumina_assembly_using_velvet</a> yelin on "Ubuntu安装easy_install" http://www.yelinsky.com/notes/topic/22#post-22 Mon, 17 Oct 2011 20:01:34 +0000 yelin 22@http://www.yelinsky.com/notes/ 使用easy_install可是使ubuntu中的很多软件安装变得非常简单，安装easy_install的命令如下： sudo apt-get install python-setuptools yelin on "在Ubuntu上安装Velvet" http://www.yelinsky.com/notes/topic/21#post-21 Mon, 17 Oct 2011 19:44:01 +0000 yelin 21@http://www.yelinsky.com/notes/ <a href="http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/">Velvet</a>是著名的短序列组装软件，只能在Linux系统中运行。在Ubuntu中的安装方法如下： 1. 安装zlib1g-dev和pdflatex sudo apt-get install zlib1g-dev sudo aptitude install texlive 2. 下载并安装velvet_1.1.06.tgz tar xvfz velvet_1.1.06.tgz cd velvet_1.1.06 make MAXKMERLENGTH=61 参考： （1） <a href="http://molecularevolution.org/resources/activities/velvetbowtie_activity#compilingvelvet">http://molecularevolution.org/resources/activities/velvetbowtie_activity#compilingvelvet</a> （2） <a href="http://socwiki.wordpress.com/2011/06/24/velvet-and-oases-for-transcriptome-assembly/">http://socwiki.wordpress.com/2011/06/24/velvet-and-oases-for-transcriptome-assembly/</a> yelin on "从Metagenome数据中筛选rRNA序列的工具：rRNASelector" http://www.yelinsky.com/notes/topic/20#post-20 Fri, 14 Oct 2011 11:52:12 +0000 yelin 20@http://www.yelinsky.com/notes/ rRNASelector是一个用于从Metagenome数据中筛选rRNA序列的工具，基于Hidden Markov模型，使用Java语言开发。 下载地址：<a href="http://sw.ezbiocloud.net/rrnaselector">http://sw.ezbiocloud.net/rrnaselector</a> yelin on "Ubuntu无法上网networking disabled解决方法" http://www.yelinsky.com/notes/topic/19#post-19 Thu, 13 Oct 2011 13:24:37 +0000 yelin 19@http://www.yelinsky.com/notes/ Ubuntu休眠之后（suspend）就无法上网了，显示networking disabled，这是Ubuntu一个严重的bug，解决方法如下： sudo service network-manager stop sudo rm /var/lib/NetworkManager/NetworkManager.state sudo service network-manager start yelin on "Ubuntu安装SSH Server" http://www.yelinsky.com/notes/topic/18#post-18 Thu, 13 Oct 2011 10:51:55 +0000 yelin 18@http://www.yelinsky.com/notes/ Ubuntu似乎没有自带SSH Server程序，在Ubuntu上安装SSH Server的命令如下： sudo apt-get install openssh-server 启动与重启： sudo /etc/init.d/ssh start sudo /etc/init.d/ssh restart yelin on "Windows设置环境变量" http://www.yelinsky.com/notes/topic/17#post-17 Thu, 13 Oct 2011 10:28:48 +0000 yelin 17@http://www.yelinsky.com/notes/ 通过命令行设置Windows（Win7, Vista, XP) 设置环境变量以Python为例，方法如下： 开始-运行-cmd set PATH=%PATH%; C:\Python27 查看所有环境变量： set PATH <a href="http://www.yelinsky.com/notes/topic/16">Linux设置环境变量的方法</a> yelin on "Linux设置环境变量" http://www.yelinsky.com/notes/topic/16#post-16 Wed, 12 Oct 2011 23:49:09 +0000 yelin 16@http://www.yelinsky.com/notes/ Linux设置环境变量，方法很多，下面是其中一种方法： 1. 编辑.bashrc vim ~/.bashrc 添加： PATH=$PATH:XXXXXX export PATH 2. 执行 source ~/.bashrc <a href="http://www.yelinsky.com/notes/topic/16">设置Windows环境变量的方法</a> yelin on "Ubuntu设置固定IP" http://www.yelinsky.com/notes/topic/15#post-15 Wed, 12 Oct 2011 23:42:36 +0000 yelin 15@http://www.yelinsky.com/notes/ Ubuntu Desktop设置固定IP： System-Preferences-Network Connections. IPV4 Settings-Add yelin on "awk字符串截取" http://www.yelinsky.com/notes/topic/14#post-14 Mon, 10 Oct 2011 11:53:07 +0000 yelin 14@http://www.yelinsky.com/notes/ awk字符串截取函数substr的基本用法： substr(s,p) 返回字符串s中从p开始的后缀部分 substr(s,p,n) 返回字符串s中从p开始长度为n的后缀部分 去掉字符串最后两个字符： substr(s,1,length(s)-2) yelin on "用R绘制热图(heatmap)的方法" http://www.yelinsky.com/notes/topic/13#post-13 Sat, 17 Sep 2011 23:54:43 +0000 yelin 13@http://www.yelinsky.com/notes/ 用R绘制热图(heatmap)并生成PDF文件： 1. Install gplots and RColorBrewer for more color options $ R > install.packages("gplots") > install.packages("RColorBrewer") 2. Copy the script below and save it as “heatmap.r” library(RColorBrewer) library(gplots) x=read.table("matrix.dat", header=TRUE) mat=data.matrix(x) pdf("heatmap.pdf", height=10, width=10) heatmap.2(mat, Rowv=TRUE, Colv=TRUE, # dendrogram= c("none"), distfun = dist, hclustfun = hclust, xlab = "X data", ylab = "Y data", key=TRUE, keysize=1, trace="none", density.info=c("none"), margins=c(10, 8), col=brewer.pal(10,"PiYG") # col=redgreen(75), ) dev.off() The commented line dendrogram=c(“none”) will suppress clustering of data in both axes. Another option for coloring the heatmap is given by col=redgreen(75), commonly used in log data in microarray chips. 3. Generate a data matrix as a b c d e k 0 0 1 1 5 l 1 2 1 6 7 m 1 1 2 9 1 n 0 0 1 3 2 o 9 8 0 6 5 and save it as “matrix.dat” 4. Run as $ R –vanilla < heatmap.r 5. See the heat map in heatmap.pdf 原文链接：<a href="http://enotacoes.wordpress.com/2007/11/16/easy-guide-to-drawing-heat-maps-to-pdf-with-r-with-color-key/">Easy guide to drawing heat maps to PDF with R (with color key)</a> yelin on "awk处理两个文件的方法" http://www.yelinsky.com/notes/topic/12#post-12 Wed, 31 Aug 2011 20:23:36 +0000 yelin 12@http://www.yelinsky.com/notes/ awk处理两个文件的方法： awk 'NR==FNR{...}NR>FNR{...}' file1 file2 # 读入file1的时候，已读入file1的记录数FNR一定等于awk已读入的总记录数NR，因为file1是awk读入的首个文件，故读入file1时执行前一个命令块{...} # 读入file2的时候，已读入的总记录数NR一定>读入file2的记录数FNR，故读入file2时执行后一个命令块{...} awk 'NR==FNR{...;next}{...}' file1 file2 # 读入file1时，满足NR==FNR，先执行前一个命令块，但因为其中有next命令，故后一个命令块{...}是不会执行的 # 读入file2时，不满足NR==FNR，前一个命令块{..}不会执行，只执行后一个命令块{...} yelin on "Linux中cut命令的用法" http://www.yelinsky.com/notes/topic/11#post-11 Mon, 29 Aug 2011 12:21:38 +0000 yelin 11@http://www.yelinsky.com/notes/ cut -c m-n filename 显示每行从开头算起m-n的字符 cut -f m-n 显示第m栏到第n栏(使用tab分隔) -b、-c、-f分别表示字节、字符、字段 cut -d: -f 3 filename -d用来定义分隔符，默认为tab键。 yelin on "标准氨基酸代码（符号）表" http://www.yelinsky.com/notes/topic/10#post-10 Sat, 27 Aug 2011 13:05:12 +0000 yelin 10@http://www.yelinsky.com/notes/ 标准氨基酸代码（符号）表 Standard IUB/IUPAC amino acid codes (symbols) table One-letter code Amino acid Three-letter code A---- Alanine Ala B---- Aspartic acid or Asparagine Asx C---- Cysteine Cys D---- Aspartic acid Asp E---- Glutamic acid Glu F---- Phenylalanine Phe G---- Glycine Gly H---- Histidine His I---- Isoleucine Ile K---- Lysine Lys L---- Leucine Leu M---- Methionine Met N---- Asparagine Asn P---- Proline Pro Q---- Glutamine Gln R---- Arginine Arg S---- Serine Ser T---- Threonine Thr V---- Valine Val W---- Tryptophan Trp X---- Unknown Xxx Y---- Tyrosine Tyr Z---- Glutamic acid or Glutamine Glx yelin on "标准核酸代码（符号）表" http://www.yelinsky.com/notes/topic/9#post-9 Sat, 27 Aug 2011 13:02:03 +0000 yelin 9@http://www.yelinsky.com/notes/ 标准核酸（DNA、RNA）代码（符号）表 Standard IUB/IUPAC nucleic acid codes (symbols) table Code Nucleic Acid(s) A---- Adenine C---- Cytosine G---- Guanine T---- Thymine U---- Uracil M---- A or C (amino) R---- A or G (purine) W---- A or T (weak) S---- C or G (strong) Y---- C or T (pyrimidine) K---- G or T (keto) V---- A or C or G H---- A or C or T D---- A or G or T B---- C or G or T N---- A or G or C or T (any) yelin on "短序列搜索匹配程序" http://www.yelinsky.com/notes/topic/8#post-8 Sat, 27 Aug 2011 00:14:26 +0000 yelin 8@http://www.yelinsky.com/notes/ PatMaN是一个C++编写的从大量序列中搜索查找某个短序列片段的程序，允许mismatch。可用于在大量序列中搜索Primer或Probe。 <a href="http://bioinf.eva.mpg.de/patman/">http://bioinf.eva.mpg.de/patman/</a> 只能在Linux下运行。 yelin on "Ubuntu中查看CPU及内存信息的方法" http://www.yelinsky.com/notes/topic/7#post-7 Fri, 26 Aug 2011 22:29:55 +0000 yelin 7@http://www.yelinsky.com/notes/ 1. 查看CPU信息 cat /proc/cpuinfo 2. 查看内存信息 free -m 显示的数据的单位是M 以上命令，除了Ubuntu，其它Linux系统也基本都可以用。 yelin on "Smith–Waterman算法实现的序列对齐程序" http://www.yelinsky.com/notes/topic/6#post-6 Thu, 25 Aug 2011 17:34:44 +0000 yelin 6@http://www.yelinsky.com/notes/ Smith Waterman算法是一种与Blast类似的寻找相似序列的算法。Blast算法的运行速度要比Smith Waterman算法快，但是Smith Waterman算法比BLAST算法更精确。 <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Smith%E2%80%93Waterman_algorithm">http://en.wikipedia.org/wiki/Smith%E2%80%93Waterman_algorithm</a> JAligner是用java写的一个Smith–Waterman算法实现的序列对齐程序 <a href="http://jaligner.sourceforge.net/">http://jaligner.sourceforge.net/</a> yelin on "Blast结果m8格式意义" http://www.yelinsky.com/notes/topic/5#post-5 Mon, 15 Aug 2011 12:11:39 +0000 yelin 5@http://www.yelinsky.com/notes/ 进行Blast比对，用参数-m 8可以以列表的方式输出结果，结果中从左到右每一列的意义分别是： [00] Query id [01] Subject id [02] % identity [03] alignment length [04] mismatches [05] gap openings [06] q. start [07] q. end [08] s. start [09] s. end [10] e-value [11] bit score yelin on "纯CSS图形" http://www.yelinsky.com/notes/topic/4#post-4 Mon, 15 Aug 2011 10:59:42 +0000 yelin 4@http://www.yelinsky.com/notes/ 只用CSS，在浏览器里绘制各种图形： 正方形 长方形 圆形 椭圆形 三角形 平行四边行 梯形 六角星形 五角星形 五边形 六边形 八边形 链接地址：<a href="http://css-tricks.com/examples/ShapesOfCSS/?=derp">http://css-tricks.com/examples/ShapesOfCSS/?=derp</a>